作者 葉向陽（特約軍事評論人）
臺軍主要有陸軍、海軍、空軍組成，總兵力21.5萬人。經過幾十年發展，臺軍已經發展成為一支編制體制健全、具備一定戰鬥力的地區性武裝力量。
一、臺軍領導機制沿革
2002年3月以前，臺軍基本沿襲國民黨在大陸時期的軍事體制，並參照美國的模式，即臺灣地區領導人為臺軍最高統帥，通過軍政和軍令兩大系統領導全軍。在軍政系統上，臺灣地區領導人通過「國防部長」對軍隊行使統率權；在軍令系統上，臺灣地區領導人通過「參謀總長」對軍隊行使指揮權。除軍政、軍令系統外，臺灣當局還設有「國家安全會議」，主要任務是研究和規劃防務安全及臺灣建設大政方針。李登輝上臺後開始改革軍事體制，將以前的軍政、軍令二元化軍事體制改為一元化。2000年1月29日，臺灣地區「國防法」、「國防部組織法」正式公布，並由「國防部」組成「國防組織規劃委員會」，利用三年時間完成改革。2000年底，與之配套的「參謀本部組織條例」出臺。2002年3月1日，改革按計劃完成，「國防法」、「國防部組織法」正式實行，確立了軍政、軍令一元化的軍事體制。
依據新的軍事體制，「國防部」負責統轄臺軍各部隊。「國防部長」由文人擔任，為臺灣地區領導人的軍事參謀長。「參謀總長」為「國防部長」的軍事參謀長，「參謀本部」為「國防部長」的軍事參謀及三軍聯合作戰指揮機構。「參謀本部」改稱「國防部參謀本部」，原隸屬「參謀本部」的各軍兵種「司令部」改為直接隸屬於「國防部」，並在陸、海、空軍「司令部」和「後備指揮部」、「憲兵司令部」前加上「國防部」三個字。臺灣地區領導人對軍隊行使領導權時，直接下令「國防部長」，「國防部長」責成「參謀總長」指揮軍隊。
二、臺軍組織體系和職能劃分
（一）臺軍組織體系
「國防部」是臺「行政院」下設機構，也是臺灣地區安全防務的最高主管機關。「國防部」除了自身設置之外，下轄「參謀本部」、「陸軍司令部」、「海軍司令部」、「空軍司令部」、「憲兵指揮部」、「後備指揮部」等機構。「國防部」是「行政院」所有部門唯一設置「副部長」而沒有「政務次長」的部門。
「國防部」是臺灣地區層級最高的軍事機構，負責統轄臺軍各部隊。「國防部」機關編設四個司、七個室、四個直屬機構和兩個研究機構。四個司分別是「戰略規劃司」、「資源規劃司」、「法律事務司」和「整合評估司」；七個室分別是「總督察長室」、「全民防衛動員室」、「國防採購室」、「政務辦公室」、「人事室」、「政風室」和「主計室」；四個直屬機構分別是「政治作戰局」、「軍備局」、「主計局」和「軍醫局」；兩個研究機構是「中山科學研究院」和「國防安全研究院」。此外，「國防部」還設有「最高軍事法院」、「最高軍事法院檢察署」、「高等軍事法院」、「高等軍事法院檢察署」、「地方軍事法院」、「地方軍事法院檢察署」和「國防工業發展基金會」等單位。
「參謀本部」是臺軍執行軍隊指揮的特設單位，相當於世界各國的總參謀部，也是臺軍軍令系統的最高單位。主要職責是掌理提出建軍備戰需求、建議軍事資源分配、督導戰備整備、部隊訓練、律定作戰序列、制定並執行作戰計劃及其他有關軍隊指揮事項。「參謀本部」機關編設六個室和四個直屬單位，六個室分別是「人事參謀次長室」、「情報參謀次長室」、「作戰及計劃參謀次長室」、「後勤參謀次長室」、「通信電子資訊參謀次長室」、「訓練參謀次長室」。四個直屬單位分別是「軍事情報局」、「電訊發展室」、「資通電軍指揮部」和「臺軍聯合作戰指揮中心」。其中，「軍事情報局」專責執行戰略預警情報搜集、研整等任務，工作地點有溪園營區、山竹營區和草漯營區。「電訊發展室」主要負責電子信號的監聽、偵察等任務，對外高度保密，工作地點有林園營區、碧潭邨營區、清風園營區和華園營區。「資通電軍指揮部」是2017年6月升格成立的部門，主要任務為電子作戰、資訊作戰、網絡作戰及軍線（軍用電話線）維護管理，也是臺軍唯一兼具攻守一體特性的軍事網絡安全單位；該部機關編有「後勤處」、「網戰處」、「電戰處」、「資通處」、「人行處」，下轄五個大隊，分別是通資作業第一大隊、通資作業第二大隊、通資作業第三大隊、電子戰大隊和網絡戰大隊。「臺軍聯合作戰指揮中心」位於臺北市大直軍事要塞區，是臺軍最高層級的指揮機構，俗稱「衡山指揮所」、「衡指所」。該中心設有光纖網絡、發電機、氧氣和水供給系統、「美國聯合部隊司令部聯合戰區兵推系統」（JTLS）等，並可承受2萬噸級核爆炸、2千噸級的常規轟炸或電磁脈衝攻擊。
（二）各軍兵種職能劃分
「陸軍司令部」負責辦理臺灣陸軍的規劃、督導及執行。機關編設「政治作戰室」、「督察長室」、「人事軍務處」、「軍事情報處」、「戰備訓練處」、「後勤處」、「計劃處」、「主計處」、「化學兵處」、「工兵處」、「通信電子資訊處」等部門。直屬單位包括勤務營、醫務所、北部地區人才招募中心、陸軍軍官學校和陸軍專科學校。
「海軍司令部」負責辦理臺灣海軍事務的規劃、督導及執行。機關編設「政治作戰室」、「督察室」、「人事軍務處」、「軍事情報處」、「戰備訓練處」、「後勤處」、「計劃處」、「戰鬥系統處」、「主計處」等部門。直屬單位包括「海軍造船發展中心」、「海軍通信系統指揮部」、海軍軍官學校、「海軍艦隊指揮部」、「海軍陸戰隊指揮部」、「海軍教育訓練暨準則發展指揮部」和「海軍保修指揮部」。
「空軍司令部」負責辦理臺灣空軍的規劃、督導及執行。機關編設「政治作戰室」、「督察長室」、「人事軍務處」、「軍事情報處」、「戰備訓練處」、「後勤處」、「計劃處」、「通信電子資訊處」和「主計處」等部門。直屬單位包括「空軍作戰指揮部」、「空軍防空暨飛彈指揮部」、「空軍教育訓練暨準則發展指揮部」、「空軍保修指揮部」、「空軍航空科技研究發展中心」、「中部地區人才招募中心」和空軍軍官學校。
「憲兵指揮部」，憲兵部隊是在臺灣地區具有軍法、司法警察權的執法部隊，軍種屬陸軍，因具有執法權，並擁有獨立的指揮、人事及後勤補給系統，故不隸屬於「陸軍司令部」，其地位類似於古代的禁衛軍，主要任務之一是保護臺灣地區領導人。「憲兵司令部」機關編設有「政治作戰部」、「督察室」、「人事軍務處」、「軍事情報處」、「警務處」、「後通處」、「計劃處」、「主計處」和勤務連。直屬單位有憲兵訓練中心、刑事鑑識中心、警衛大隊、通信資訊隊、醫務隊和憲兵特勤隊。臺灣各地區憲兵指揮部門包括憲兵「第202指揮部」、「第203指揮部」、「第204指揮部」和「第205指揮部」。
「後備指揮部」主要任務是策劃執行後備軍事動員、管理、服務和民防工作；戰時提供各作戰區所需後備部隊，並持續執行軍事動員，支持地面作戰。因部隊人數不如以往，「後備指揮部」現在主要業務是密集性徵召後備部隊教育訓練。機關編設「參謀長室」（下設「人事軍務處」、「戰備訓練處」、「後勤處」、「動員管理處」、「主計處」、「留守業務處」）、「政治作戰室」和「督察室」。直屬單位有本部連、通信作業連、醫務所、後備動員幹部訓練中心、示範公墓管理組、革命忠烈祠管理組和留守業務處桃園管理組。各地區「後備指揮部」包括「北部地區後備指揮部」（覆蓋基隆市、臺北市、新北市、桃園市、新竹縣、宜蘭縣、花蓮縣、連江縣）、「中部地區後備指揮部」（覆蓋苗慄縣、臺中市、彰化縣、南投縣、雲林縣、嘉義縣）、「南部地區後備指揮部」（覆蓋臺南市、高雄市、屏東縣、澎湖縣、金門縣）