培養院校不同
空軍招飛屬於全國普通高校招生體系，是軍隊院校招生工作的重要組成部分，招收的飛行學員入空軍航空大學或清華大學、北京大學、北京航空航天大學「雙學籍」飛行員班學習，學員畢業後由空軍統一分配。
民航招飛則是由航空公司（如國航、東航、南航等）委託高校（如中國民航大學、中國民用航空飛行學院、南京航空航天大學民航學院、上海工程技術大學航空運輸學院等）培養飛行學員，所學專業為飛行技術專業。學員畢業後一般會定向分配到國航、東航等國內航空公司。
培養模式不同
空軍招收的飛行學員在進入空軍航空大學後，要先經過3個月的考察期，合格者才能取得學籍、軍籍。空軍招飛主要採用兩種培養模式，第一種是「四年一貫制」，即飛行學員在空軍航空大學全程培養4年，主要進行基礎教育和初級教練機飛行訓練。達到培訓要求的，獲得大學本科學歷和學士學位，被定為副連職軍官，授予空軍中尉軍銜。如因身體或技術原因不適合繼續學習飛行的，轉入空軍工程大學等軍隊院校學習航空管制、機關參謀等地面本科專業，總學制4年。第二種是「3+1」軍地聯合培養模式，即飛行學員在北京大學、清華大學、北京航空航天大學學習3年後，再到空軍航空大學學習1年。
民航招收的飛行學員主要是由航空公司委託高校培訓，委託培訓的飛行學員分為兩種：第一種是養成學員，即民航公司招收的應屆高中畢業生通過高考錄取到相關培訓院校（一般為中國民航大學或中國民用航空飛行學院）完成四年本科學習，並完成初始飛行駕駛技術培訓。其間，有部分學員會被安排到國外航校進行飛行技術訓練，待取得相應資格、證書後再進入民航公司。第二種是大畢改學員，是指從大學生或畢業生轉為飛行員，一般是指大學本科畢業後，再接受一年到兩年飛行駕駛專業教育，待取得相應資格、證書後進入民航公司。
體檢要求不同
空軍招飛要求，身高在164-185cm之間，體重不低於標準體重的80%、不高於標準體重的130%，標準體重（kg）=身高（cm）-110。裸眼視力C字表0.8以上，未做過視力矯治手術，無色盲、色弱、斜視等。
新版民航行業標準《民用航空招收飛行學生體檢鑑定規範》（MH/T 7013-2017，以下簡稱《規範》）放寬了多項體檢標準，如裸眼遠視力由不得低於C字表0.3放寬至0.1，但矯正視力仍不低於C字表1.0；角膜屈光手術由過去的不允許修改為在滿足特定要求下有條件地放開；取消了身高和腿長的數值要求，僅規定考生身高、腿長、臂長應符合飛行職業要求等。這些變化將極大提高符合要求的學生比例，有利於航空公司選拔更優秀人才加入飛行員隊伍。
招生範圍不同
空軍招飛面向全國招生。
民航招飛按照分省（區市）計劃招生。
飛行工具不同
空軍飛行員駕駛的飛行工具主要是戰鬥機、運輸機、直升機等，民航飛行員駕駛的主要是空客運大飛機。
高考錄取分不同
空軍招飛要求，考生高考成績需達到自主招生控制分數線。
民航招飛要求，考生高考外語限考英語，錄取按照教育部及民航總局劃定的錄取分數線（一般要求高考成績總分應達到當年本科最低錄取控制分數線）以及英語最低控制線確定，按考生高考成績排序，從高分到低分擇優錄取。
未來發展方向不同
空軍飛行員是空軍部隊建設的塔尖，具有較高的政治待遇和社會榮譽。飛行學員除享受軍校學員待遇外，還享受有關特殊待遇，包括航空飛行專業崗位津貼、空勤夥食、特種裝具等待遇。空軍航空大學畢業後，高中生和大學二年級飛行學員獲大學本科學歷、授學士學位，並任命為副連職軍官；應屆本科畢業生飛行學員，再授予軍事學學士學位，並任命為正連職軍官。高中生飛行學員停飛後，根據本人素質且具備培養為地面軍官條件的，轉入地面軍事院校學習。大學二年級飛行學員停飛後，根據本人意願可退伍回原普通高校繼續學習；應屆本科畢業生飛行學員停飛後，符合地面軍官條件的，可直接任命為地面軍官，也可根據本人意願作退伍安排。
民航飛行學員畢業後，將被分配到航空公司所屬的各分公司當客機駕駛員。在正式執機前，還要參加數月的模擬訓練，全部考試合格後，就可以成為一名副駕駛員。待副駕駛的飛行經歷時間及飛行技術達到標準後，再通過相應考核、面試後可聘任為機長。機長經過相應程序選拔和訓練，可聘任為飛行教員。另外，還有一些飛行人員進入航空公司飛行技術管理和企業管理崗位。總體而言，民航飛行員具有較豐厚的福利待遇和良好的職業生涯。