在京城被李自成的農民起義軍攻破後。一直不肯相信這最後結局終於到來的崇禎皇帝已經是喪魂失魄，哭笑無常，於是他拎著一把利劍去後宮「拯救」他的家人。
為了防止家人受辱，他首先是命周皇后自盡，宮待人出來匯報說：「皇后已經領旨！」之後，崇禎皇帝又命袁貴妃自盡。袁貴妃也在梁上自掛，不過繩子承受不住，斷了。崇禎皇帝朝著袁貴妃連刺幾劍，袁貴妃本能地躲閃，被刺中左肩。其餘后妃也被崇禎傳下了他最後一道旨意，讓她們全數自裁。當天夜裡，天啟帝張皇后自縊。其餘妃嬪也多數自盡，有幾個不肯自盡的也被近侍殺死。 崇禎又拎著劍去找他的女兒們。昭仁公主只六七歲，看到父皇進來，還沒喊出聲，便被崇禎一劍刺死。長平公主是十五六歲的少女，想像弟弟們那樣逃出皇宮，她不願就這樣死去，但是崇禎皇帝不願意，最後狠心朝長平公主猛揮一劍，公主用手一擋，這一劍砍斷了長平公主的左臂，長平公主尖叫著倒在血泊裡，昏了過去，之後由於種種原因被清軍俘獲，為籠絡人心，清軍將她嫁給了崇禎為她選定的駙馬周顯。
京城被破後，崇禎的三個兒子一路乞討往南京陪都跑。崇禎皇帝長子朱慈烺，投奔到了自己的外祖父門下，但是他的舅舅和外祖父覺得這是一個燙手的山芋，於是希望朱慈烺離開，因此就吵起來，最後竟然打了起來，驚動了清政府，朱慈烺被抓，清軍抓到朱慈烺後也覺得這是一個燙手的山芋，於是變說他是冒充的皇子，最後把他殺了。
皇三子朱慈燦出家做了和尚，後來被清政府擒獲，最後的結局和朱慈烺一樣，被清軍以冒充皇子的罪名殺了。
最小的皇四子朱慈煥是運氣最好的一個，在流亡途中他乞討到了一戶王姓鄉紳家。鄉紳知道朱慈煥的身份後，拉著他的手哭泣說：沒有想到皇子會淪落到如此地步。鄉紳收留了朱慈煥，給他改名字為王士元，之後又遇到了一位姓胡的官員，將自己的女兒許配給他，於是朱慈燦以王士元的身份一直活到了七十五歲，且生有三個兒子和兩個女兒，又有了孫子，也總算兒孫滿堂了。按道理說，朱慈煥這樣一輩子也就知足了！但是他卻在給自己的兒子們起名字的時候按照了明王室的輩分，取了「和」字，並且在最後的那個字上加上了「土」偏旁，這引起人們的注意。
即使朱慈煥改名字但還是被有心之人利用，竟然有人造反就用了這位七十五歲老人的名號，可惜最後被鎮壓，於是朱慈燦隱瞞多年的身份暴露了，雖然朱慈煥已經不停的換地方，最終還是被清政府抓住，且全家都被殺害了。
至此，崇禎皇帝的子孫全部被消滅，而且全部都是以「不是他的子孫」的名義被消滅的!