攻殼機動隊的動畫由三個不同的監督演繹過，分別是押井守、神山健治、黃瀨和哉。雖然都是以士郎正宗的漫畫作為原著，但是三個監督的作品之間並沒有任何劇情上的直接聯繫（目前來說），均應視為平行宇宙看待。
押井守作品：
《攻殼機動隊》：第一部劇場版，傀儡師事件，最著名的攻殼作品。
《攻殼機動隊2 INNOCENCE》：第二部劇場版，第一部的續作，素子離開九課以後的事件。
整體上來說押井守的兩部攻殼個人風格明顯，相對沉重壓抑，人物塑造也顯得比較凝重，主要討論的議題是存在主義哲學。
神山健治作品：
《攻殼機動隊 STAND ALONE COMPLEX》：第一部TV動畫，笑臉男事件。
《攻殼機動隊 S.A.C. 2nd GIG》：第二部TV動畫，第一部TV動畫的續作，獨立的十一人事件。
《攻殼機動隊 STAND ALONE COMPLEX ：笑臉男》：第一部OVA，TV第一季的主線劇情整理版。
《攻殼機動隊 S.A.C. 2nd GIG：個別的十一人》：第二部OVA，TV第二季的主線劇情整理版。
《攻殼機動隊 Stand Alone Complex: Solid State Society》：第三部OVA，第二部TV動畫的續作，傀儡廻事件。
《攻殼機動隊 Stand Alone Complex: Solid State Society 3D》：第三部劇場版，第三部OVA的3D重製。
神山健治的作品相對而言更貼近原作風格，在緊張之餘也不失風趣，人物塑造也更為自然，討論的問題從哲學層面轉移到人文社會層面，而且通過TV動畫的篇幅對於攻殼的世界觀進行了很有益的拓展。TV第一季和第二季中都是主線劇情與支線劇情相互穿插的（從TV動畫的每集標題中可以看出），然後兩季各自推出了一個OVA，整合了主線劇情。
黃瀨和哉作品：
《攻殼機動隊 ARISE》：第四部劇場版，講的似乎是九課的成立。
由衝方丁劇本的最新作，被稱為「第四個攻殼」，人設和故事設定全面換血，就目前的劇情發展而言，這部作品同樣是獨立於之前的兩部作品之外的。
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