八旗制度最初源於滿人（女真人）的狩獵組織。最開始只有兩個旗，分別是清太祖努爾哈赤所領的黃旗和努爾哈赤弟弟舒爾哈齊所領的黑旗。後來由於黑旗在夜間不便區分，所以就改成了藍旗。
隨著努爾哈赤勢力的擴大，旗下人口不斷增多，為了便於管理，於是又增添了一個白旗，由努爾哈赤長子褚英擔任旗主。
後來，局勢發生了重大變化。舒爾哈齊和褚英都相繼獲罪被處死。努爾哈赤將原來的三旗改為黃、白、紅、藍四旗。不久後，又在四旗的基礎上增設鑲黃、鑲白、鑲紅、鑲藍四旗。至此，八旗制度初步形成。
八旗的第一代旗主分別是：努爾哈赤擔任正黃旗、鑲黃旗旗主；努爾哈赤次子代善和代善的兩個兒子嶽託、碩託擔任正紅旗、鑲紅旗旗主；努爾哈赤五子莽古爾泰擔任正藍旗旗主；努爾哈赤侄子（舒爾哈齊之子）阿敏擔任鑲藍旗旗主；努爾哈赤八子皇太極擔任正白旗旗主；努爾哈赤之孫（褚英之子）杜度擔任鑲白旗旗主。
八旗旗下的單位稱為牛錄，每個牛錄有三百人，原則上每旗應有二十五個牛錄。但是實際上，每旗的牛錄數量都不一樣，而且隨時會調整。努爾哈赤在位時期，八旗牛錄數量大致為：正黃旗四十五個牛錄，鑲黃旗二十一個牛錄，正紅旗二十五個牛錄，鑲紅旗二十六個牛錄，正藍旗二十個牛錄，鑲藍旗三十三個牛錄，正白旗二十五個牛錄，鑲白旗十五個牛錄。
天命八年（1623年），當時努爾哈赤已經六十多歲了。於是他將自己親領的兩黃旗大部分授予他和大妃阿巴亥所生的三個兒子，即阿濟格（18歲）、多爾袞（11歲）、多鐸（9歲）。當時正黃旗和鑲黃旗經過調整，各自擁有三十個牛錄。阿濟格領正黃旗十五個牛錄、多爾袞領正黃旗十五個牛錄、多鐸領鑲黃旗十五個牛錄，剩餘鑲黃旗十五個牛錄依舊由努爾哈赤親自統領。同時，努爾哈赤還明確表示自己去世後，由阿濟格擔任鑲黃旗旗主，多鐸擔任正黃旗，另賜一旗給多爾袞。
由於經過此次分配後，鑲黃旗成了努爾哈赤唯一親領的旗，所以鑲黃旗也被稱為頭旗，並且在此後一直被稱為八旗之首。
努爾哈赤去世後，皇太極在眾人擁護下繼位。皇太極將鑲白旗旗主改為他的長子豪格。同時，為了體現黃旗「國主之色」，皇太極將屬於他們父子的兩白旗和阿濟格、多爾袞、多鐸三兄弟的兩黃旗進行對調。不過所改變的僅僅是名稱和旗號，各旗旗主所統領的人事關係並沒有改變。
天聰九年（1635），有人告發已經去世的原正藍旗旗主莽古爾泰、德格類謀反，皇太極趁機剝奪了莽古爾泰、德格類一門的旗權，並調任豪格擔任正藍旗旗主，兩黃旗則由他親自統領。從此，八旗形成了上三旗和下五旗的格局。上三旗作為皇帝的親兵，由皇帝直接統領。
清朝入主中原後，多爾袞成為滿清第一號人物。小皇帝順治（皇太極第九子）對他又恨又怕，無奈地尊稱他為皇父攝政王。
順治五年（1648年），多爾袞誣陷豪格，將其下獄。同時，他調任多尼（多鐸次子）、阿濟格頂替豪格成為正藍旗旗主，而他自己則擔任正白、鑲白兩旗旗主。此外，他還將正藍旗調出上三旗，將自己的正白旗調入。此後，上三旗和下五旗未再變動。
多爾袞死後，順治皇帝終於揚眉吐氣對死後的多爾袞進行了清算，原來由多爾袞所領的兩白旗也重新易主。正白旗作為上三旗之一，收歸皇帝本人統領。鑲白旗則由豪格之子富綬擔任旗主。
此後，八旗的格局為：皇帝統領上三旗（正黃、鑲黃、正白）；禮親王（代善世系）統領正紅、鑲紅兩旗；肅親王（豪格世系）統領鑲白旗；豫親王（多鐸世系）統領正藍旗；鄭親王（濟爾哈朗，舒爾哈齊之子）統領鑲藍旗。
清初時期，旗主的權力還是非常大的。後來經過幾代皇帝的不斷分化，從清朝中期開始，八旗實際控制人都是皇帝本人了。
八旗之間原則上沒有排名先後之分，也無實力強弱之分。八旗中的旗人在待遇上也沒有任何差別，不存在上三旗旗人比下五旗旗人享有更多福利的情況。但上三旗包衣和下五旗包衣在待遇上差別巨大，前者是吃皇糧，後者是領王府俸祿。
此外，上三旗旗人比下五旗旗人擁有更多機會，比如皇宮內廷侍衛一般都是上三旗旗人才能擔任。在上三旗中，頭旗為鑲黃旗而不是正黃旗。下五旗則完全沒有先後之分。