要想知道八旗裡面「上三旗」和「下五旗」的區別，為什麼「上三旗」包括正白旗和正黃旗、鑲黃旗，就必須了解八旗的歷史淵源和發展歷程。
在清太祖努爾哈赤的手裡，滿洲女真在兼併女真各部的過程中，將被徵服的各部統編入牛錄。
牛錄是滿洲女真部落是一種作為生產和作戰的基本單位，在努爾哈赤手上逐漸代替了女真部落原始的氏族血緣組織。
《滿文老檔》記載：「淑勒昆都侖汗(也就是努爾哈赤)把眾多女真各部落的壯丁進行規劃，每300壯丁編成一牛錄。每一牛錄都設立厄真一人。牛錄厄真以下還設有其他管理人員，包括代子2人、章京4人和村領催4人。4名章京分別統領300壯丁，編成塔旦。」
塔旦就是滿洲女真共同行動的基層單位，出則隨章京打仗，如則隨章京種地。
萬曆二十九年（1601年），努爾哈赤再次進行改編，將眾多牛錄組編為四個「固山」(旗)。
固山從此不再是基於血緣關係的氏族部落組織，而是由努爾哈赤打散各女真部落的牛錄組成的軍事行政單位。
八旗的誕生因此，固山不再依氏族姓氏或山河地理（女真氏族部落很多喜歡取周圍的高山或河流的名字）命名，而是組成黃、白、藍、紅四旗，以不同顏色的旗幟來進行區別，這就是最早的旗兵。
隨著後來的戰爭規模越來越大，擴軍的速度也越來越快，軍民數量也越來越多，努爾哈赤建立後金政權的前一年，又增編為八旗，將原來的四旗各分為正旗與鑲旗，黃、白、藍三旗鑲紅邊，紅旗鑲白邊，變成後來舉世皆知的八旗兵。
《清太祖武皇帝實錄》記載：「太祖努爾哈赤平定各地，統一各部，於是每300人設立1名牛錄厄真。5名牛錄設立1名甲喇厄真。5名甲喇設立1名固山厄真。固山厄真左右各設一名梅勒厄真。最早有黃白藍紅四色旗幟，後來將此四色旗幟鑲之變為八色，為八固山。」
據此編制，每旗有男性壯丁7500人（300X5X5）。八旗全部加起來就共有60000人（7500X8）。
男性丁壯一家老小不在八旗編制之內，但也由八旗各級官員統轄，人口數當遠超過軍兵數。
八旗制度是借鑑中原和蒙古相關制度，然後糅雜在女真氏族部落制上形成的一種較為特殊的軍政合一制度。
八旗制度的建立，為後金政權建立了一支組織嚴密、只聽從於汗王的強大軍事力量。
八旗的統管情況八旗分別由固山厄真（後人更喜歡稱之為旗主）統領，統屬於汗王的家族。
剛建立四旗的時候，黃旗直屬於努爾哈赤，藍旗則是由舒爾哈齊掌管，白旗由長子褚英掌管，紅*旗由次子代善掌管。
努爾哈赤除掉自己的親弟弟舒爾哈齊和自己的長子褚英之後，兵權幾乎全部囊括於自己手中。
建立後金政權之後，八旗中的正黃旗，鑲黃旗，鑲白旗三旗依然直屬於努爾哈赤。
努爾哈赤身上是皇帝服還是正黃旗軍服？
正白旗由努爾哈赤第八子皇太極掌管；正藍旗由第五子莽古爾泰掌管；鑲藍旗由舒爾哈齊第二子阿敏掌管；正紅*旗、鑲紅*旗則由代善掌管。
統率一旗的人稱之為和碩貝勒。依年齡順序，代善稱之為大貝勒，阿敏稱之為二貝勒，莽古爾泰稱之為三貝勒，皇太極稱之為四貝勒。
正藍旗莽古爾泰
四和碩貝勒在汗王的周圍，分別統領後金國的軍隊，並參與國政，是汗王的左膀右臂和後金政權最高的軍政長官。
努爾哈赤還規定，軍國大事和汗位繼承，由諸貝勒大臣共同議定，共同推舉。
這時候，最尊貴的「上三旗」是正黃旗，鑲黃旗，鑲白旗由於努爾哈赤最寵愛他的大妃阿巴亥，因此，就把直屬於自己的也是最重要的兩黃旗，給了大妃阿巴亥的三個兒子中的兩個——阿濟格和多鐸。
只有阿巴亥剩下的最後一個兒子多爾袞沒給，可能是努爾哈赤太寵愛多爾袞，努爾哈赤一直把多爾袞留在身邊，雖然努爾哈赤說過要另外給他一旗，但是到底給多爾袞什麼旗，並沒有明說。
因為努爾哈赤想讓多爾袞繼承自己的汗位。所以根據推測，努爾哈赤要給多爾袞的旗極有可能就是此時唯一剩下的「上三旗」之一的鑲白旗。
不過天有不測風雲，努爾哈赤突然病逝，而且還沒來得及留下傳位的旨意，就匆匆離世。
努爾哈赤突然離世後，以皇太極、代善為代表的努爾哈赤的其他兒子及侄兒們，對大妃阿巴亥極其忌憚，因為阿巴亥才36歲，又不是滿洲女真部落出身，而且她的兩個兒子阿濟格、多鐸都獨自掌管一旗，多爾袞更是汗位的有力競爭者，而且以後肯定要獨自掌管一旗。
當時多爾袞和多鐸年紀尚幼，而阿濟格又是一個衝動鬧事的性格。
皇太極他們就謊造聖旨，說依據努爾哈赤生前留下來的旨意，大妃阿巴亥必須跟隨他一生一世。說的好聽，其實就是殉葬，由此逼死了阿巴亥。
逼死了阿巴亥以後，剩下的多爾袞三兄弟，一下就失去了主心骨。
年幼的多爾袞多鐸和衝動的阿濟格怎麼會是老狐狸皇太極的對手。
皇太極通過拉攏與分化，本來他自己是正白旗旗主，他首先讓自己的長子豪格掌管鑲白旗。然後把兩白旗變為兩黃旗，再把原來的兩黃旗變成兩白旗。
然後廢掉阿濟格的旗主職位，接著把八旗軍民全部打亂混編，最後把正白旗給了多爾袞，把鑲白旗給了多鐸。
這樣一來，皇太極成功變成正黃旗、鑲黃旗的旗主。這樣做的好處就是表明自己的正統地位，因為正黃旗、鑲黃旗一直都是努爾哈赤的直屬軍隊。
通過廢除成年的阿濟格旗主之位，卻讓年幼的多爾袞、多鐸分別掌管正白旗，鑲白旗，即打擊了以阿巴亥為核心的八旗勢力，同時又不引起八旗內部的分裂，而且還能間接掌管正白旗，鑲白旗，有充足的時間敲打多爾袞和多鐸。
皇太極除了打擊多爾袞多鐸兄弟之外，還吞併了阿敏和莽古爾泰的軍隊，並再一次進行改編混編，最終，皇太極把鑲黃旗、正黃旗、正藍旗作為上三旗。其餘的作為下五旗。
這時候，「上三旗」變成正黃旗，鑲黃旗，正藍旗哪知，皇太極突然暴斃，和他老爹一個套路，也在沒有確立繼承人的情況下離世了。
清朝皇帝位子的爭奪就在皇太極長子豪格和多爾袞之間進行。
多爾袞的勢力略勝一籌，但是鑲黃旗和正黃旗的很多舊將，比如鰲拜、索尼等人都堅決要求皇位必須在清太宗皇太極的後代中推選出來。
最終，皇太極的長子豪格和戰功卓著的多爾袞都沒變成皇帝，皇帝落入年幼的順治帝之手。
但是多爾袞執掌了清朝的大權，成為清朝實際的掌管者，成為清朝第一位攝政親王。
在這種情況下，攝政王多爾袞也對八旗進行改編混編，並將鑲黃旗、正黃旗、正白旗作為上三旗，而將皇太極的長子豪格掌管的正藍旗踢到下五旗之中。
後來多爾袞突然暴斃，順治帝除了掌管傳統上一直直屬於皇帝的鑲黃旗和正黃旗之外，還順便將多爾袞的正白旗歸為己有，因為此時的正白旗的確戰鬥力很強，而且此時的正白旗人心惶惶，才有了順治帝的這個舉措。
這樣一來，「上三旗」變成正黃旗，鑲黃旗，正白旗此後「上三旗」從來沒改變過，這三旗的軍權也一直被皇帝所掌管，而清朝的皇權從此變得非常穩固，這樣的情形一直延續到清朝末年，都再也沒有變過。