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劇情簡介：在參拜母親墳墓的回程途中，真嗣和葛城美裡遭遇了第七使徒的攻擊，關鍵時刻2號機勢如破竹挫敗對手，真嗣也由此結識了2號機的操縱者明日香。與沉默寡言的綾波麗不同，明日香自信張揚，甚至有些自大，在和真嗣相處的日子裡，彼此鬧出不少的笑話。他們三人分別駕駛著零號機、初號機和2號機，抵抗了第八使徒猛烈的攻擊，在這一過程中，淡淡的情愫悄然在這三個少年男女的心中萌生。不久後，第九、十使徒相繼降臨，真嗣他們面臨著生與死的殘酷考驗……
本片為福音戰士新劇場版四部曲第二部。
片頭一開始由真希波駕駛五號機迎擊第三使徒，以自爆殲滅，插入拴脫離。同時加持已乘坐飛機離開，後來加持給了源堂「尼布甲尼撒之鑰」。 鏡頭轉到第三新東京市，真嗣與源堂到了唯的墓碑前掃墓，後來第七使徒入侵，二號機將其迎擊，明日香登場，後來搬到了美裡家與真嗣、美裡同居，並轉學到了真嗣與綾波的學校。
加持邀情真嗣、綾波、冬二、劍介以及明日香參觀將紅色海水還原的機構，真嗣在加持的話語中知道了美裡加入NERV的原因，也就是第二次衝擊。 第八使徒來襲，並差點快墜落於第三新東京市時，真嗣駕駛初號機用AT力場承接，核心則由綾波的零號機固定，由二號機擊破（這是美裡的作戰計劃，被律子認為「這只是你對使徒的復仇」），兩架EVA都受了相當嚴重的損傷。修理期間真嗣等人度過了一段快樂的校園時光。
礙於「梵諦岡條約」規定一國只能有三架EVA，二號機由歐洲政府封印於NERV，明日香代替綾波去駕駛三號機，事後綾波在明日香的手機中留言了「謝謝」兩字。
明日香在與美裡講完了電話，進入三號機的插入拴中，結果被第九使徒給入侵，並且三號機（第九使徒）從松代實驗場一直往NERV本部前進，源堂指派了以維修完成後搭載傀儡系統的初號機出擊，因為真嗣知道三號機也有駕駛者在內，無法出手，所以系統轉由傀儡系統操控，初號機以暴力的戰鬥方式將三號機分屍並捕食，三號機插入拴當場被咬碎。目睹這個場景的真嗣對自己殺了人感到非常悔恨，後來他開著初號機威脅並踩踏NERV本部直到LCL濃度升高，初號機停擺為止。
真嗣在源堂的面前說出「我不想再駕駛EVA了」，卻被源堂回了一句「你還想繼續逃避嗎？」之後從美裡家離家出走。 明日香從三號機的插入拴中被NERV救回，奇蹟生還。但是律子擔心她遭受使徒精神汙染的可能性，所以就暫時將她安置在隔離機器裡。
第十使徒來襲，NERV派出了所有的兵力來抵抗，秘密入境的真希波駕駛了二號機抵擋使徒，由於使徒的AT力場非常強，她只好啟動了「BEAST MODE」，擊破了使徒的許多層AT力場但仍然不敵，由零號機手持N2炸雷攻擊。雖然使徒受到N2炸雷的零距離攻擊，但仍絲毫無損。結果零號機被使徒捕食，使徒的識別訊號變成零號機，身體也長出了類似女性身體的結構。
真嗣被真希波所駕駛的二號機從避難所帶到地表，初號機拒絕傀儡系統，所以真嗣到了本部，對著源堂說出他要駕駛初號機出擊。 初號機在真嗣的「把綾波.還給我！」「我變成怎麼樣無所謂，世界變成怎樣也無所謂，但是綾波，至少她一個人，我一定要救出來！」這句話之下覺醒，從使徒身體中拉出綾波後，拘束具逐漸脫落，律子說：「初號機將成為類似神的型態的新生命，因為新生命誕生的代價，第三次衝擊即將開始，世界即將結束。」這時，從天上落下了朗基努斯槍的複製品，擊中了初號機，第三次衝擊停止並消失。薰駕駛的六號機從天而降，說出了謎樣的話語：
「那麼...約定的時刻來臨了，碇真嗣。至少這次一定要讓你幸福！」