多年來，邱毅教授心繫兩岸，始終旗幟鮮明地反對「臺獨」、堅定支持兩岸統一。
近些年來，作為臺灣政論名家，邱毅活躍於電視和網絡媒體，他從專業學者的角度，以事實為依據，縝密、透徹地針砭島內時弊、點評兩岸時事，深受觀眾喜愛。在節目中，邱毅多次明確表達捍衛臺灣民眾利益、反對「臺獨」分裂、堅持兩岸統一的堅定立場。
邱毅：「統一是必然的。臺灣的民眾、臺灣的政治人物，難道你不要『一國兩制』，你要『一國一制』嗎？」
邱毅：「蔡英文是『臺獨』首惡，這是沒有問題的。可是你們投票給蔡英文，讓她連任，那不是等於助紂為虐嗎？」
2020年初民進黨籍民代、時任蔡英文競選辦公室發言人林靜儀在接受德媒採訪時，公然宣稱所謂「支持統一就是『叛國』」，對此邱毅不僅在臉書發文表示「我就支持統一，來抓我啊」，還針對林靜儀要將所謂「兩國論」入法、最終實現民進黨所謂「臺獨黨綱」的目標的言論怒嗆：
時為新黨2020不分區民代候選人邱毅：「這不是『法理臺獨』嗎？這不是陷臺灣於戰爭之中嗎？這不是置臺灣民生於水火嗎？難道蔡英文這批人真的以為她手拿屠刀，臺灣人民就是砧板上的魚肉嗎？」
因為旗幟鮮明地支持兩岸統一的政治立場，邱毅也成為所謂「臺獨」分子的眼中釘、肉中刺。2019年12月31日，操作兩岸對立的「反滲透法」剛一通過，邱毅立即遭民進黨當局點名。
時為新黨2020不分區民代候選人邱毅：「2020臺灣地區領導人候選人辯論會的時候，宋楚瑜先生向蔡英文『自首』，他說如果『反滲透法』通過，他是不是也違反了『反滲透法』呢？蔡英文告訴宋楚瑜說，你不用擔心，不會辦到你。然後民進黨副秘書長林飛帆就說，要怕這個『法』的，就是三個人，張安樂、吳斯懷、邱毅。」
您在宣布退出國民黨不分區民代名單的時候就發文表示「我將在其它戰場繼續痛打邪惡汙穢的勢力，也將持續堅持我的人生理念，用我信仰的方法去愛臺灣」，對於兩岸您有著怎樣的信念？您又會用什麼樣的信仰和方式來愛臺灣呢？
邱毅：現在就我能力所及，我正在做的三件事。
第一件事 ，現在很多臺灣的年輕人認為「臺灣人不是中國人」，慢慢地他們甚至連自己是炎黃子孫都拒絕了，所以我必須要從文化上改變臺灣年輕人的看法。文化是結合兩岸人民的紐帶，所以我一直在文化這個領域上面，我要把兩岸之間的紐帶重新建立起來。
我建立的方法其實也很簡單，我會去談臺灣的山西刀削麵它的由來是哪裡，我會去談臺灣的北平上園樓是哪裡，你們喜歡吃的蚵仔煎跟大陸福建的海蠣煎，雖然有一點差別，系出同源。而蔡英文可以封殺我在電視的平臺，她封殺不了我網絡的平臺，我希望能夠透過網絡的平臺，讓所有臺灣年輕人都知道，原來你們現在所做的東西很多都來自大陸，這是我做的第一件事。
我做的第二件事，我跟大陸現在推動的鄉村振興、融文旅結合，我還有企業，還可以幫助大陸的田園綜合體引進新鄉賢的投資，有資金的、有技術的、有管理的，而且我所推動的這些能夠幫助臺灣發展。例如說我幫助臺灣的大蒜，讓它能夠在大陸找到出路，這對臺灣來說又是個福音，這不是蔡英文封殺得了的。
第三個，我從我今天節目一開始，大家就知道我還有個專長，我很會教書。因為這樣，所以我現在跟文化大學又開始合作了，我每個星期，我以六十幾歲的年齡，我還有五天要上課，我教書第一天學生二十個，我教書的第二周我的學生變成一百個，我現在學生是上千了，每一班都如此，所以已經被要求連暑假都得開課。一樣的，我會再創我過去「補習天王」的熱度，一旦我成為「補習天王」的熱度，我的學生大部分都是年輕人，他們紅紅火火地又迷我了，這時候我又突破了封鎖網，我又可以影響到這些年輕人了。
我一次影響兩百個、三百個，他們拓展出去，而且現在還可以做網絡、做視頻，可以在網絡平臺上把我上課不斷播出來。我認為我這樣是可以影響到對臺灣、對臺灣年輕人的思維，我上課常常也會在經濟學、管理學的舉例中，會把中國的文化灌輸進來，會把兩岸的形勢灌輸進來，會使大家在自自然然的情況之下，對於兩岸有更正確的認知、對於整個中華文化有更正確的認知、對於臺灣的未來有更正確的認知。
我認為我雖然已經六十幾歲了，但是我還是期望，我閉上眼睛之前兩岸之間是統一的，我希望能夠發光發亮，仍然有幫助於兩岸之間早日達成統一。