蜥蜴，即可作為一個單獨的目——蜥蜴目LACERTIFORMES ，也可作為爬行綱有鱗目Squamata的一個亞目——蜥蜴亞目Sauria來對待，和蛇亞目Serpentes並列，這是分類系統的不同，我比較習慣用蜥蜴目。目下共有4個亞目。
依照不同的分類系統，蜥蜴分科具體數量有所不同，我喜歡用18科的系統。18科如下：
Agamidae 鬣蜥科（飛蜥科【臺】）
Iguanidae 美洲鬣蜥科（鬣蜥科【臺】）
Chamaeleonidae 避役科（變色龍科）
Gekkonidae 壁虎科（守宮科【臺】）
Pygopodidae 鱗腳蜥科（尾肢蜥科）
Cordylidae 非洲蜥蜴科（環尾蜥科、鎧鱗蜥科）
Scincidae 石龍子科
Lacertidae 蜥蜴科 （正蜥科）
Teiidae 美洲蜥蜴科
Xantusiidae 黃蜥科（夜蜥科、疣蜥科）
Dibamidae 雙足蜥科
Anguidae 蛇蜥科
Anniellidae 蠕蜥科（北美蛇蜥科）
Helodermatidae 毒蜥科
Xenosauridae 異蜥科
Shinisauridae 鱷蜥科
Lanthanotidae 擬毒蜥科（婆羅蜥科）
Varanidae 巨蜥科
此外楔齒蜥（喙頭蜥）不屬於蜥蜴，雖然其外形近似蜥蜴，但是骨骼結構和蜥蜴相差很多。單列為喙頭目。蚓蜥類亦不屬於蜥蜴，在有鱗目的系統內地位和蜥蜴亞目同等，為蚓蜥亞目。也可作蚓蜥目與蜥蜴目並列於爬行綱中。在此同樣作介紹。
另外說一下，學名是拉丁文不是中文，這點不要搞混了。正式的中文名字稱為中文正名，不過市場上交流很多蜥蜴的名字，尤其是外國種，很多都不是正式的中文名字，多是英語直譯或者自行臆想，故此貼裡給出的名字基本都是正式的中文名，至於市場俗稱也會提及。因為是寫分類，所以還是用從分類角度取的正式中文名好，老實說有些市場的俗稱挺沒有節操的。
喙頭目Rhynchocephalia
楔齒蜥科Sphenodontidae
楔齒蜥屬Sphenodon
這是一個古老的目，屬下僅存1科1屬2種，所以被稱為活化石。頭部具有頂眼，既有「第三隻眼」不過此眼只能感光，不能成像，兩種為楔齒蜥Sphenodon punctatus和斑點楔齒蜥Sphenodon guntheri，斑點楔齒蜥已於上世紀滅絕。僅分布於紐西蘭，屬於世界級珍稀動物，於鳥類同居在洞穴中，夜行，以昆蟲，鳥類為食，尾能自斷，但是再生不完全。壽命很長。
學名：Sphenodon punctatus 別名：喙頭蜥 商家和玩家的俗稱太沒有節操，不列了。此種不屬於蜥蜴，切記。
鬣蜥亞目 Iguania
鬣蜥科 Agamidae
體型小至中大型，頭背沒有對稱大鱗，附肢長，體表鱗片經常起稜，不少種類背部中央的一排鱗片通常隆起，稱為鬣鱗。舌短，不分叉或微分叉，平時不吐出，僅在飲水與捕食時吐出，可以粘附昆蟲。多數捕食性，少數植食性。分布於亞洲大陸，非洲大陸，澳洲大陸，區域為古北界，東洋界，熱帶界，和澳洲界。以東洋界種類最為豐富。臺灣將此科譯為「飛蜥科」，將美洲鬣蜥科（見下文）譯為「鬣蜥科」。個人感覺不妥。
學名：Agama agama 別名：普通鬣蜥 市場俗稱：彩虹飛蜥
鬣蜥科的模式種，鬣蜥科學名的由來是以其種名定屬名，再訂科名。有頸鬣，背鬣不發達，具有變色的能力。主食昆蟲，分布非洲中部。
學名：Agama atra
和普通鬣蜥同屬的物種，同樣有變色能力，分布南非山區，以昆蟲為食。
學名：Laudakia/Agama stoliczkana 別名：新疆鬣蜥。
有的分類學家將原鬣蜥屬（Agama）中的部分種類分出，成立巖蜥屬Laudakia，分布中國新疆，主食昆蟲，偶食植物。
學名：Psammophilus dorsalis
繁殖期顏色會變得豔麗的鬣蜥，分布印度的高原上。以昆蟲為食
學名：Acanthosaura lepidogaster 市場俗稱：高山角龍，十字領蜥
棘蜥這個屬的特徵是具有眶後棘（但是具有眶後棘的並不一定是棘蜥）。具有一定的變色能力，雄性較為豔麗，雌性較為暗淡。分布華南及東南亞的闊葉林和雨林中，以昆蟲為食。
學名：Japalura splendida 別名：麗紋龍蜥
攀蜥屬的物種具有頸鬣，但背鬣不發達。主要分布亞熱帶地區的樹林中。此種鼓膜具鱗片，眼下與上唇鱗之間的黃白條紋是其主要特徵。是國內市場上最常見的蜥蜴之一。該種為中國特產，分布華中及西南地區。
學名：Japalura flaviceps 別名：草綠龍蜥
與麗紋同屬的種類，區分是不具有麗紋那樣的眼下和上唇鱗之間的黃白條，草綠的眼周具有輻射狀黑紋，麗紋則沒有。該種同樣是中國特產，主要分布華中地區。
學名：Japalura polygonata 別名：琉球龍蜥
該種主要分布日本，個人感覺是攀蜥屬裡最漂亮的物種，尤其是圖裡的J.p.ishigakiensis亞種。另外黃口攀蜥，就是該種在臺灣的亞種，J.p.xanthostoma。
學名：Calotes calotes 別名：普通樹蜥，綠樹蜥
樹蜥屬的模式種，具有發達的背鬣和頸鬣，具有較強的變色能力。身體綠色帶有白紋，雄性的頭部能夠變成鮮紅色。分布印度及斯裡蘭卡。
樹蜥屬的另一個物種。該種同樣具有變色能力，並且變色的差異會較大。該種具有眶後棘，即眼睛後面的一枚小刺。這是區分它和其他樹蜥的依據之一。圖中可以清楚的看到。國內分布華南地區，國外分布東南亞。
學名：Calotes mystaceus
樹蜥屬的另一個種類，身體也能變色，分布東南亞中南半島，中國雲南也有分布。以昆蟲為食。
學名：Calotes versicolor 民間俗稱：馬鬃蜥
該種是東南亞最常見的蜥蜴之一，中國華南也有分布，繁殖季節頭部會變成鮮紅色，雄性前肢也可變為紅色。市場上較為常見，以昆蟲為食。
學名：Draco volans 別名：普通飛蜥
身體較為特殊的蜥蜴，體側有翼膜，可展開與樹枝之間滑翔。有喉囊。行動迅速，生活在高樹上。分布東南亞，該種國內沒有，不過國內有與它同屬的裸耳飛蜥Draco blanfordi和斑飛蜥Draco maculatus。
學名：Physignathus cocincinus 市場俗稱：綠水龍，中國水龍
鬣蜥科中的大型種類，體長可達1米，具有發達的背鬣和頸鬣，雄性比雌性更發達，性喜水，可食昆蟲，魚，蛙，甚至小鼠。是市場上常見的種類。
學名：Physignathus lesueurii 市場俗稱：澳洲水龍
和長鬣蜥同屬的種類，是該屬中唯一在澳洲的種類，分布澳大利亞東部。與長鬣蜥相同，同樣喜水。
學名：Gonocephalus belli 市場俗稱：貝爾冠蜥
鬣鱗同樣很發達的種類，喉囊除有紫色斑。爬天上曾經有很多人把該種誤認為是長鬣蜥而引起過不小的爭論，但是其實細看區分還是很明顯的，該種的鬣鱗和長鬣蜥不太一樣，喉囊的紫色斑也很容易區分。分布東南亞。
學名：Gonocephalus chamaeleontinus 市場俗稱：變色龍冠蜥
頭角蜥屬的模式種，具有變色的能力，雄性偏藍色，雌性偏綠色。分布馬來西亞和印尼。
學名：Hypsilurus/Gonocephalus boydii 市場俗稱：博伊徳森林龍（雖說是英語直譯，但是這個名字還是略無節操）
該種的分類地位略有爭議，近年來有的分類學家把它從Gonocephalus屬分到Hypsilurus屬，但是仍有分類學家認為它屬於Gonocephalus屬又分了回去。分布澳洲。
學名：Leiolepis belliana 市場俗稱：蝴蝶蜥
皮膚粗糙，肋骨可展開並展示肋部的鮮豔顏色作警示。雄性肋部較為鮮豔，雌性則比較暗淡。棲息於海岸周邊的沙地，挖穴而居，以昆蟲餵食。由於海南等地迷信此種大補，並且用其皮膚來冒充大壁虎的皮而大量捕殺，個人認為是目前國內種群受威脅最大的蜥蜴。另外所謂的巨型蝴蝶蜥，原本是其下的一個是其種下的一個亞種 L.b.guttata ，現在也有的分類學家把它獨立成種L.guttata 。而國內的蠟皮蜥，是其下的紅帶亞種L.b.rubritaeniata,但也有認為是獨立種L.reevesii的說法。
學名：Phrynocephalus versicolor 市場俗稱：卷尾沙蜥 民間俗稱：蟾頭蜥。
沙蜥這個屬是鬣蜥科中分布維度最高的一類。該種是草原爬行動物的優勢種，國內分布內蒙古，甘肅，新疆等地，國外分布蒙古，分布區域很大。以昆蟲為食。說到它，我不得不說「卷尾沙蜥」這個名字，這是我見過最沒有節操的俗稱了，沒有之一。為什麼這麼說，沙蜥屬種類很多，並且交叉分布，所以市場上的沙蜥經常會是多種混合，像分布比較廣的草原沙蜥（見下文），荒漠沙蜥都有可能進入市場。而所有的沙蜥都是會「卷尾」的。所以卷尾沙蜥這個名字用來稱呼單獨的物種是毫無科學性的。至於所謂「卷尾沙蜥」的學名Phrynocephalus maculatus，Phrynocephalus nejdensis分別叫做斑沙蜥和內志沙蜥，2種都是分布西亞的沙蜥，不會是中國市場上的沙蜥。
學名：Phrynocephalus frontalis 市場俗稱：卷尾沙蜥 民間俗稱：蟾頭蜥。
不建議使用卷尾沙蜥這個名字，上面已經說過了。此種分布同樣較廣，所以也很容易進入市場。以昆蟲為食。
學名：Phrynocephalus mystaceus
沙蜥屬裡最大的物種，可達15cm。嘴角有耳壯皮褶，雄性繁殖期頸下和肩胸會變為粉紅色。國內僅見於新疆霍城，國外分布中亞地區。
學名：Tympanocryptis lineata
形似沙蜥，但是是分布澳洲中部荒漠的種類，和沙蜥可以視作趨同進化。與沙蜥生態位相似。
學名：Diporiphora australis
分布於澳大利亞東北部的蜥蜴。棲息於海岸的沙丘或樹林中，半樹棲，以昆蟲為食。
學名：Sitana ponticeriana 別名：反身蜥
該種具有極大的喉扇，並且很豔麗。由於展示喉扇的時候會將身體向後仰得很高，所以就有了反身蜥這個名字。分布南亞地區，以昆蟲為食。
學名：Lyriocephalus scutatus
該種的特徵是鼻子上的突起，分布斯裡蘭卡的雨林中
學名：Amphibolurus muricatus
這種蜥蜴的性別是由溫度決定的，分布澳洲中部及東部地區。主食昆蟲，偶食植物。
學名：Ctenophorus/Amphibolurus ornatus
分布澳大利亞西部和中部的荒漠蜥蜴。原本是Amphibolurus屬的，00年的時候把從原Amphibolurus屬分到新屬Ctenophorus中，原Amphibolurus屬只剩樓上的那種和另外一種。
學名：Pogona vitticeps 市場俗稱：鬃獅蜥
關於該種的資料已經很多了，這裡就不多做介紹了。該種的英文直譯的話應該是鬍子龍，學名的種名應該也和鬃獅沒半點關係，「鬃獅」這個名字據說是日本人想出來的。另外該種曾經也是屬於Amphibolurus髭蜥這個屬的，99年分出來。另外有和該種長得很像的Pogona barbata，就是所謂的東部鬃獅蜥，該種Pogona vitticeps 是中部鬃獅蜥。
學名：Moloch horridus
外形怪異的蜥蜴，行動緩慢。身上有許多細槽，可以通過毛細作用把水分輸送到它嘴裡。具有一定的變色能力，以螞蟻為食。
學名：Chlamydosaurus kingii 別名：傘蜥
鬣蜥科中的大型種類，體長可達1米。受驚時會把頭部的皮褶展開威嚇敵人，奔跑的時候可把前肢抬起，僅用後肢快速奔跑。分布澳洲。
學名：Hydrosaurus amboinensis 市場俗稱：巨人斑帆蜥
尾上有類似船帆的結構。這屬物種具有和南美的冠蜥相同的在水面上奔跑的能力。體長可達1米，和長鬣蜥、鬥篷蜥並列為鬣蜥科最大的種類。
學名：Hydrosaurus pustulatus 市場俗稱：菲律賓斑帆蜥
Hydrosaurus屬的另一個物種，棲息於菲律賓的熱帶雨林，雜食性。
學名：Lophocalotes ludekingi
屬下單種，分布印尼蘇門答臘島的蜥蜴。
學名：Salea horsfieldii
該種具有批針型的背鬣。分布印度西南部。
學名：Uromastyx ornata 市場俗稱：華麗王者蜥。
同「鬃獅」一樣，「王者蜥」這個名字既非學名翻譯也非英文名翻譯，應該也是日本人臆想出來的。各種王者蜥即各個刺尾蜥屬的種類。該屬的物種在產地經常被作為食物，另外由於寵物的原型，野外的種群也受到一定的威脅。分布非洲撒哈拉沙漠。
學名：Uromastyx aegyptius 市場俗稱：埃及王者蜥
刺尾蜥屬的另一個物種，分布北非地區。所謂的敘利亞王者蜥，就是其下的亞種U.a.microlepis
至此鬣蜥科結束，附上鬣蜥科全部屬的名單及部分屬的正式中文名
Acanthocercus
Acanthosaura 棘蜥屬
Agama 鬣蜥屬
Brachysaura
Bufoniceps
Chelosania 大耳蜥屬
Coryphophylax
Cryptagama
Dendragama
Gonocephalus 頭角蜥屬
Harpesaurus 鐮蜥屬
Hypsicalotes
Laudakia 巖蜥屬
Lophocalotes 冠頭蜥屬
Mictopholis 雜鱗蜥屬
Oreodeira
Oriocalotes 異鱗蜥屬
Phoxophrys 瘰蜥屬
Phrynocephalus 沙蜥屬
Psammophilus 荒漠蜥屬
Pseudotrapelus
Trapelus
Xenagama
Amphibolurus 髭蜥屬
Arua
Caimanops
Chlamydosaurus 鬥篷蜥屬
Ctenophorus
Diporiphora 雙孔蜥屬
Hypsilurus 尖頭林蜥屬
Lophognathus 冠頜蜥屬
Moloch 魔蜥屬
Physignathus 長鬣蜥屬
Pogona 髯蜥屬
Rankinia
Tympanocryptis隱鼓蜥屬
Aphaniotis馬來蜥屬
Bronchocela
Calotes 樹蜥屬
Ceratophora角吻蜥屬
Cophotis卷尾蜥屬
Draco 飛蜥屬
Japalura 攀蜥屬
Lyriocephalus琴首蜥屬
Mantheyus
Otocryptis 隱耳蜥屬
Ptyctolaemus 喉褶蜥屬
Rankinia – heath dragons
Salea 鬃蜥屬
Sitana 英雄蜥屬
Tikiguania
Hydrosaurus 海蜥屬
Leiolepis 蠟皮蜥屬
Saara
Uromastyx 刺尾蜥屬