jiptest 作圖方法最終更新完成

本來不想頻繁發同一個主題，主要是我沒想這麼快就基本定稿。但昨晚發了上一篇之後，頭腦有點清醒，太活躍，就借著這個勁把 plot.jip method 繼續寫了，想了想就是把橫坐標軸換了，然後在添加一個按最大值對原始螢光信號進行標準化的功能，基本上就完成了，這樣又刪掉了一個 ggplot2 和 scale 的依賴，這對新手來講會更好一些，少一些依賴，少一些提示，對熟練工來講，自己作圖更方便，即使是喜歡用 ggplot2 也沒關係，那不存在問題，對於喜歡 base plot 的來講，從頭開始作圖太麻煩就在我這個基礎上修改好了，今晚就簡單寫一下使用教程，方便不熟悉的童鞋們參考。

 

最近有點忙糊塗了，還是補充一下在線實時更新的地址，微信這點就不方便：

國內瀏覽快：http://zhu_jie_dong.gitee.io/photoanalysis/anay-6800.html#plotfluor

國外瀏覽快（國內也沒問題除了新疆地區）：http://zhu_jie_dong.gitee.io/photoanalysis/anay-6800.html#fluro68

項目主頁：https://github.com/zhujiedong/jiptest

今天就演示一下完整的數據分析過程，可以當作說明來看。

安裝

我是沒能力，也沒精力提交 CRAN 的，如果需要，還是請在 github 安裝，有可能需要安裝 remotes

install.packages("remotes")
然後安裝：
install_github("zhujiedong/jiptest")
如果因為網絡原因失敗，可以轉戰 gitee:
install_git('https://gitee.com/zhu_jie_dong/jiptest')
導入數據
導入數據，實際上就是將所有測量的數據放在一個單獨的文件夾內，所謂單獨，就是只有測量的 ojip 數據的 excel 文件，不能有其他的.例如我放在了 ojip 文件夾內五個數據文件：
library(jiptest)
jip_data <- read_files("ojip")
jip_dcdata <- read_dcfiles("ojip")
計算相關參數
這個要求同上，直接出結果：
actest <- jip_test("ojip")
dctest <- jip_dctest("ojip")
例如我隨便顯示一部分結果（參數太多）
調製信號計算結果：
連續信號計算結果：
可以看出，對於進行標準化的參數，連續光和調製光是比較一致的。
作圖
作圖和昨天相差不大，如果僅僅是簡單查看，那麼直接用默認參數就好，需要調用上面最開始導入的數據文件：
默認使用標準化的螢光信號（也就是除以最大值，標準化到 0~1 之間，LI-6800 在 1.4 之後的版本也提供了儀器上查看的界面）。
默認調製光圖形
默認連續光圖形
查看結果是可以的，當然有些情況下需要進行調整才方便做展示用。
定製化圖形的方式
這個是這次改動的重點之一，例如都使用原始信號分別做上面兩幅圖：
定製調製光圖形
這裡使用原始螢光信號，然後更改圖例顏色等，主要是 add_leg = FALSE 不增加默認的圖例，以及 normalized = FALSE 不使用信號標準化。其他請參考幫助 ?plot.jip。我簡單寫了一下幫助文檔，大家應該基本能看明白，我實在沒時間好好寫一下。還是那句話，好看是見仁見智的問題，每個人審美不同，側重點不同，圖形的意義是直觀清晰的表達。
plot(jip_data,
     ylab = 'Normalized fluorescence signals',
     add_leg = FALSE,
     col = palette.colors(n = 5,  "set 1", alpha = 0.8),
     main = "Demodulated signals", pch = 14, normalized = FALSE)
legend(
  "topleft",
  unique(jip_data$SOURCE),
  col = palette.colors(n = 5,  "set 1", alpha = 0.8),
  pch = 14,
  cex = 0.6,
  pt.cex = 1.2,
  bty = "n")
定製連續光圖形
這個值改了兩個地方，是連續光的圖形
plot(jip_dcdata, legend_pos = "bottomright", normalized = FALSE)
 
關於標準化和非標準化圖形差異大的問題，這個比較簡單，原始信號比較低的那條線，是不同物種的不同葉片，所以不具備比較價值，另外4條線是一個葉片，不同暗適應時間的數據，我只是數據測試來用。