在我國明代時，南京城內的香宿李汝楨曾做過京城御史，精通佛學和儒學，德高望重，門下弟子數以千計。他常以弘揚佛學為己任，得知利瑪竇在南京城後，便邀請其就基督教義和佛學教義的異同與優劣進行辯論。
因利瑪竇把儒、佛、道比作一個快爛掉的蘋果，招來李汝楨和弟子們的不快，第一次辯論不歡而散。其後，李汝楨又安排了一次宴請，席間讓名僧三淮和尚和利瑪竇就這一話題再次進行激烈的辯論。這場辯論因記載在《利瑪竇中國札記》中被人們所認知。
三淮和尚就是明朝著名的高僧雪浪大師，很受人們敬仰。即使是以批評的態度對待他的利瑪竇也說：「同那些由於懶散無知而聲名狼藉的一般寺僧大不相同。他是一位熱情的學者、哲學家、演說家和詩人，十分熟悉他所不同意的其他教派的理論」。
這次論辨十分激烈。首先談到的是造物主的問題。在利瑪竇的記述裡，三淮並不否認有一個天地的主宰者的存在，但是他同時認為這個創造者並不是神或具有任何特別的尊嚴，三淮還認為他可以創造天地。
這時房裡恰好有一個火爐，利瑪竇就說：「就請讓我們看看你創造出一個和這裡一樣的火爐吧。」結果三淮說，神父要他做這樣的事是完全不合宜的。
接下來又辯論了太陽和月亮是對食物的認識還是心中創造的影像。利瑪竇認為，「如果一個人從來沒有見過太陽或月亮，他就不可能在心裡形成太陽或月亮的形象，更不要說實際上創造太陽和月亮了」。
此時，席間其他赴宴的儒生又開始對人性善惡的爭論。利瑪竇從基督教原罪觀出發，認為這些人，「缺乏邏輯法則，又不懂得自然的善和道德的善的區別，他們就把人性中所固有的東西和人性所獲得的東西混淆起來了。
至於人性怎樣在原罪之中墮落，上帝又怎樣運用神恩，當然他們就更是絕對毫無所知了，因為他們連想都沒有想到過這種事情」。
於是他最後站出來，借這個命題又一次否定了三淮大師的學說：「我們必須把天地之神看作是無限地善」,而「如果人也和上帝一樣是天地的創造者，像是三淮大師幾分鐘之前斷言的那樣；那麼，我們就必須承認，神究竟是善是惡，也要值得懷疑了。」
這場中西文化交流史上重要的辯論，保留在利瑪竇的札記當中。利瑪竇認為，這場辯論自己獲得了勝利，也獲得了在場其他儒生的信服和支持。可惜的是雪浪大師對此沒有留下片言隻語，使我們無法獲得另一方對這次辯論的看法。
通過利瑪竇的記述，我們可以推測，雪浪大師闡述的是佛教中萬法唯心所造的思想，利瑪竇說最後「他不進行爭論，而是閃閃灼灼地隨口念了幾句對仗整齊、聲音鏗鏘的中國成語，佯裝作已經證明了善人也可能成為惡人」,這可能是他念了一首偈語作為結束。
因為佛教與基督教有不同的信仰、理論預設和東西方迥異的思維方式，所以這場爭論兩人都無法說服對方，而且彼此也難以互相理解。例如根據「萬法唯由心造」的觀念，要求三淮現場創造出一個火爐，當然是不合宜的。
但在聚會中，他們各自充分展示自己的理論和立場，中西方文化得以互相接觸和溝通，是中西交流史上有重要意義的重大事件。
後來利瑪竇還與很多佛教人士進行過正面交鋒，包括高僧紫柏大師達觀、憨山大師德清、釋教名宦黃輝、虞淳熙等，進一步推動了天主教的傳播。
公元1600年開始，利瑪竇去了北京，離開了長江流域，但他與佛教的論爭仍在延續。他在北京集中精力編撰了各種有關於教理的書籍。在天主實義一書中，他表達了反對佛教的觀點，「特攻釋氏以求勝」,被李之藻稱為「易佛補儒」之作。
另一方面，一些僧人和儒士也針對利馬竇的基督教言論進行了抨擊，他們的文章後來集成聖朝破邪集。這本書雖然在福州印行，但其中很多文章作者生活在長江流域。
例如，杭州的祩宏和尚在天說一書駁斥了天主教靈魂不滅的學說，用佛教教理來抨擊天主教的狂妄自大，認為天主不過是萬億天主之一者。
由於在論爭當中，雙方都有嚴重的偏見，以及利益上的衝突、知識和宗教價值觀的局限和思維方式、哲學理念上的隔閡，利瑪竇及其他傳教士和天主教徒對佛教的研究和評論，客觀上講是有失公允的。
佛教人士對天主教也一樣有偏見和不理解。但儘管如此，經過此次文化的碰撞，耶穌會會士開啟了西方世界研究中國佛教的先河，國人也開始突破自鳴鐘和三稜鏡這些表象，認識西方文化的深層內涵。明末佛耶之爭是中國思想史上第一次兩大宗教的論爭，是極具特色的一頁。