疫情發生以來，農發行新疆分行認真落實有關防控疫情、復工復產和脫貧攻堅部署要求，深入開展「黨旗耀天山」八項工程，推動全面從嚴管黨治行在防控疫情期間向縱深發展。
學習工程。自春節後有序返崗封閉上班以來，該行黨委堅持三級行黨組織學習「7+0.5+自學」不放鬆；及時向各級基層黨組織和全體黨員發出學習計劃和學習提示，推行「封閉學習+宅家自學」相結合、「學習強國+智慧黨建」相統一、「線上討論+線下學習」相促進、「主題黨日+微型黨課」相促進等學習機制與方式，實現「黨旗耀天山」統一思想目標。
組織工程。農發行新疆分行黨委第一時間向各級黨組織和全體黨員發出《關於在戰疫情中開展「當先鋒、作表率」專項活動的通知》，明確四項具體任務；制定《黨支部三年攻堅行動方案》壓實責任；開辦《專項活動簡報》及時發現和推送基層黨組織和黨員先進事跡和亮點作法；開展「防控疫情我爭先」主題黨日「線上」活動以強化「黨員意識」。黨委書記、行長杜彥坤同志向駐村工作隊親筆致《一封信》在全轄引起強烈共鳴，在各級黨組織中掀起了一個「向駐村隊員學習，打贏抗擊疫情人民戰爭」的熱潮，實現「黨旗耀天山」組織引領目標。
戰疫工程。疫情發生以來，農發行新疆分行包括區分行機關、18個二級分行和75個縣級支行第一時間100%實現了系統正常運營、閉門服務營業和辦公防疫運轉，800多名黨員幹部全天24小時封閉在崗，155名駐村工作隊員堅守防疫和脫貧攻堅鄉村一線，30多名黨員志願者服務社區防疫。其他「宅」家辦公的黨員通過不同方式向黨組織提出了「請戰申請」；細化掌握地（州）市疫情防控和復工復產動態措施，及時調整疫情期間有序返崗要求，實現「黨旗耀天山」全民戰疫情目標。
基礎工程。結合疫情防控特殊情況，農發行新疆分行不斷壓實基層黨支部責任，把抓好黨支部作為提升戰鬥力的基礎內容、管黨治行的基本任務、檢驗黨建工作成效的基本標準，作為防控疫情的「主心骨」、復工復產的「推動者」、脫貧攻堅的「領頭雁」來抓，真正讓全轄138個黨支部成為一個個堅強的戰鬥堡壘、1763名黨員成為一面面鮮紅的旗幟。該行實施「五星黨支部」創建活動，把工作難點作為基層黨支部工作重點和基礎工程來抓；廣泛開展黨員捐款活動，捐款金額達到57.45萬元，目前捐款活動仍在進行當中，實現「黨旗耀天山」爭先鋒作表率目標。
先導工程。農發行新疆分行發揮政策性金融在支持醫藥衛生、物資保障、後勤供應等方面的先導作用，截至2月中旬，累計審批防護物資類貸款2.94億元，生活物資保障類貸款24.53億元。該行統領支持自治區級疫情防控重點企業生產醫用物資資金需求；統領18個二級分行（直屬支行）助力外貿企業境外採購防護物資，主要用於防護服、外科口罩、藥品、隔離衣、護目鏡和醫療設備採購等資金需求；統領助力本土醫藥衛生企業，確保生產口罩、防護服、消毒液、酒精等防疫產品生產資金需求；助力防疫基礎建設，重點援建新疆東大門「雷神山」醫院建設；統領糧油和肉雞奶、蔬菜等日常所需生活生產資料資金供應需求；把疫情期間支持宣傳黨的方針政策列入重點支持對象，大力支持新疆廣電網絡「螢屏連萬家」24小時暢通和全天候免費服務「宅」家群眾，實現「黨旗耀天山」政策目標。
復工工程。截至2月中旬，農發行新疆分行審批35家糧油加工企業貸款9億元，確保35家糧食加工企業全面開工復產，有效保證了新疆麵粉供應充足和市場價格穩定。從2月1日至2月下旬不到一個月時間，該行審批基層設施領域貸款14.87億元，支持13家企業復工復產。該行下發《關於做好疫情防控期間春耕生產資金供應工作的通知》，投放春耕類貸款100多億元，加大對南疆四地州特別是10個未摘帽貧困縣的春耕生產支持力度。認真貫徹落實總行優惠配套政策幫助企業復工復產；向新疆泰昆集團審批兩億元貸款支持生豬養殖擴大產能，實現「黨旗耀天山」復工復產目標。
脫貧工程。截至2月，農發行新疆分行下旬投放扶貧貸款34.51億元，同比增加21.82億元，實現了扶貧貸款逆勢上揚。貸款覆蓋45個縣（市）86家企業，其中向南疆四地州深度貧困地區投放貸款17.21億元。通過產業扶貧輻射和帶動3萬多人就業或脫貧；通過基礎設施扶貧服務貧困人口1.3萬人；通過教育扶貧惠及學生近2萬人，貧困學生2000多人；通過發放健康扶貧貸款惠及建檔立卡貧困人口1萬多人；通過發放貧困村提升工程貸款帶動和服務1.5萬多人就業或脫貧，為助力新疆如期在2020年打贏脫貧攻堅戰開好局起好步，實現「黨旗耀天山」脫貧攻堅目標。
駐村工程。農發行新疆分行制定《進一步統籌「訪惠聚」駐村工作的意見》，強化組織、人員、資金、紀律等方面在全轄的統一管理；明確駐村工作隊在防控疫情、春耕備耕、脫貧攻堅等方面的職責和任務；有序做好155名駐村隊員評價考核運用、獎懲、表彰、組織發展和和輪換工作，實現「黨旗耀天山」在最後一公裡高高飄揚。