1864年，太平天國的末日終於來臨。首府天京（今南京）陷落後，湘軍如洪水猛獸般地進入天京，地毯式洗掠全城達三日之久，可稱得上是挖地三尺，撈盡了天國首府裡所有的浮財。因「歷年以來，中外皆傳洪逆（清統治者對洪秀全的蔑稱）之富，金銀如海，百貨充盈」，湘軍領袖曾國藩與曾國荃弟兄懷疑還有更多財寶窖藏在地下深處。
湘軍攻克南京後，曾國藩奏報同治帝搜查「賊贓」的情況，說除了兩方「偽玉璽」和一方「金印」，別無所獲。
且看曾國藩寫給朝廷的奏摺：「歷年以來，中外紛傳洪逆之富，金銀如海，百貨充盈；臣亦嘗與曾國荃論及，城破之日，查封賊庫，所得財物，多則進奉戶部，少則留充軍餉，酌濟難民。乃十六日克復後搜殺三日，不遑他顧，偽宮賊館，一炬成灰。逮二十日查詢，則並無所謂賊庫者。訊問李秀成，據稱：昔年雖有聖庫之名，實系洪秀全之私藏，並非偽都之公幣。偽朝官兵向無俸餉，而王長兄、次兄且用窮刑峻法搜刮各館之銀米。蘇州存銀稍多於金陵，亦無公帑積貯一處。唯秀成所得銀物，盡數散給部下，眾情翕然。此外則各私其財，而公家貧困等語。臣弟國荃謂賊館必有窖藏，賊身必有囊金，勒令各營按名繳出，以抵欠餉。臣則謂勇丁所得賊贓，多寡不齊；按名勒繳，弱者刑求而不得，強者抗令而遁逃，所抵之餉無幾，徒損政體而失士心。因曉諭軍中：凡剝取賊身囊金者，概置不問；凡發掘賊館窖金者，報官充公，違者治罪。所以憫其貧而獎其功，差為得體。然克復老巢而全無貨財，實出微臣意計之外，亦為從來罕聞之事。」
曾國藩以「挺經」之法，以「此心耿耿可對君父」的赤誠，明明白白地上奏「克復老巢而全無貨財」，頓時，物議沸騰，多以其奏為謊言。晚清經學家、文學家王闓運寫詩說「曾侯工作奏，言錢空縷」，意即曾國荃一擲千金買箋紙，怎麼會「全無貨財」呢，誰信？
大清朝廷對曾國藩還是十分信任的，曾摺奏聞七日後，便迅速下達了一道「理解萬歲」的批諭：「逆擄金銀，朝廷本不必利其所有。前據御史賈鐸具奏，故令該大臣查明奏聞。今據奏稱：城內並無賊庫，自系實在情形。」
太平天國忠王李秀成被俘後，曾國藩與曾國荃都審訊過這位太平天國後期的「擎天柱」，其中有一條問：「城中窖內金銀能指出數處否？」李秀成就利用自述來對付曾國藩。他在自述裡十分巧妙地作了委婉敘述，然後分別引出「國庫無存艮（銀）米」、「家內無存金艮（銀）」的結論，搪塞了曾國藩。天京城陷時，全城的口號是：「弗留半片爛布與妖（太平軍對清兵的蔑稱）享用！」
太平天國在南京苦心經營十載，一直就有洪秀全窖藏金銀財寶的傳說和「金銀如海」之說。攻打南京城的湘軍十分相信這個說法，待到破城之日，湘軍四處掘窖，曾國藩甚至還發布過「凡發掘賊館窖金者，報官充公，違者治罪」的命令。就是曾國藩在給朝廷的奏報裡，也公然提出過「掘窖金」的話。
按太平天國的財產管理制度，所有公私財產都必須統一集中到「聖庫」，人們生活的必需品由聖庫統一配給，百姓若有藏金一兩或銀五兩以上的都要問斬。這種制度使得太平天國的財富高度集中，為窖藏提供了可能。「聖庫」制度在太平天國後期「天京事變」後已名存實亡。
李秀成在臨刑前的供狀中說：「昔年雖有聖庫之名，實系洪秀全之私藏，並非偽都之公幣。偽朝官兵向無俸餉，而王長兄（指洪秀全）、次兄（指楊秀清）且用窮刑峻法搜刮各館之銀米。」這就說明天京事變後，太平天國政權由洪氏嫡系掌管，「聖庫」財富已成洪秀全的「私藏」。而洪秀全進入天京後便避居深宮，十年未出。如果沒有其親許，任何人都不能進入天王府。其他異姓諸王受到的猜忌更是越來越深。天王府成為洪秀全唯一信賴和感到安全的地方，如果要窖藏的話，最有可能就在天朝宮殿地下。
據歷史文獻記載，當年天王洪秀全在南京建天朝宮殿時，自然是傾「全國」所有，掠各地奇珍異寶於宮內，其他王府也都藏有金銀珠寶。據《淞滬隨筆》記載：「城中四偽王府以及地窖，均已搜掘淨盡。」既然別的王府尚且有窖金，天王府就更不應該沒有。
天王府當時並沒有被湘軍全部毀掉，有不少還未燒盡，當年的核心建築「金龍殿」依然存在，百年來，從來沒有誰對其地下進行過勘察。「金龍殿」下邊到底有些什麼？天朝宮殿地下有沒有藏金？真是撲朔迷離。
直到辛亥革命以後，還有軍閥想要掘太平天國窖金髮財，但不知什麼原因，最後並未下手。
關於藏寶的兩種說法
湘軍入城後，曾國荃的部隊是最先進入天王府的，相傳曾國荃挖得洪秀全的藏金而入私囊，為毀滅證據，最終一把大火燒了天朝宮殿。清人有筆記記載，洪秀全的窖金中有一個翡翠西瓜是圓明園中傳出來的，上有一裂縫，黑斑如子，紅質如瓤，朗潤鮮明，皆是渾然天成。這件寶貝後來居然落在曾國荃手中。
當年湘軍劫掠天王府時搜查得很仔細，甚至連秘密埋在天王府內的洪秀全遺體都被挖了出來，焚屍揚灰，一大批窖金怎會發現不了呢？所以，曾國荃得窖金的說法有許多人願意相信。
另有記載：「宮保曾中堂（指曾國藩）之太夫人，於三月初由金陵回籍（湖南），護送船隻，約二百數十號。」如此多的船隻運送，不能不讓人懷疑是曾氏弟兄在給老家送掠來的窖金。
清代文人李伯元《南亭筆記》記載：「聞忠襄於此中獲資數千萬。除報效若干外，其餘悉輦於家。」忠襄即曾國荃，說他攻佔南京竟然有千萬收入。
還有一種說法是蔣驢、王豆腐靠太平天國窖金致富。近代學者胡樸安《中華全國風俗志？南京採風記？人品綽號》載：「寧俗好以綽號呼人。暴富人家，皆有綽號。如王豆腐，即其家曾業豆腐也；蔣驢子，即其先有人趕驢子也。」位於城南三條營二十號的蔣壽山故居主人，就被人戲稱「蔣驢子」。蔣壽山，蘇北淮安人，為人誠懇忠厚，清鹹豐年間，隨父流落南京以趕驢為業。太平軍攻破南京後，「蔣驢子」投軍養馬。被忠王李秀成賞識，升為驢馬總管。據說他得到了太平天國的窖藏而富甲江南，人稱「蔣半城」。大富商王豆腐相傳也是靠得到太平天國的寶藏而富起來的。
除天京藏寶之謎外，太平天國還有一個藏寶之謎。據中國書籍出版社出版的《寶藏的故事》記載，太平天國翼王石達開率領的太平軍覆滅於大渡河前夕，把軍中大量金銀財寶埋藏於某隱秘處。石達開當時還留有藏寶示意圖，圖上寫有「面水靠山，寶藏其間」八字隱訓。
抗戰期間，國民黨四川省主席劉湘秘密調了一千多名工兵前去挖掘。在大渡河紫打地口高升店後山坡下，工兵們從山壁鑿入，豁然見到3個洞穴，每穴門均砌石條，以三合土封固。但是挖開兩穴，裡面僅有零星的金玉和殘缺兵器。
當開始挖掘第三大穴時，當時的國民政府派古生物兼人類學家馬長肅博士等率領「川康邊區古生物考察團」前去幹涉，並由「故宮古物保護委員會」等電告禁止挖掘。不久，劉湘即奉命率部出川抗日，掘寶之事終於被迫中止。根據研究人員赴現場考查後判斷：該三大洞穴所在地區和修築程度，似非為太平軍被困時倉促所建。石達開究竟在這裡有沒有藏寶，也成了歷史未解之謎。
而另一種截然不同的說法是，在重慶南川市鐵廠坪有段傳說，當年石達開西徵途中曾經路過南川，留下了一批寶藏，只要找到了一處名為「太平山」的位置，就能找到石達開寶藏。
為此，後來曾有記者專門採訪過這兩處地方。兩地的文物部門都肯定了石達開部隊在當地的活動，說：「至於寶藏，不好解釋，找不到東西。」
和世界上所有藏寶之謎的複雜性一樣，太平天國的兩大藏寶之謎至今仍未解開。