日光溫室西紅柿生長發育過程中因長期生長於特定封閉環境中，其幼苗及植株莖葉木栓化、木質化程度低且柔嫩易傷，抗病力弱，病菌極易侵入。
另外，管理過程中的沾花和整枝打權又導致溫室西紅柿花器衰敗期長，傷口多，一些病菌極易通過半衰敗的花器和傷口侵入；土壤板結 、基肥施用量大且根系集中也易引起溫室西紅柿根部土傳病害發生。因此，日光溫室種植西紅柿，做好病蟲害防治是關鍵。
農業防治
及時清理田園，合理輪作倒茬前茬作物收穫後，及時、徹底清除田園內的植株殘體、枯枝敗葉，以減少病源。生產中與非茄科蔬菜實行3年以上輪作，可有效防止病蟲害的嚴重發生和連續危害。
選擇抗病品種，培育無病蟲壯苗生產中要針對當地病蟲害的發生規律，選用適合當地栽培的、具有較強抗病性的蔬菜品種。在北方護地內通常使用的番茄品種有保冠一號、東聖一號、秦皇鼎盛等，這些品種對早疫病、晚疫病、葉黴病等均有較強抗性。苗期加強管理，培育無病蟲適齡壯苗，可明顯提高植株抗病性。
實行起壟定植、地膜覆蓋栽培棚室採用起壟定植和地膜覆蓋栽培，可有效防止澆水後畦內積水，減少土壤蒸發量，降低棚內空氣溼度，抑制病蟲害發生蔓延。
加強棚室管理，合理施肥在扣棚初期，應徹底剷除棚室內及其周圍的雜草，以防病蟲向番茄植株上傳播；發現病果、病株、病葉及時摘除並帶出棚外深埋或燒毀，及時搭架或吊蔓，整枝打杈。在增施有機肥的基礎上，適量增施磷、鉀肥和微量元素肥料，減少速效氮素化肥用量，做到平衡施肥，以增強作物對多種病菌的抗性，減輕病害發生。
物理防治
種子處理播種前進行種子處理，可杜絕部分病蟲害的傳播。常用的種子處理方法有溫水浸種和藥劑處理兩種。播種前溫燙浸種時，蔬菜種子一般在50~55℃溫水浸10~15分鐘，其間應不斷攪拌，使種子受熱均勻。藥劑處理可採用0.1%硫酸銅、0.1%高錳酸鉀或300倍液福馬林浸種，也可用50%多菌靈可溼性粉劑拌種。
高溫悶棚夏季休閒期，密閉棚悶棚7~10天，使室內溫度提高到60℃以上，以殺死土表及牆體上的病菌或蟲卵。如在高溫悶棚時，用適量硫磺粉、鋸末均勻混合，暗火點燃，密閉煙燻，燻後放風2~3天，再整地定植，效果更佳。
阻隔和誘殺害蟲番茄生產中，在棚室的通風口處設置防蟲網，阻擋有翅蚜、白粉蝨等害蟲遷入棚內。若棚內已發生蚜蟲、白粉蝨，可在棚內設置黃板誘殺其成蟲，一般每畝設置30-50塊。方法是在成品黃板上塗抹一層油（可用10號廢舊機油加少許黃油調勻），每畝懸掛25-30塊於行間。當白粉蝨粘滿板面時，需及時重塗。
高溫堆肥有機肥施入之前1~2個月，可將其潑水拌溼，然後堆積，用薄膜蓋嚴，使其充分發酵腐熟，在發酵期堆內溫度高達70℃左右，可有效地殺滅病蟲害。
生態防治
重點是調整棚內溫度、溼度。方法為合理灌水，禁止大水漫灌和陰雨天澆水，澆水後注意通風散溼，降低棚內溼度，減少葉面結露，以減輕病害的發生。陰雨天減少噴藥次數，採用噴粉法或燻煙法進行防治。
生物防治
利用捕食性天敵，如瓢蟲捕食蚜蟲、白粉蝨，寄生性天敵麗蚜小蜂可寄生在白粉蝨的若蟲或蛹上而導致白粉蝨死亡。利用微生物製劑，如農抗120可防治番茄疫病。
化學防治
化學農藥雖有汙染環境、破壞生態平衡、產生抗性的弊端，但由於具備防治對象廣、防治效果好而速度快的優點，仍是日光溫室病蟲害防治中不可缺少的一項措施。
但在操作過程中需注意，不可隨意提高施用濃度或幾種不同性質的農藥混配，以免發生藥害和使藥品失效。噴藥應及時、適時，噴藥時要做到噴布周密細緻，使葉片正反兩面、莖蔓、果實全面著藥。嚴禁使用高殘留、劇毒農藥，如呋喃丹、1605、氧化樂果、久效磷、甲胺磷、甲基異柳磷、殺蟲脒等。
番茄的病蟲害防治是一個綜合的過程，尤其是溫室內高溫、高溼、封閉的小氣候和蔬菜連年重茬種植，使病蟲害的發生種類、數量明顯增加，危害程度日益嚴重。對溫室內西紅柿病蟲害的防治需要引起足夠的重視，才能減小因病蟲害的發生面帶來的危害。