古日本的室町時代中葉,經歷了應仁、文明等動亂之後,當權的足利幕府的威信大幅的動搖,是個君不君臣不臣的時代。武士醍醐景光夢想稱霸亂世,於是將尚未出生的兒子獻祭給48個魔神,並在缺了48個器官的兒子出生後,將其拋入河中。
孩子被醫生壽海救起,為其製作了義眼、義肢等補足了身上所缺乏的部位,並撫養他長大。由於孩子的特殊體質,使得他非常容易引來惡靈,壽海教他保護自己的能力,在百鬼丸一次斬殺中,百鬼丸和壽海知道了只有斬殺魔神才能恢復器官,孩子決定離開養父去尋找安身之處。臨行前壽海給他起名為百鬼丸。
百鬼丸得知自己的器官被48魔神奪去後,為了拿回他們便出發討伐魔神,途中遇上自稱大盜的少年(在第四卷中得知其實是女生)盜賊多羅羅,展開與妖怪戰鬥的冒險。
日本當時其中一個國家醍醐之國領主的親生兒子,領主景光為了能夠讓自己領導的國家一直安定繁榮下去,他並沒有依靠自己的努力以及政治才能去領導好整個國家,而是依靠於鬼神的幫助。
景光來到了一座寺廟內,他向眾多鬼神像祈求國家的安定繁榮,但是景光需要付出的代價就是,他必須要將剛剛出生的兒子交給鬼神們。領主景光認為為了整個國家,就算將自己的親身兒子獻祭出去也是問心無愧的。
最後,景光與鬼神們達成了協議,鬼神們通過各種超自然力量確保醍醐之國能夠穩定發展,但是景光的兒子身體各處地方,都被鬼神奪走了。景光覺得自己的兒子已經變成了有害於國家的產物,所以直接將兒子拋棄到河川中。
這名可憐的嬰兒就是百鬼丸,不幸中的大幸就是,負責將百鬼丸拋棄到河川中的僕人並沒有將百鬼丸扔進河裡,身體殘缺的百鬼丸保住了性命。
百鬼丸在慈祥的養父的撫養下長大之後,百鬼丸選擇了獨自去冒險,在冒險的過程中,逐漸從鬼神那邊奪回自己的身體。後來,百鬼丸遇到了女主角,一名從小就父母雙亡,獨自一人闖蕩世界的小孩子多羅羅。
於是乎,百鬼丸與多羅羅共同踏上了尋回百鬼丸身體的旅程.
你的靈魂是最純潔的顏色
純潔的靈魂並不會因為肉體上的汙穢遭遇而變色
錯的不是我,罪責卻要我悉數承擔
不是依靠自己雙手抓住的東西,是根本守不住的
我所做的一切,只不過是為了奪回自己
卻在奪回自己的路上,卻失去了更多
比絕望更深邃的,比希望更熾熱的
那是愛
摘下紅花送伊人
紅花似火綰青絲
紅花啊紅花 綰起伊人的青絲
伊人笑靨似紅花