腸道微生物和人之間是一種共生關係，兩者之間是相互支持、互惠互利的。這些微生物對人體的作用主要包括以下幾個方面。
第一，營養代謝作用。
腸道裡分布的這麼多微生物，可以幫助人體分解食物。我們吃下去的食物，為人體提供營養；同時，這些食物也是腸道微生物的唯一食物來源。這些微生物把這些食物分解、利用，除了滿足自己的需要之外，還會產生一些營養素供給人體，比如腸道中的一些微生物可以合成人體不能合成的B族維生素。
第二，調節作用。
微生物在腸道可以產生非常多的活性物質，比如一些抗菌物質、激素和神經遞質等，人體中約有95%的五羥色膠和50%的多巴胺都來自於腸道。五羥色胺和多巴胺一樣是快樂激素，可以讓我們的心情變好。這些腸道微生物產生的活性物質可以調節我們的身體活動、行為和情緒，可以說人的吃、喝、拉、撒、睡，以及我們的喜、怒、哀、樂都或多或少地受到腸道微生物的影響。
第三，訓練人體免疫系統。
腸道微生物幾乎佔了人體微生物的80%，幾十萬億的微生物生活在腸道，想一想就覺得震驚。但是，為什麼我們可以面對這麼多微生物而不發病呢？面對這麼多的微生物，需要人體派出專門的「人"來管理的。
靠誰管呢？只能靠人體的免疫系統。人體的免疫系統在運營和維持著，或者管理者腸道微生物。人的後天免疫系統的發育過程跟這些微生物密切相關。在微生物與人數百萬年的共同進化過程中，在它們之間長期的較量過程中，彼此之間長期的相互溝通、相互交流，最終，人體掌握了管理這麼多微生物的能力。在這個過程中，這些微生物也在"教育"我們的免疫系統。正是因為微生物的存在，後天免疫系統才會發育得更好。
還有一個數字值得大家記住，人體70%6的免疫系統是位於腸道的，而80%的微生物也是位於腸道的，大比例的微生物和免疫系統都位於人的腸道，這不是偶然，而是必然。
在人的體內、體外都充滿了微生物，我們在生存的環境中也都不可避免地要跟微生物接觸。在人和微生物數百萬年的共同進化過程中，通過無數次的戰爭和妥協，雙方鬥智鬥。為了避免這些微生物鬧事，防止它們把我們當作食物給吃掉，人體的免疫系統現在已經非常先進、完善和強大了。下面，我們一起認識一下人體強大的免疫系統。
具體來說，人體的免疫系統包括兩類，一類是先天免疫，另一類是後天免疫。
什麼是先天免疫？
先天免疫是指人一出生就有的免疫能力，主要包括一些免疫細胞，比如B細胞、白細胞，還有一些巨噬細胞。巨噬細胞主要負麥把病毒等病原體給吞掉。一旦有不好的微生物進入人體，巨噬細胞就會出動，把它們「吃"掉，抑制它們的進一步侵入。同時，吃掉微生物之後，它還會給人體發信號，告訴人體，有「壞人"來了，趕緊採取措施，這時候人體就會發熱，目的是通過高溫抑制病原菌的複製。
另外，被感染的人體細胞還會發出一些炎性因子，也就是一些求救信號，告訴人體免疫系統：病毒來了，有「敵情"，趕緊過來支援我！這時候這些炎性信號會很快傳播給免疫系統的其他細胞，這些免疫細胞很快對被感染的細胞進行處理或者是給予支援。
病毒侵入細胞之後，一般都躲在細胞裡，一般的殺毒方式或者免疫細胞很難把病毒給揪出來殺死。好在人體有一些T細胞，專門對付細胞裡的病毒，它們就是自然殺傷細胞。這種細胞是天生的殺手，它們對付這種病毒的方式很獨特：平常沒事的時候一直在血液裡"巡邏"，當發現或者接收到細胞發出的危險和求救信號時，它們就迅速趕過去。但是，在趕過去之後，它們不是殺病毒的，而是殺那些被病毒感染的細胞。為了防止病毒擴散，它們會迅速把那些被感染的細胞，連通細胞裡的病毒一起給消滅掉。這種"殺散一幹，自損八百"的方法看起來非常不划算，但這也是沒有辦法的辦法。在大量的免疫細胞到來之前，在抗體產生之前，病毒一旦侵入細胞開始繁殖之後，病毒的數量會大幅上升，到那時候再殺死病毒就會更難。當然，這種方式也不能持續太長的時間，因為細胞被大量吞噬之後會影響器官的功能。
有可能導致器官衰竭，加重國染症狀，甚至危及生命。有時候，這種吞作用太強，比病毒先殺死人的反而是對病毒反應過激的免疫系統本身。
另外，為了對抗病毒，免疫細胞還會產生一些幹擾素。幹擾素既可以拉響警報，又可以阻斷病毒的繁殖。免疫系統接到警報信號之後，一些免疫細胞就開始採取措施對抗病毒。