吳佩衡十分重視培養中醫中藥人才，桃李滿雲南。他言傳身教，毫無保留地把經驗傳授給門徒和學生。一家三代從醫人員有20餘人。他在中醫藥專科學校主持中醫病理學及《傷寒論》的講授，培養學生140多名，為雲南中醫辦學開了先例。解放後，他仍繼續從事中醫保健和醫學教育事業，雖年過花甲，除堅持臨床診療外，還從事中醫教學。
在《傷寒論》的施教過程中，吳老特別強調陽氣在人體生命過程中的首要作用。他認為陽氣是人體生理功能活動的原動力，並依據《內經》「陽生陰長，陽殺陰藏」等陰陽互根的基本理論，提出在疾病後期，出現陽虛或陰陽俱虛的情況時，須以「回陽」為第一要義。在三陰病的虛證、寒證中，往往以陽氣的盛衰存亡來決定病勢的進退及預後的判斷。「陽回即生，陽亡則死」這是吳老在辨證施治中始終強調的問題。
《傷寒論講義》是吳佩衡先生遵照當時國家衛生部組織編審中醫教材要求，結合自己多年對《傷寒論》的深入研究和臨證體悟編著而成。本書從《傷寒論》398條中精選了263條最能反映仲景學術思想的條文進行逐條論述，完整涵蓋了《傷寒論》的 112 首方劑，對其中難理解的 133 條條文加以評按，並補充了一些條文缺少的治法方藥。，從體例和內容可見作者的目的是為了便於教學和指導臨床。
本書以1965年吳佩衡先生油印本《傷寒論講義》為底本，重新整理而成。自1965年以來，該書未再版。
本書分概論和各論兩部分。
概論包含：
1．《傷寒論》之源流及其書名之意義。
2．《傷寒》六經與《熱論》六經。先生經分析認為《傷寒論》六經以《素問·熱論》六經為基礎，但較其更為完善。
3．《傷寒論》六經分證及其作用。此處先生引鄭欽安關於「傷寒六經提綱病情」的論述，指出明確六經病情，把握綱領對於掌握辨證論治的規律及臨床診療大有裨益。
4．六經與八綱之關係。指出臨證以八綱和六經分證，極具指導意義。
5．六經與五行、六氣之關係。強調六氣及五行生剋對理解六經的重要性。
6．六經與八法之關係，認為八法已囊括在六經治法之中。
7．傳經與直中。
8．合病與並病。
各論分七章：
太陽病、陽明病、少陽病、太陰病、少陰病、厥陰病和差後勞復病。
吳佩衡先生在闡釋條文提及和有證無方補用方劑中，提到最多的方劑為四逆湯、白通湯（含加豬膽汁湯）、通脈四逆湯、麻辛附子湯，善用回陽救逆之法，具有明顯的火神派特色。當然，先生臨證注重六經八綱，標本兼顧，絕不是一味地扶陽。本書切合臨床實際，是研習《傷寒論》不可多得的參考書。