（中央第一生態環境保護督察組對浦東新區某垃圾填埋點旁側積水進行採樣 圖片來源：生態環境部）
經濟觀察網 記者 董瑞強 5月12日，中央第一生態環境保護督察組（簡稱「督察組」）向上海市反饋督察情況時指出，一些地方和部門對生態環保的要求落實不力，存在「事不關己」的思想，認為「多一事不如少一事」；有的部門存在畏難情緒，在執法過程中患得患失，不敢動真碰硬，有時甚至「睜隻眼、閉隻眼」，選擇性執法施罰。
比如在打擊黑加油站點上，上海市市場監督管理局雖是牽頭部門，但卻並未組織開展黑加油站點排摸和整治工作，甚至對部分涉及黑加油站點的舉報，以非本部門職責為由，既不組織處置，也不通報相關部門查處。
對於部分黑加油站點信訪舉報，上海市經信委的處理方式是，轉交市場監管部門或區級工信部門後即回復辦結。而上海市生態環境局對物流公司私設的加油站點亦未開展相關排查整治工作。
這些監管、排摸和整治工作的缺失，致使黑加油站點問題難以有效解決。值得注意的是，督察組進駐上海市僅一天時間，就組織排查發現21個黑加油站點，其中9個站點油品質量不合格，硫含量最高達648毫克/千克，超過國Ⅵ標準63.8倍。
2019年7月11日—8月11日，中央第一生態環境保護督察組進駐上海市，開展為期一個月的生態環保督察。
在此期間，督察發現一些地方和部門工作落實不到位，首輪督察整改仍有差距，存在敷衍整改、表面整改的現象，一些區域汙水排江問題突出。
敷衍整改、處罰率不到5%
2018年12月，上海市水務局上報稱石洞口和所有郊區城鎮共計27座汙水處理廠已如期完成提標改造。但督察發現，市水務局、原市環保局降低要求，在27家汙水處理廠驗收監測發現7家出水超標情況下，仍認定全部完成整改任務。
2019年1月，市水務局上報稱竹園第一汙水處理廠已完成提標改造工程，出水水質達標，但2019年2月，該廠仍存在超標現象，改造工程實際僅完成50%，生物池改造仍在施工之中。
督察指出，上海市水務部門執法寬鬆軟，2018年以來，立案處罰的465起案件處理不符合《中華人民共和國水汙染防治法》相關規定，導致首輪中央環保督察指出的企業超標納管問題長期存在。
值得注意的是，2018年以來，上海市共發現67起燃油鍋爐廢氣超標排放違法行為，實際僅處罰3起，處罰率不到5%。
督察發現，上海市海事部門執法不力、處罰不嚴，導致船用油品超標現象普遍。上海振華重工（集團）股份有限公司長興基地大規模露天噴漆，未採取汙染防治措施，影響周邊環境，上海市及崇明區兩級生態環境部門未依法對其處罰到位，致使企業違法違規問題長期存在。
嘉定區排查涉重金屬企業工作不到位。督察組隨機抽查3家電鍍企業，均存在未批先建、汙水處理設施設置超越管等問題。其中上海希望金屬塗裝有限公司含鎳廢水處理設施私設超越管；上海聯化金屬有限公司使用2014年上海市明令淘汰的六價鉻鈍化工藝，現場汙染問題嚴重。
此外，上海市「十二五」期間簡單封場的13個非正規垃圾堆放點均未按照國家有關部署納入排查整治範圍。
比如，金山區以歷史遺留問題為由，至今未將新江村垃圾填埋場納入整治清單，調查結果顯示，該填埋場土壤已被汙染，重金屬、石油烴、多環芳烴等汙染物含量明顯偏高。上海化學工業區漕涇鎮生活垃圾填埋場大部分區域未進行防滲，滲濾液收集設施損毀，當地簡單封場後即放任不管。
督察還發現，上海市嘉定、松江、崇明等區違法違規項目清理整頓不力，環境汙染明顯。督察組現場抽查嘉定區安亭鎮5家中小企業，3家存在環境違法問題。松江區榮樂東路、東興路沿線有13個「廠中廠、園中園」，聚集大量違法違規項目。
崇明區上海新鳳翔廢舊物資處理有限公司兩塊分揀場雖已通過備案，但現場督察發現該場地汙水直排問題突出；另有兩個分揀場地緊鄰長江，不僅未納入清理整頓範圍，而且無任何汙水治理設施，汙水橫流、廢液遍地，汙染嚴重。
汙水溢流直排問題日趨突出
督察指出，近年來，隨著納管汙水量大幅增加，上海市汙水溢流直排情況日趨突出。上海市水務局對汙水處理能力不足問題重視不夠，汙水處理能力建設總體推進緩慢，本應於「十二五」期間建設的泰和汙水處理廠、安亭汙水處理廠擴建工程等多個項目進度嚴重滯後。
2018年，上海全市汙水處理廠汙水溢流量高達58萬噸/日，較2016年第一輪督察時增加45%。
督察發現，上海市部分區域管網雨汙不分、混接錯接等情況較為普遍，汛期汙水直排問題嚴重。截至2019年7月，全市調蓄設施服務面積不到20%，只能採取泵站放江，加劇河道汙染。2018年以來，中心城區26條已完成整治的河道，12條氨氮濃度大幅上升，局部返黑返臭明顯。
2017年12月，嘉定區上報稱列入整治的246條河道已全部整治完成並基本消除黑臭。但此次督察發現，陶家浜、界涇等17條河道整治工程仍未完工。2018年1月以來，56條河道水質出現反彈。
65%的碼頭無環保手續
督察發現，上海全市553個已發放港口經營許可證的碼頭中，有362個未取得相關環保手續，其中204個水汙染治理設施不完善。市交通運輸部門、生態環境部門在港口碼頭汙染防治工作中協同配合不夠，落實不力。
2002-2012年，寶鋼集團違規利用距長江約1公裡處的坑塘堆存工業固廢以及建築垃圾，堆存量約150萬噸。監測數據顯示，堆場周邊建設用地土壤存在汙染風險。
據督察組介紹，上海市長江幹流岸線利用項目共計309個，其中34%屬於違規項目。
比如，上海浦明混凝土製品有限公司碼頭佔用50米長江岸線，臨時岸線使用許可已於2017年8月到期，上海市交通委員會責令2019年1月31日前拆除碼頭設施，但至督察時仍未拆除。該碼頭未取得涉河建設相關手續，未配套建設汙染治理設施，但上海市水務部門卻未將其納入2018年長江幹流岸線利用項目清理整治範圍。
長江口是中華鱘等瀕危水生生物及鳳鱭、刀鱭等漁業資源產卵場、索餌場及洄遊通道，保護長江口灘涂溼地意義重大。
但督察發現，上海市水務局（市海洋局）對長江口灘涂溼地保護工作重視不夠，未按要求嚴格管控灘涂開發行為。2013年以來，上海市土地儲備中心在長江口實施9個灘涂圈圍工程，其中4項工程未取得涉河建設項目審批手續，違規圈佔灘涂7.33萬畝。