澎湃新聞綜合報導
在審判席上就坐的5位法官。左起：派屈克、克萊墨、韋伯、梅汝傲、陽諾夫。
南京大屠殺期間，30餘萬無辜平民和放下武器的士兵遭到殺戮，財產蒙受巨大損失。1945年抗戰結束，當時的國民政府和國際社會立即採取行動為南京大屠殺案進行調查取證，並確定了為大屠殺負主要責任的日軍軍官、將領和士兵。
國民政府確定了59名戰犯，最後有5人直接因為南京大屠殺案而被執行死刑，更多戰犯逃脫了罪責。審判不是復仇，是為記錄歷史。本文根據南京大學教授張憲文主編《南京大屠殺全史》整理。
1945年12月6日，為了處理二戰期間日本戰犯，國民政府專門成立了戰爭罪犯處理委員會，其主要職責是頒布逮捕戰犯的命令，調查、編審、提出戰犯名單，審核審判執法情況，引渡戰犯，審查戰犯名單等。
1946年10月25日，委員會確立了處理戰犯的基本原則，其中第三條原則是：與南京及其他各地之大屠殺案有關之重要戰犯應從嚴處理。12月25日，有關南京大屠殺暴行資料由外交部交由司法部，軍令部開始對南京大屠殺戰犯部隊番號、軍銜、籍貫、年齡、經歷、罪行進行了較深入調查。
最後確定了南京大屠殺戰犯59名，其中師團長以上戰犯12名，基層部隊指揮官47名，另外24項是作案部隊或機構部隊。
清單如下：
朝香宮鳩彥王，中將，會攻南京總指揮官
谷壽夫，中將，第6師團師團長
吉住良輔，中將，第9師團師團長
荻洲立兵，中將，第13師團師團長
松井石根，中國派遣軍總司令官
本間雅晴，中將，第27師團師團長
原田熊吉，日特務機關首長
天谷直次郎，第27師團第24旅團旅團長
藤田進，第27師團師團長
山室宗武，第11師團師團長
中島今朝吾，第16師團師團長
牛島貞雄，第18師團師團長
向井敏明，少尉，屬片桐部隊
巖尾野田，少尉，屬片桐部隊
中島曬三雄，大佐
山田次郎，屬中島部隊
岡本保之，屬中島部隊
中島袈裟朗，屬中島部隊
橋本賢二郎，屬中島部隊
……
1946年2月15日，南京審判戰犯軍事法庭成立，石美瑜任庭長。中方不久向東京盟軍總部提出，要求將南京大屠殺的主要戰犯引渡來中國，接受中國民眾審判，如松井石根。
由於松井石根被列為甲級戰犯，根據盟軍總部相關規定，松井石根必須接受遠東軍事法庭的審判，因此未能引渡到中國。但當時的南京國防部由於受到民眾的壓力，曾經請求東京盟軍總部把谷壽夫押解到中國來審判，在東京參加遠東軍事法庭的梅汝璈也積極斡旋，最終谷壽夫、向井敏明、野田毅、田中軍吉等戰犯被引渡到南京接受審判。
中方法官梅汝璈
1946年1月19日，美國將軍麥克阿瑟發表聲明，宣布成立遠東國際軍事法庭。法庭任命澳大利亞最高法院法官威廉·韋伯為法庭庭長，法官中包括中方法官梅汝璈。
1946年3月，調查團前往中國進行了為期5個星期的南京大屠殺調查，收集各種證據和證人。1946年6月12日，15名中外證人被帶到日本，這些人大都出庭作證。多位證人和多種證據證明，大量平民和非戰鬥人員被日軍以各種藉口或者沒有明顯理由所屠殺。
東京審判起訴書指出，「被告荒木貞夫、橋本欣五郎、畑俊六、平沼騏一郎、廣田弘毅、板恆徵四郎、賀屋興宣、木戶幸一、松井石根、武藤章、鈴木貞一、梅津美治郎在1937年12月12日及此後的日子中通過非法命令，引起和允許日本武裝力量進攻南京城，違反了罪狀二中提到的有關條約條款，違反國際法屠殺了城市居民，非法殺害和謀殺成千上萬平民和放下武器的中華民國士兵，他們的姓名和人數目前仍然是未知。」
南京大屠殺案的主犯谷壽夫在中國軍事法庭上接受審判。
谷壽夫，東京人，1937年12月12日率第六師團最先攻入中華門。谷壽夫是製造南京大屠殺的罪魁禍首之一。抗日戰爭剛結束，戰犯處理委員會就將谷壽夫列為重要戰犯。1946年2月2日，谷壽夫被盟軍總部逮捕，8月2日，被引渡到中國。10月3日，谷壽夫從上海轉移到南京。10月19日，軍事法庭提訊谷壽夫，但他極力否認南京大屠殺罪行。12月31日，戰犯軍事法庭正式以破壞和平罪和反人道罪起訴谷壽夫。
1947年2月6日至8日，戰犯軍事法庭對谷壽夫進行了3天的公審，80多名證人出庭，控辯雙方針輪激烈。在審訊中，谷壽夫一直拒不認罪，除了在法庭上狡辯外，還多次以書面方式呈遞申辯材料，一再辯解自己無罪，他還稱其本人特別重視軍紀軍風，他認為戰爭罪行是其他部隊所為。但法庭對谷壽夫的狡辯進行了有力反駁，法庭認為，本案證人千餘人，均系身歷其境，被害人屍骸頭顱3000餘具，至今猶存。
「查被告在作戰期間，以兇殘手段，縱兵屠殺俘虜及非戰鬥人員，並肆施強姦、搶劫、破壞財產等暴行，系違反海牙陸戰規例」及戰時俘虜待遇公約各規定，應構成戰爭罪及違反人道罪。……被告方與各會攻將領，率部陷我首都後，共同縱兵肆虐，遭戮者達數十萬眾。更以剖腹、梟首、輪姦、活焚之殘酷行為，加諸徒手民眾與無辜婦孺，窮兇極惡，無與倫比。不僅為人類文明之重大汙點，即心術之險惡，手段之毒辣，貽害之慘烈，亦屬無可矜全。應予科處極刑，以昭炯戒。」
南京軍事法庭對谷壽夫的審判，從1946年10月谷壽夫被押到南京開始到最後審判結束，共歷時6個多月，法庭調查確認證據四五千件之多，證人出席500多人，法庭以充分可靠的證據判處谷壽夫死刑。1947年4月26日，谷壽夫被押往雨花臺執行槍決。
1947年12月18日，日本戰犯向井敏明、野田毅、田中軍吉（由左向右）在南京接受公審。
戰犯向井敏明和野田毅分別是日本山口和鹿兒島人，南京大屠殺期間均為日軍第16師團片桐聯隊福山大隊的少尉。兩名戰犯在1937年12月攻佔南京過程中，相約進行以誰殺滿100人為勝的競賽，結果是向井明敏殺了106人，野田毅殺了105人。兩人的殺人比賽被當時東京日日新聞等多家日本媒體競相報導。
1947年8月20日和9月2日，野田毅和向井敏明相繼被盟軍總部逮捕，之後引渡到中國。1947年12月4日在經過多次偵訊審問後，此案偵查總結，並予以起訴。12月18日，戰犯軍事法庭對兩人進行公審。
向井敏明和野田毅在法庭上否認到過南京，狡辯當時報紙的報導非事實。法庭進行了有力的辯駁，舉出當時外籍記者田伯烈的詳細記載，並核實了《東京日日新聞》報導的事實等，最後認定向井明敏和野田毅系南京大屠殺共犯。最後法庭做出判決：向井敏明、野田毅，在作戰期間，共同連續屠殺俘虜及非戰鬥人員，各處死刑。
1948年1月28日，兩人被執行槍決。
2003年，在日本右翼勢力的慫恿下，野田毅、向井敏明的遺屬向東京地方法院提起訴訟，控告《朝日新聞》原記者本多勝一等個人和機構侵犯當事人及其家屬、遺屬名譽權。在法庭審理中，原告和被告圍繞日本軍刀性能，百人斬新聞報導的事實性等內容進行辯論。最後法庭判決認為，通過諸多報紙資料、日本老闆回憶錄、兩少尉所在部隊記錄可以得知，兩少尉在攻往南京途中所進行的這一競爭事實是不容否定的。這場翻案，是一場關於南京大屠殺歷史真實性的較量。
南京大屠殺期間，田中軍吉任侵華日軍第六師團第四十五聯隊上尉，曾持 「助廣」軍刀砍殺平民300餘人。
1947年9月20日，軍事法庭對田中軍吉提起公訴，公訴稱被告在作戰期間，違反戰爭法規及慣例，肆意殺戮中國平民，「軍吉堅決否認，然有查獲之斬殺三百人之隊長愛刀助廣之照片一紙為證，自非空言所能抵飾。」12月12日，田中軍吉在審判中承認在南京大屠殺期間殺人。最後軍事法庭將其與向井敏明和野田毅案一同審理，並一起公審。
12月18日，在公審中，田中軍吉詭辯稱，屠殺300人的說法為當時宣傳所用，並非事實。在庭審中，田中軍吉的態度蠻橫，還向法庭求情寬恕，希望以後為中日和平努力。最後法庭判決田中軍吉死刑。
1948年1月28日，田中軍吉、向井敏明、野田毅三人被押往雨花臺執行死刑。
甲級戰犯松井石根接受法庭審判
遠東軍事法庭檢方認為，松井石根應該承擔日軍在南京暴行的主要責任。
1947年11月24日，松井石根第一次站在了遠東國際軍事法庭的審判席上。在法庭上，松井石根的策略就是能賴就賴，他的邏輯是自己沒有收到南京大屠殺的正式調查報告，只有聽聞沒有確認，所以不了解暴行，也因此自己沒有責任。
法庭對松井石根的有罪判決依據是，「法庭認為有充分的證據顯示松井石根知道正在發生的事情。也沒有採取任何措施，那些能抑制這些暴行的措施。……他指揮著那支應對所發生事件負責的軍隊。況且他知道這些暴行，他既有權力，也有義務控制住他的軍隊和保護不幸的南京市民。他必須為他的瀆職行為承擔刑事責任。」
經過近2年的漫長審理，1948年3月29日法庭結束庭審，11位法官起草判決書。由於11位法官之間存有分歧，形成多數派和少數派。1948年11月4日至12日，庭長韋伯宣讀多數法官的判決書，從內容上看多數法官基本採信了檢方提供的證據。
對松井石根的判決這樣寫道：「在長達6至7周的時間裡，數以千計的婦女被強姦，10萬人以上被屠殺，難以計數的財產被搶劫和焚毀。」很明顯，法官關注的是暴行本身，而非具體、精確的數字。法庭使用了一個大概的數字，這反倒更具有客觀性和經得起歷史的檢驗。
1948年12月23日，松井石根在東京巢鴨監獄伏法。
松井石根(左)、朝香宮鳩彥
但令世人感到遺憾的是，南京大屠殺主要責任人朝香宮鳩彥王發布了「殺掉全部俘獲人員」的命令，但因其是皇族，逃脫了審判。
其屬下的吉住良輔中將、鷹森孝大佐、飯沼守少將等人也都沒有受到任何懲罰，都活到了80歲才病死。日軍第十六師團長，南京大屠殺罪魁之一中島今朝吾在日本戰敗後病死，逃脫了南京軍事法庭的審判。所以真正因南京大屠殺而被判死刑的只有松井石根、谷壽夫以及實行「百人斬」的向井敏明、野田毅和田中軍吉五人。