黑衣組織是日本動漫《名偵探柯南》中的一個籠罩在神秘色彩中的跨國犯罪組織，自劇情伊始便已經出現。主角工藤新一因為看到了組織進行非法交易的場面而被琴酒灌下毒藥(APTX4869)滅口，卻幸運生還，並在藥物偶發作用下身體縮小成為小學生模樣。他化名為江戶川柯南，借住在青梅竹馬毛利蘭家的毛利偵探事務所，暗中調查黑衣組織。
除Boss外，黑衣組織在《名偵探柯南》漫畫原作劇情中，共有20名出現姓名或代號的組織正式成員登場，另有未出現姓名或代號的組織成員1名(無名老人)、存疑人物1名(即吞口重彥);劇場版、漫畫特別篇等其他作品中有11名組織成員登場。
那麼，最後的大boss究竟是何人，很多人猜想是阿笠博士，但這一想法被青山老師否決了，還有很多人認為是原太同學，既然柯南能變小，那麼大boss會變小的可能也極大，最後的大boss究竟是何人，我們還是慢慢等青山老師更新吧!小編已經結婚生子了，柯南還在一年級呢。哈哈哈。。。。
黑衣組織已知成員
1、琴酒(Gin)
反派角色，黑衣組織重要成員。經常和伏特加一起出現。身穿黑色風衣，銀色(早期為金色)長發，臉總被帽子和劉海半遮掩著，左撇子。冷酷殘忍，頭腦冷靜，眼神冷厲，似乎可以毫不猶豫地殺死任何人。經常執行各種暗殺和清除組織內奸的任務，是給工藤新一灌下APTX4869使其身體變小的罪魁禍首，亦是柯南所面對的主要敵人之一。
2、伏特加(Vodka)
最早登場的黑衣組織成員之一，琴酒的搭檔。完全服從琴酒且經常一起行動，尊稱琴酒為「大哥」。
3、貝爾摩德(Vermouth)
黑衣組織重要成員，真實身份是美國女明星莎朗·溫亞德。因某種原因恢復年輕或停止衰老(具體原因至今不詳)，而後對外宣稱為「莎朗的女兒」克麗絲·溫亞德。擅長易容術與變聲術，各方面能力出眾。在組織中負責收集重要的情報，是「那位先生」欣賞的人。經常單獨行動，被稱為「神秘主義者」。早年與工藤有希子在黑羽盜一(第一代怪盜基德)門下學習易容，成為朋友。曾易容為殺人魔後，被工藤新一、毛利蘭救下。知道江戶川柯南和灰原哀的真實身份，卻並沒有上報組織。認為柯南是可以摧毀組織的「銀色子彈」。
4、基爾(Kir)、即水無怜奈
真名本堂瑛海，伊森·本堂的女兒，本堂瑛祐的姐姐。真實身份是CIA派入黑衣組織進行臥底調查的諜報員，組織代號「基爾(Kir)」。表面身份為日賣電視臺女主播(已辭職)。曾於一次暗殺行動中遭遇車禍昏迷，受到FBI保護。之後在FBI的協助下重新進入組織繼續臥底，並答應向FBI提供組織情報，條件是FBI對弟弟本堂瑛祐進行保護。
5、基安蒂(Chianti)
黑衣組織中的狙擊手，與科恩搭檔，有效射程600碼(1碼(yd)=0.9144米(m)，600碼=548.64米)，實力強勁。左眼有鳳尾蝶圖案紋身並且常畫很重的眼影。性格激進，痛恨對卡爾瓦多斯見死不救的貝爾摩得。
6、科恩(Korn)
黑衣組織的狙擊手，與基安蒂搭檔。狙擊技術出眾，能力在600碼左右。性格冷酷、沉默寡言。參與過多次暗殺行動。
7、波本(Bourbon)、即安室透
本名降谷零 ，化名安室透。真實身份為日本公安警察派入黑衣組織的臥底 ，組織代號「波本」(Bourbon)。表面職業為私家偵探、餐廳服務生，在毛利偵探事務所樓下的波洛咖啡廳打工，並拜毛利小五郎為師。擅長搜集情報，有極強的觀察力與推理能力。與FBI搜查官赤井秀一相互厭惡，因此偽裝成傷疤赤井來觀察赤井秀一是否已死。為了調查毛利小五郎與雪莉是否有關聯而接近毛利，後對柯南的身份產生了興趣。對FBI成員進行了一系列試探，推斷出赤井秀一未死和赤井假扮為衝矢昴活動。由赤井秀一揭曉其真名和日本公安警察的身份。