說到這部電影最原初的想法，是來源於導演魏德聖所讀的一部關於霧社事件的漫畫，一個講述臺灣原住民由於傳統文化被外來侵入者阻斷而反抗的熱血故事。導演欲將其拍成一部史詩片，除了渲染故事自帶的血性燃點、悽離淚點外，掏心掏肺地用滿滿的誠意把影片時長撐爆。對，還良心地加入了上下部分集形成的天然尿點。276分鐘，雖然冗長，但也不乏節奏感。
像這一類由文明的衝突而引發的歷史事件之中，往往牽扯到許多迷人的元素，即勇猛又悲壯，即退縮又驕傲。題材本身雖然跳不出「壓迫-反抗」的形式化老套路，但這股情感的漩渦，也夠撩人的了。
從影片開頭，賽德克們歡樂而自由的出草開始，殺戮、死亡，一直充斥著鏡頭。但這只是一首持續了幾千年的獵歌，一幅靜止了幾千年的原始壁畫。
直到霧社事件的開始，靜止的時間才飛速地旋轉起來。歷史的推動力太巨大，普通的戰士們被帶動得都停不下來了，一個個都殺紅了眼。一個賽德克追著漢人老闆喊打喊殺，直到被跑來的莫那踹了一腳。
莫那，這座時鐘走得有點兒慢，要是拿樹來作比，他應該是那種生長緩慢年輪非常緊密，木質頑固的樹種。當然這座鐘不是從一開始就慢的。青年時他也意氣風發，囂張跋扈。在成為族群英雄後，他的生命一下子膨脹起來，在他最滿足的時候，日軍進村，輕易地將他按在一堆獵來的骷髏中，在他的驕傲面前叫他萎縮下去。至此莫那成了中年外表上那種冷漠隱忍的樣子，雖然內心外穿，搞得一身紅衣，但只在陰影裡不動聲色地滋長，並緩慢而又持續地積攢著火柴尖上眯眯一點點的火藥。
因為莫那比別人走得慢一點，或者說耐心冷靜一點，所以他不僅扮演著這場動亂的領導者，他更是一名旁觀者。和世界保持著一點距離，因此也有一點餘力能看到些別的東西。當賽德克們在運動會場上嘶啦嘶啦或呯呯呯喊殺時，莫那正在傳遞武器，背著十把槍一個人在山林裡跑。然後有一個瞬間，他看到了枝頭上唯一的一朵櫻花，無比安靜的一個瞬間，雖然十把槍在哐嘡哐嘡地晃，血液在砰砰地敲擊著耳膜，上頭還播著BGM。
這可比任何殺與死都叫人難忘。
這其實是一個相當經典的對比搭配，死與生、剛與柔、動與靜、菊與刀…呃，紅配綠？誒誒，說的有點多了，對不可言說的事情應該保持沉默。
命運的手推著你奔跑，你也能停下來看看花嗎
莫那一直在抗擊著來自命運的外力，像一個套著鋼圈生長的南瓜，難怪他的屍體有不化的能力，無限接近賽德克族傳說中的神樹。作為一個人瑞，他看得見的東西比旁人多得多，他看見了花、看見了死掉的老爹、在上部結尾的時候還看了看天。
莫那一直在抗擊著來自命運的外力，像一個套著鋼圈生長的南瓜，難怪他的屍體有不化的能力，無限接近賽德克族傳說中的神樹。作為一個人瑞，他看得見的東西比旁人多得多，他看見了花、看見了死掉的老爹、在上部結尾的時候還看了看天。
除了賽德克族的神話莫那魯道，影片中還有幾個角色很讓人在意。
鐵木瓦裡斯
鐵木瓦裡斯為道澤群屯巴拉社頭目，年幼因與青年莫那魯道衝突，從此兩人成為世仇。霧社公學校大戰後，在小島的威脅利誘下，鐵木率屯巴拉社一同圍剿莫那魯道。
如果說莫那的時鐘走得慢，那麼鐵木瓦裡斯的鐘好像根本沒有走過，時針就停在青年莫那對他說[不會讓你長大]的那一刻，這是一句讖言。如果沒有日軍的侵入，他可能真的長不大。可日軍無意間阻止了他的殞命，他好像是得到了不該是他的生命不知該幹點什麼，一直就生活莫那的陰影裡，一直活在那一天，一直偏離著「時代重心」，一直被忽視著。莫那的悲劇是壯烈的悲劇，而鐵木瓦裡斯的悲劇只能是一個陰冷的悲劇。
花岡兄弟
從小受日本教育、取日本名的賽德克巡察
簡直是兩條沐而冠的山犬。肉體雖然修建得有禮有貌的，渴望著更先進的文化，但內心深處仍然蟄伏著野獸，可以細嗅玫瑰，卻不可以被馴服，無論這種馴服的願望來自他們本身還是別的誰。即渴求著侵略方，又不能割捨山野的根，又是處於生命氣味最濃的美青年時期，在雪白的紙門上寫訣別書的片段美極了。
前面說到了莫那看的櫻花，是臺灣原產的櫻花，寒緋櫻，或叫山櫻花，因其花色深而得名，花期1至3月。霧社地區還有一種白色櫻花，霧社櫻。霧社也有櫻都之名。其實霧社事件發生的時間是在十月下旬，這裡的滿山紅纓也只是導演的藝術渲染。由於櫻花這一意象作為日本文化的代名詞象徵性太強了，此處的櫻花盛開使人覺得在臺灣與日本文化之間多了一些聯繫與認同，不知是否導演本意。
在賽德克巴萊拍攝期間，劇組資金一直捉襟見肘，魏德聖東拼西湊四處籌集資金才使得電影最終完成。對於那些在困難時刻幫助他的人，電影的最後字幕特別以「天使·巴萊」稱呼他們，巴萊意為真正的，全意為真正的天使。
晚安,後腦勺lovers.
當命運的手推著你奔跑，希望你也能停下來看看花