復旦大學創建於1905年，原名復旦公學，是中國人自主創辦的第一所高等院校，創始人為中國近代知名教育家馬相伯，首任校董為國父孫中山。
校名「復旦」二字選自《尚書大傳·虞夏傳》名句「日月光華，旦復旦兮」，意在自強不息，寄託當時中國知識分子自主辦學、教育強國的希望。1917年復旦公學改名為私立復旦大學。
1911年，辛亥革命爆發，復旦學生多數參加革命軍；加上經費停發，校舍又為光復軍司令部佔用，學校一度停辦。
1912～1916年，共培養大學預科畢業生十五人，中學畢業生一百五十人。其中知名的有張志讓、孫越崎等人。
1917年，復旦開始辦理大學生本科業務，改名為私立復旦大學，下設文、理、商三科以及預科和中學部。復旦升格為大學後學生也逐步增加。
2018年11月，復旦大學入選第一批中華優秀傳統文化傳承基地，傳承項目為吳越踏歌。