收成果實後到出貨上市前要先去除外皮、果肉、賽果皮及銀皮。其方法有乾燥式(也稱天然法或非水洗式)與水洗式兩種。
乾燥式：方法較為單純。首先將剛採下的果實廣布在曬場上一兩個星期，直到果實發出霹啪的聲音為止，自然乾燥之。之後，以脫殼機將幹掉了的果肉、內果皮和銀皮去除。
以這種方式精製而成的咖啡豆，呈微酸而略有苦味。幾乎所有巴西產的咖啡豆、衣索比亞、葉門等地之咖啡豆都豆以這種方法取得的。這種方法的缺點是容易受天氣的影響，以及易摻入瑕疵豆和其它雜質。因此，必須細心地加以篩選才行。
水洗式：
即將收成的果實放入流動的水槽，除去浮在水面的果實之後，以果肉去除機剝除外皮和果肉。再放入水槽，將浮出的果肉去除。之後，移入發酵槽，浸泡半天至一天，再將發酵的咖啡豆表面上的膠質溶掉。
再以水洗過後，曬乾數日後以機器乾燥之，最後用脫殼機將內果皮去除，即成為可作為商品的生咖啡豆。用這種方式，會比乾燥式的咖啡豆色澤較美，且雜質也較少。哥倫比亞、墨西哥、瓜地馬拉等國70%左右的產量都採用此方法。
如何選擇咖啡豆：
選用新鮮的咖啡豆。在購買時注意豆的顏色和顆粒的大小是否一致，好的咖啡豆外表光鮮有光澤，並帶有濃鬱的香氣而沒有混入異味。不論是哪一種咖啡豆，新鮮度都是影響質量的重要因素。選購時，抓一兩顆咖啡豆在嘴中嚼一下，要清脆有聲（表示咖啡未受潮）、齒頰留香才是上品，但最好還是用手捏捏，感覺一下是否實心，而不是買到脆殼的咖啡。如咖啡豆已失去香味或聞起來有陳味，就表示這咖啡豆已不再新鮮，不適合購買。剛炒好的咖啡豆並不適合馬上飲用，應該存放一周以便將豆內的氣體完全釋放出來。
一般來說，咖啡的最佳飲用期為炒後一周後，此時的咖啡豆最新鮮，香味（Aroma）口感的表現最佳。
另外，咖啡豆的純度也是另一個考慮因素，內行人選咖啡，倒不見得是看顆粒的大小，而是抓一把單品咖啡豆（Regional Coffee），大約數十顆的份量，看一看每顆單豆的顏色是否一致，顆粒大小、形狀是否相仿，以免買到以混豆偽裝的劣質品。但如果是綜合豆（Blended Coffee），大小、色澤不同是正常的現象。另外重火和中深的焙炒法會造成咖啡豆出油，可是較淺焙炒的豆子如果出油，則表示已經變質，不但香醇度降低，而且會出現澀味和酸味。總之在選購咖啡時應注意其新鮮度、香味和有無陳味，而理想的購買數量是以半個月能喝完為宜。
外形的判斷：
美味的咖啡，從其煎焙後咖啡豆的形狀即可知曉，當然不能有不良的咖啡豆混入，更要注意的是正常的豆也會摻雜入優質的咖啡豆而造成妨礙。一顆可衝泡出美味咖啡的煎焙豆，首先必須是豆大肥美，而且縐折均勻，其次是大小一致且無色無斑。這些是視覺判別的要點，如果細心去看，應不難分辦。
不良豆種類：發酵豆採收前掉落土中發酵的咖啡豆。發黴的異味，會對咖啡美味造成莫大的影響。
死豆 又稱未熟豆，或受氣侯因赤的影響，發育不健全。煎焙後會產生煎斑，使咖啡有股青澀味。
黑豆 發酵豆，已腐敗、變黑的咖啡豆。因為是黑色，一眼即可與正常的咖啡豆區分出來。
蛀蟲豆 受蟲侵害的咖啡豆。殘缺豆可能是作業時卡到，或是搬運中處理不慎，造成咖啡豆的殘缺。會造成煎焙時有煎斑，且會產生苦味及澀味。
其它 殘留薄皮的豆、發育不良的豆、乾燥不完全產生黴味的豆、只有外殼的(貝殼豆)
咖啡豆的規格與等級：
A、水洗式/非水洗式水洗式:於水槽中，以水流及器具摩擦後，去除果肉及膠質後乾燥，稱為水洗式咖啡豆，其品質均一。
非水洗式:
陽光自然乾燥後，以去殼機除去果肉果皮，其品質不穩定。
B、平豆/圓豆咖啡的果實是由兩顆橢圓形的種子相對組成的。互相銜接的一面為平坦的接面，稱為平豆。但也有由一顆圓形種子組成的，稱為圓豆，其味道並無不同。熟而紅的咖啡櫻桃，是有多重構造的。最中間即是咖啡豆的前身，淡綠色的種子。
一般而言，咖啡的果實是由兩顆橢圓形的種子相對組成的。互相銜接的那一面則是平坦的接面，故稱之為平豆。但也有由一顆圓形種子組成的，其味道並無不同。
C、咖啡豆的大小過濾網號碼(meshno.)咖啡豆大小
平豆20~19特大 18大 17準大 16普通 15中 14小 13~12特小
咖啡豆
圓豆13~12大 11準大 10普通 9中 8小
D、海拔依照栽培地的海拔標高，可分三、四、七等各等級。一般而言，高地豆較低地豆的品質佳，而且因運費增加，價格也較高。
等級名稱海拔標高(公尺)
1特等豆1.500~ 2上等豆1.200~1.500~ 3中等豆1.000~1.200 4特等水洗豆900~1.000
咖啡豆
5上等水洗豆760~900 6特優水洗豆610~760 7優等水洗豆~610
E、品質依統計方法，將一定量的樣品中所含之摻雜物的種類與數量換算成百分比「瘕疵數」，決定品質類的依據，瑕疵數越小，品質越高。
F、口味較為著名的是獨一無二的"藍山咖啡"和被稱為「獨特加勒比海風味咖啡」的「Cubita」等等。巴西、海地、肯亞、薩依等國均也有其獨自的測試口味方法，經過口味測試後方可出口。
文章來源：網絡
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