哈爾濱工程大學和北京交通大學兩所學校都是工科出身的高校，不過從名氣上來看，北京交通大學名氣更大一些，而哈爾濱工程大學相對名氣小一些。這主要是因為北京交通大學獨立建校更早，而且始終在民用領域，宣傳的更多一些；哈爾濱工程大學則偏向於國防，而且獨立建校晚一些，所以宣傳的弱一些。
北京交通大學和哈爾濱工程大學從「品牌」上來看，兩所學校差距並不大，都是老牌重點大學，同步列入211工程，世界一流學科建設高校。「品牌」的重要性一般涉及到在校生的切身利益，如保送研究生之類的名額，再如考取體制內相關崗位，一般都需要「品牌」優勢，國家認可的「品牌」含金量越高，相應的職位越好。
從兩所學校的主要教研領域來看，哈爾濱工程大學目前佔有一定優勢。雖然被北京交通大學在軌道交通方面實力強勁，而且具有完整的教研體系，而且鐵路、地鐵等都是目前基礎設施建設重點領域，但是北京交通大學可替代性，其實也比較強，同類院校比較多，有其還涉及985工程，世界一流大學高校。相對哈爾濱工程大學在可替代性方面，確實相對更少，所以佔有一定優勢。
從兩所學校的戰略位置上來看，哈爾濱工程大學也要比北京交通大學強一些。美國近期推出的「實體清單」中，就包含哈爾濱工程大學，可見其在高精尖領域確實已經達到了一定高度，甚至讓美國都為之色變。北京交通大學在民用領域實力更強一些，但是在國防方面同哈爾濱工程大學相比，差距不是一星半點。