《名偵探柯南》中的黑衣組織是一個神秘而恐怖的組織，但凡知道組織秘密的人都會被殺死，甚至還會牽連周邊的人。少年偵探工藤新一因為偷看到黑衣組織成員的非法交易被強行灌下了毒藥APTX4869，但在細胞自我破壞的偶發性情況下，工藤新一死裡逃生變成了7歲孩童的模樣，並化名為江戶川柯南。為了不讓黑衣組織的人知道自己還在人世，柯南一直都在隱匿行蹤，儘管十分謹慎，可還是有不少組織成員知道了他的真實身份，他們都是誰呢？
01雪莉雪莉是黑衣組織中的頂級科學家，毒藥APTX4869就是她研發出來並提供給組織的。
在某一天，雪莉同往常一樣進入實驗室進行工作，突然發現用於做藥物實驗的小白鼠居然變小了，大吃一驚的雪莉沒有向組織上報這件事，而此時關於琴酒毒殺了高中生偵探的事情傳到了她的實驗室。
接到組織命令，雪莉和她的同事需要去工藤新一家中核實他的死亡，第一次雪莉一行人並沒有什麼發現，第二次去的時候，雪莉驚訝地發現一月前還在柜子裡工藤新一兒童時期的衣服全都不見了，聯想到那隻小白鼠，雪莉猜想工藤新一併沒有死亡而是變成了孩童。
後來雪莉背叛組織逃了出來，被阿笠博士撿到後，從他的口裡得知了工藤新一如今的身份，帝丹小學一年級B班的江戶川柯南。
02貝爾摩德貝爾摩德似乎一出場就知道柯南就是工藤新一，因為貝爾摩德的真實身份莎朗·溫亞德是新一母親有希子的好朋友，曾在有希子處見過新一年幼時的照片，因此對於與幼年新一如此相似的柯南心存疑慮，聯想起自己身上的特殊情況，對此更加懷疑。
貝爾摩德在執行雪莉回收行動時，曾裝扮成新出醫生一段時間，並從警署中偷走了與毛利小五郎有關的所有卷宗，逐漸證實了心中猜想。
為了抓住雪莉，貝爾摩德還在阿笠博士家裝了竊聽器，偷聽了柯南他們的對話，完全肯定了江戶川柯南就是工藤新一。
03愛爾蘭威士忌愛爾蘭威士忌是黑衣組織潛入警視廳的臥底，曾注意到江戶川柯南居然在追蹤易容成警官的貝爾摩德，便對柯南起了疑心，開始調查他的身份。
愛爾蘭威士忌藉助自己新身份的便利在警視廳資料庫中查找江戶川柯南的資料，隨後他又在另一次搜查會議上意外得到了一些關於工藤新一曾在帝丹高中學園祭出現的信息，察覺到了些許不對勁，猜想二者間可能有什麼聯繫。
於是，愛爾蘭威士忌在當晚分別潛入帝丹高中與帝丹小學，將黑衣騎士頭盔上工藤新一的指紋與美工課作品上柯南的指紋進行比對，發現結果一致，意識到了柯南和新一為同一個人。
04宮野明美宮野明美是黑衣組織的底層人員，雪莉的姐姐。她曾經想要帶著妹妹一起脫離組織，被迫接受組織布置的搶劫十億日元的任務。
在完成任務的過程中，她結識了江戶川柯南，訝異於他擁有超越年齡的成熟冷靜和精明頭腦。
在完成任務要求組織兌現承諾時，可琴酒他們卻出爾反爾，結果宮野明美遭到了琴酒他們的反殺。根據蛛絲馬跡找到線索跟來的柯南見到了宮野明美最後一面，宮野明美臨死前問了柯南的真實身份，柯南告訴她：我叫工藤新一！
黑麥威士忌就是赤井秀一，十年前曾在海邊見過年幼的新一。
在與柯南的多次合作中，赤井就非常懷疑柯南的身份，但柯南的嘴巴太嚴實了，根本問不出所以然來。
在赤井假死化名為衝矢昴後，柯南邀請他住在工藤家，此時的赤井已經猜測出江戶川柯南就是工藤新一了。
赤井為了證實自己的猜測，在一次案件中他請小蘭給新一打電話尋求解決辦法，然後他躲在暗處悄悄關注柯南的行為，果然看到了拿著變聲器跟小蘭電話交談的柯南，肯定了柯南的真實身份。
柯南果然是有主角光環的人啊，黑衣組織中那麼多人知道了他的真實身份，可那些人要麼已經變成了他的同伴，要麼已經死亡，所以他才能夠安然無恙的繼續調查組織的秘密。