隨著「地獄之門」的出現，美麗的星空被掩蓋，取而代之的是用來監視「契約者」行動的虛假星空。「契約者」是接觸了「地獄之門」裡的物質後，獲得超能力的人。作為被選中的人群，他們冷酷、無情，讓人充滿畏懼與疑惑。各種神秘組織為了自身利益，利用契約者的超能力展開混戰。
本來不是契約者的黑，為了妹妹白，不得不違背自己的意志加入戰鬥，並與契約者琥珀相愛。可是他漸漸發現琥珀背叛了組織，也背叛了自己;在神秘事件後妹妹也失去蹤跡。憤怒的黑終於成為真正的契約者，被人稱為黑色死神，被詛咒的契約者。
在執行組織任務中黑再次遇到琥珀，而琥珀的言行愈加充滿神秘，似乎背叛之下有著許多難言之隱。為了找到妹妹，黑追蹤著琥珀，漸漸的看到混戰背後更大的秘密。黑能否找到妹妹呢?他該為自己和契約者的命運做出怎樣的抉擇?
最初的影像，是深邃的夜空碧藍如洗，億萬繁星的光輝倒映在澄靜的湖水中，宛如玻璃上鑲嵌著碎鑽。赤腳的白裙少女兀自站立在水中仰望蒼穹，背影寧謐，姿態虔誠。
最後的影像，是浸泡在發白的冬日陽光裡的淡漠青年的蟹青色身影，泌出些瑟索的味道，然後在街角處消失不見。
故事從寂靜中開始，又在一片肅然裡宣告了劇終，帷幕被流過的鮮血染成深色。中途不知經歷了多少個不眠之夜，東京依舊是那個被塗過螢光顏料似的魔都。無數虛擬的星辰破空升起，最終又宛如眼淚般在天宇的面龐上滑落，這是殺戮機器與區區人類交錯碰撞出的哀慟夜曲，亦是迴轉於屠宰場上的纏綿情歌。
借BONES重磅製作與岡村天齋領銜動畫原案之名，《黑之契約者》也應是部不可不看的原創動畫力作。在動畫業界中，超能力是個慣用的設定，燈紅酒綠的東京也一直是野心家毀滅世界的軟肋。這個故事有著一個並不鮮見的背景：十年前，東京內突然出現了一處不能解析的領域。從那裡走出的人們受到了異現象影響，獲得了操控生殺大權的超能力，卻永遠失卻了作為人類的夢與心。那塊神秘的屬地被稱為地獄門，從中走出的異能者被稱為契約者。
從此，蒼穹被異現象重新構建，皓月消失，星辰移位，夜空成為了契約者們的譜系，標識著他們的行動與消亡。與星辰籤訂契約的那群夜行者，則需以某種精神束縛行為為代價，做出違背人類本性的事情，用以交換超能力，否則便會喪失全部心智，淪為無心靈媒體DOLL。一切異象的出現都是難以用科學解答的謎題，契約者的存在在民眾面前被當成秘密掩蓋。曾有學者小分隊進入過地獄門內調查，最終卻只有一人生還歸來。國際各大機構對其重視不已，日本的警視廳、英國的M16、美國的CIA都在緊鑼密鼓地進行著地獄門的調查研究，甚至還有個超越國界的龐大組織潘多拉，動用著凌駕於任何超能的力量，妄圖消除所有契約者。了解到組織目的的契約者們締結了EPR(月見草)，默默與之對抗。就好像世界上絕不會有並存的星空，人類與契約者間勢必會有一場存亡之戰。
契約者常被形容成殺戮機器，可不知情的人依舊會憧憬地講出「擁有超能力的話，收拾桌子會方便許多」之類的無邪言辭。星空失卻之後，日光之下並無新事，久良澤凱所做的昔日星空回憶調查卻使那麼多人撿回了溫暖破碎的往昔，星星並不是無關緊要的東西，那裡曾有過人類的存在證明。23集中的某個場景始終令人難以忘懷：舊日的星空即將重現的夜晚，所有人都一起熄掉了燈，打開窗子，無比虔誠地仰望天空，直到烏雲密布大雨傾盆。
可如果虛擬的星星全部隕落的話，也一定會有人為之傷心吧。無法決定該如何取捨的時候，兩者一同保全或許才是最令人安心的選擇。雖然有些難以實現，可依舊有一些人卻願意為之孤身前行。
《黑之契約者》最初的宣傳海報上曾寫過，這個故事講述的是黑與許多女性的相遇。
相傳在地獄之門中可以取回失去的東西，生活幸福完整的人又怎會去接近那裡。契約者是違背常理的存在，太容易帶來厄運與悲劇。筱原千晶的父母被契約者所殺，成年後又被相戀的契約者欺騙，可依然無法忘記拉賽爾諾普敦放射光的魅惑，即使化為無心玩偶，也願為契約者獻出靈魂。田原耕造為了阻止女兒成為契約者，將從門中帶出的奇異種子植入了她的手腕，卻將小舞變成了會無意識釋放能量的延期償還者。花朵的枯萎帶走了父親的天真幻夢，隔閡頗深的父女最終在熊熊火焰中坦白了對彼此的愛意，失去了父親的舞在雨中哀聲吟唱出代價，從此她還要作為契約者活下去。黑幫小姐愛麗斯始終嚮往著光源，想要擺脫暗的束縛。卻又在依賴光的途中毀滅了光的指引，獻身給了名叫死亡的自由。潘多拉內的研究員米娜為保護喜歡的契約者做足了努力，可面對不可逆轉的命運時才發現自己的力量只是蚍蜉撼樹，最終被ME消除了記憶，將那個比任何人都善良的黑之死神徹底忘記。
也有一些單純的人獲得了一直渴慕的幸福。總想COS歐美硬派偵探的久良澤凱與他的萌少女助手琪可，還是得混沌地過著清貧但至少無憂無慮的日子。愛上DOLL的黑幫傻小子櫻井健兒，現在應該還在世界的某處為保護自己的小公主英勇奮鬥吧。
逝去的人化為了流星，帶著生還者的心願隕落。依舊活在世上的人，則必須認真地繼續生活。一切事端的發生都緣於漸變，黑因任務的機緣與他們相逢，在接觸的同時，又總在進行著無意識的救贖。而黑本身也會在與他們的交往中潛移默化地改變。形單影隻的留學生終於有能力敲開鄰居的家門，微笑著分發土產。此時此刻的黑並不是BK201、組織的黑之死神，而是一個笨拙到不知該如何表達真實心意的，名叫李舜生的大食青年而已。
介紹乾淨的人並不需要華麗的辭藻與繁複的修飾。服帖的黑髮，眉目溫馴，白襯衫與蟹青色外套的搭配格外簡單。走路的時候脊背微微弓起，一副很中庸很好欺負的樣子，眼睛裡沒有什麼灼人的神色，笑起來時會眯成蜿蜒的伏線，好像熱帶的食草動物一樣溫和、沉默，並且略帶遲鈍。這樣好的人，從組合公寓的老婆婆到拉麵店的小姑娘都會喜歡。他會用清淺的語調介紹自己叫做「李舜生」，名字聽起來好像是來自中國南方的老實男子，勤懇細膩，並且相信命運。他會在你失意的時候耐心聽你傾訴，做出想要竭力消化你的痛苦的樣子，卻始終無法與你交心。他的潔白手指用來淘米洗菜，也曾為一個少女點亮過一整座遊樂園，可誰又能想到，這雙手曾斷送過多少人的性命，早已被血染成了罪的色彩。
到了晚上，他就變成了另一個人，以雷電與鐵鎖劍為武器，取代淡漠素顏的是神情詭異的面具，黑色的風衣在夜風中獵獵揚起的時候，就好像死神張開的黑色羽翼一樣。BK201星映照著他的活動，而這顆星在最初時，是屬於妹妹白的。人們說，他是最強的超能力者，他殺死的人類與契約者都難以記數，他所涉及的案件完全沒有資料可考。是契約者就不應有情感與夢，不應背離與生俱來的合理判斷能力，可他卻一而再再而三地做出了與之相悖的選擇。為了保護素昧平生的DOLL放棄了戰鬥的主動權;為了讓一位故交實現心願而接近門，不惜與M16為敵。為了曾一同暢談過星空夢想的契約者的消殞而發怒;幫助愛上無心玩偶的傻小子逃走。與追逐自己多時的警視部課長在夜空下交換心事，帶她走出迷惘的境地。還有，他始終將銀、貓與黃當作同伴看待，而不僅僅是只有利害關係的行動搭檔，始終懷抱著共事與守護的心情，在他們遇到危機時一定會前去救援，甚至會不顧勝算幾何地只身前往敵人的巢穴，或者與全世界為敵。白的巨大能量在他的身體中沉睡，他是擁有著改變世界的力量的人，最為萬幸的事情，或許就是，這位青年一心守護的信念堅如磐石。
曾有人質疑過，完全看不出他有支付過代價的痕跡，岡村天齋也曾多次在訪談中強調，吃飯絕對不是黑的代價(笑)。或許因為他並不是完全的契約者，不是比黑更暗的存在，所以並沒有支付代價的需要罷了。
過多的殺戮並未降低他的心的溫度，與契約者的接觸，也使他明白，那群與星辰籤訂契約的人絕非僅僅是擁有超能力的屠夫。他可以用李舜生的模樣在拉麵店大塊朵頤，和麵店老闆與久良澤凱開開玩笑，彎起眉眼解釋說自己只是食量比較大。也可以以黑的身份滅掉黃的香菸，給街心公園的空食盆裡加滿貓糧，向銀在照看著的舊煙店窗口裡推進一枚糖果，淡淡地說聲謝謝。他既屬於契約者的範疇，又存在於人類的世界，兩者相加才能構成他所愛著的，平靜下藏匿著喧囂的世界，無論捨棄那邊都足以令他的生活崩潰。
最終他選擇了維護現狀，擊潰了組織的野心後，混戰結束，一切恢復了正常。契約者的存在被公開在大眾面前，星空的譜系未能恢復如初，社會治安與以往一樣混亂。可至少，有一件事情是可以確定的。那些沒能在世紀末的流星雨中墜落的星辰，至今依舊閃耀在世間的某個角落，其中當然也包括BK201。
霧原輕輕蓋上了混合公寓201室的房門，姓李的男子打點了原本就很簡陋的行裝，低頭走過街角，日光將他的影子照得很淡。最珍愛的妹妹依舊生死未卜，再度見面的可能性變得微乎其微。昔日的強敵與夥伴、愛戀過的少女，也都已涉水前往了三途川的彼岸。曾經有個神經大條的少年傻傻地發問過：「你看那個人的背影，不是很寂寞麼?」而他只是聳聳肩，溫煦笑著轉身離開。
「姓李的男人早已不復存在。」
可拉麵店堆積如山的空碗，牽住玩偶的手的少年，組合公寓的婆婆，亂七八糟的偵探，警視部的課長美人，香菸店的淡漠少女，依舊熙熙攘攘的東京人群以及漫天的虛構繁星……都會永遠代替那些已然消逝的人們記得。姓李的男人一直都在默默守護著自己最虔誠、最博愛的信念，從未離開。