有一天，百丈懷海禪師陪同馬祖在野外行腳。這時恰好有一群野鴨子從附近飛過。馬祖問：「是甚麼？」 懷海禪師道：「野鴨子。」 馬祖問：「甚處去也？」 懷海禪師道：「飛過去也。」 馬祖突然轉過身，使勁地擰懷海禪師的鼻子。懷海禪師疼得失聲大叫。 馬祖道：「又道飛過去也！」 懷海禪師言下恍然大悟。
馬祖圓寂，懷海禪師在馬祖塔旁結茅棚，不久，繼祖之願，執掌泐潭（今寶峰禪寺）丈席，重宣上法。唐貞元十年（794年）懷海禪師沿馮川上車輪峰，遇上司馬頭陀（名曦）勸他留在奉新的大雄山，懷海禪師好尚隱幽，而大雄山「滿山古木森羅密，空谷迴蕩無痕跡。」幽靜的大山正是懷海禪師所愛，他就在這裡開墾出江西禪文化的一片新天地。
達摩祖師東來，傳到四祖道信大師的時候，他的門下就有了五百人，入住在黃梅雙峰山，為了解決吃飯的問題，道信大師開荒耕種；到了五祖弘忍大師，他的門下有七百人，亦住黃梅雙峰，六祖惠能大師去五祖那裡時，是做舂米的事情，可見，五祖沿續了四祖的作法，「常勤勞役，以體下人。」再傳到六祖惠能大師的時候，四方學者雲集，終於出現了「緇白千餘人」的盛況。
惠能大師之後，禪宗學人越來越多，並且大都居住在律寺裡，馬祖為了改變這種現象，建起了叢林，讓禪宗的修行人也有了安身立命的地方。但是這麼多人住在一起，如何自給自足？如何進行管理？
懷海禪師根據中國國情，並結合禪宗自身特點，於唐憲宗元和九年（814年）初，在百丈山正式制定了有別於印度戒律的「叢林清規」。由於懷海禪師駐錫百丈山，他創立的「叢林清規」自然被稱為《百丈清規》。《百丈清規》是載入中國通史的一件大事，「清規」為禪宗的特別教育方法與修行方法提供了制度上的保障，對禪宗的發展壯大起到了巨大的推動作用。
懷海禪師之禪門規式，流行至北宋，歷時既久，沿革自多，增損不一。故崇寧以後，歷有增訂。今可考者，有北宋崇寧二年（一一0三）真定賾公搜集諸方行法，重編之「崇寧清規」。南宋鹹淳十年（一二七四）金華惟勉悉假諸本，參異存同，編成之叢林校定清規總要，又稱「鹹淳清規」。此清規雖已禪門規式或有不同，然亦嘗違其大節。元至大四年（一三一一）東林一鹹參考諸方規則，改定門類編次，並詳敘職事位次高下等，成禪林通用清規，又稱「至大清規」。
元順帝元統三年（一三三五），朝廷特敕百丈大智壽聖禪寺住持德煇重輯，金陵大龍翔集慶寺住持大圻等校正。德煇乃取崇寧鹹淳至大三本參同，重新詮次，又刪繁補缺，折中得失，分成九章，釐為二卷，名曰《敕修百丈清規》，頒行全國，共同遵守。《敕修百丈清規》共九章，前四章題為祝釐，報恩，報本，尊祖，繫懷海禪師古規所無。五至九章題為住持，兩序，大眾，前臘，法器，其內容與懷海禪師規式有所不同。當今叢林，於大處尚循百丈古規，唯於小處略有變化耳。（參閱漢唐佛教文化史。江西佛教史等）
而懷海禪師制定的清規中，有一項就是「耕作自給」，他自己更是「一日不作，不日不食」，這是不是改變了佛陀制定的戒律呢？
當代禪宗大德虛雲長老在「一九五五年雲居山戒期開示」中作了如此說明：「關於戒律有一件很重要的事情，要向諸位說明的。戒本中有自手掘地，及自手織紡等戒，我們現在耕田織布，是不是犯戒呢？
我們要知道，佛所制戒，有性戒和遮戒兩種。首篇波羅夷罪是性戒，此是根本戒，犯者不通懺悔，其餘大都是遮戒，犯者可以懺悔。又有輕重開遮等別，研尋律藏便知。性戒者，體是違理，無論佛制與不制，若作均犯罪，如殺盜等是。遮戒者，造作無罪。佛未制前造作無罪，自製以後，若不作方成犯，如掘地紡織等。佛所以制遮戒，有各種原因，都是因地制宜，因事制宜，或因時制宜的。如掘地紡織等戒，都因避世譏嫌而制。
因當日印度社會，以乞食乞衣、一心修為出家人本分事，若自己營謀衣食，便招世譏嫌，佛因之制此等戒。但社會制度和風俗習慣各處不同，必須因地、因事、因時以制宜，決不能墨守繩法。故《五分律》說：「雖我所制，於餘方不為清淨者，則不應用；雖非我所制，於餘方必應行者，不得不行」。
故當日百丈祖師以中國與印度環境不同，已有「一日不作，一日不食」之美舉。佛如降生此時此地，決不會制掘地紡織等戒的。所以我們耕田紡織，並不是犯戒的事情，望諸位於修持中，切不可廢勞動；於勞動中，也不可忘修持，兩者是可以兼行並進的。由此可見我們對於受持遮戒，貴在遵循如來制該戒之本意，不在於死守條文。若得佛意，雖與條文相違，亦名持戒；若不得佛意，雖遵守條文，亦成犯戒。但亦不能
以此藉口，而將如來所制戒律，一概抹煞。各宜深入律藏，神而會之。」（《虛雲和尚全集》第二分冊 開示 P292-293）
「百丈清規」一誕生，懷海禪師便離開了人世。這一天，正是唐憲宗元和九年（814)正月十七日。懷海靈骨被安葬在百丈寺西大雄峰下，塔名「大寶勝輪」。唐穆宗長慶元年(821)，贈諡「大智禪師」。
「百丈清規」的意義在百丈大師圓寂以後五十年馬上凸顯。唐朝「會昌法難」使佛教受到重創。安世高大師、鳩摩羅什大師傳來的五停心觀的修行方法，玄奘大師帶來的唯識觀修方法，天台智者大師的觀修方法，都在這次法難中斷了活的傳承。而禪宗農禪並重的風格，可以不仰賴社會的支持，在深山老林裡面照樣修行，很多禪宗大德養成了獨立的風範，所以禪宗在法難中得以繼續保存活的傳承。
懷海禪師弟子，據《景德傳燈錄》載，共有三十人。其中以溈山靈祐、黃檗希運、五峰常觀最為著名。
自從懷海禪師住持百丈山之後，向日「人煙四絕」的百丈山再不荒冷了。後來，以及後來的後來，尋幽攬勝者，探頤索隱者，紛至沓來。
唐宣宗李忱來了。那時他還未登基，作為沙彌雲遊至此。在山中留下了「仙花不見三春秀，靈境無時六月寒」的詩句。後人有感帝王嘗駐蹕於此，便在百丈寺前蓋了個亭子，以詩中之句，命之為「靈境亭」。
書法家柳公權來了。在山中過了一夜。那是一個「樹搖幽鳥夢，螢入定禪衣。破月斜天半，高河下露薇」的禪的無塵之夜。斯翁嫌這裡的月色太白而下山了。後來，百丈山的石頭上出現了這位唐代大書法家的手跡。
文學家黃庭堅來了。據說他寫了一首《靈境御題》詩，詩云：「老夫高臥靈境臺，拄杖夜撞青天開。撒落星辰滿平野，山僧盡道佛燈來。」後來，王守仁遊文殊臺，寫了首《文殊臺夜觀佛燈》詩，此詩與黃庭堅寫於百丈的詩一模一樣，只是把靈境臺」換成「文殊臺」。此詩究意誰是真正的作者呢？詩壇上留下了一道謎。
哲學家周敦頤來了，這位理學創始人獨自循行幽徑，遙向高峰禮拜古剎鐘聲。在禪房裡，他品味著「寒雨滴芭蕉」的理趣。離山時，眼前景象已是」雨洗青天萬裡開「了。宋代理學的許多哲學觀點直接來自禪宗。自謂「浮生不定若蓬飄」的周敦頤自從百丈山「林下真僧偶見招」之後，便有了「覺後始知身是夢」的反思。
戲劇家湯顯祖與百丈寺僧古萍禪師一見如故，遇古萍於江樓，即「索酒談偈」，擊節唱詩。後來，古萍要歸百丈山了。湯顯祖贈詩送行，詩日：「到來都是淚，過去即成塵，稱色生鴻雁，江聲冷白蘋。別離心草草，珍重語頻頻。莫待他生見，還為慚愧人。」
百丈山的文化底蘊，總是那樣令歷代文人魂牽神往。