人體是一個巨大的微生物庫，這些微生物主要分布在胃腸道、皮膚、生殖器官、口鼻腔和咽喉等部位，重量達1.27公斤以上，其中腸道微生物約佔總重的80%，重達1公斤。健康人的腸道內寄居著種類繁多的微生物，包括細菌、真菌、病毒等，統稱為腸道微生物，我們通常所說的腸道菌群是指腸道內寄生的細菌。
我們一直在像對待敵人一樣對待與我們互惠共生的大量細菌，卻沒有意識到這樣做會傷害我們自己的身體。
其實，我們的身體就像是我們賴以生存的地球一樣，它是一個多樣化的生態系統，每個部位都有一個特定的生態群落。如果任何一個生態群落的出現擾動，我們稱之為生態失調，任何的生態失調都會使我們感到不適，然而，我們才剛剛開始發現這個生態失調居然這麼具有破壞性！
抗生素的作用就像原子彈
在過去的時代，我們都說抗生素是拯救生命的靈丹妙藥，今天，在諸如敗血症或嚴重的肺部感染等危及生命的情況下，使用抗生素是十分必須的。但是同時我們也應當意識到，抗生素的使用代價是十分巨大的，現在抗生素不應該被視為一種日常用藥。
抗生素對於我們身體的微生物群落來說是最大的威脅。它們雖然不是精準的武器，但是它們在殺死壞細菌的同時也把好細菌給消滅了，因為抗生素食不具備選擇性的，它的功能就像是原子彈一樣的，摧毀的是整個生態系統。
自從抗生素被廣泛的使用以來，它們確實留下來一條很明顯的毀滅之路，I型糖尿病和哮喘患者的增加似乎也與過度使用抗生素有關。
菌群失調影響全身
由於抗生素的使用使得身體內的益生菌數量減少，這樣我們更容易遭受到致病菌的襲擊，當致病菌進入一個被摧毀的生態系統，就會在那裡定殖，從而我們就會出現生病等情況。
然而健康人會在一年內去恢復這個生態菌群系統，但是對於免疫力低下的人群就會很難恢復他們的健康菌群，這樣就會出現使用更多的抗生素的現象，進入一個惡性的循環之中……身體健康狀態越來越差！
除了對病原體的易感性，還有各種各樣的疾病也與腸道菌群失衡，有益菌的減少有著密切的關係！
01消化系統
腹瀉
我們體內菌群失衡的一個非常著名的例子就是抗生素相關的腹瀉。首先，我們腸道生態系統被抗生素所破壞，因為腸道失去了很多健康消化所需的有益菌及對抗致病細菌的強大對手。
腸壁上暴露區域就變成了致病細菌滋生繁殖的理想場所，其中最豐富和最危險的一種致病菌叫做艱難梭菌，它會通過釋放強有力的毒素損傷腸道黏膜，從而引發結腸炎症，導致我們腹瀉！
肥胖
腸道微生物的組成竟然也會影響我們的食慾和脂肪存儲的能力。
在我們的腸胃中定殖著一種細菌，叫做幽門螺旋桿菌，它會告訴我們「餓了」或「飽了」。出來調節胃酸只玩，幽門螺旋桿菌還會導致胃飢餓素的減少，參與食物的調節作用。
如果我們的腸胃中沒有這種細菌那麼就會導致胃飢餓素分泌增加，導致更大的食慾。很不幸的是，在過去的幾十年裡，幽門螺旋桿菌的名聲不好，因為它可能會導致易感人群的胃潰瘍甚至胃癌；因此，大多數選擇使用抗生素將其從我們的胃中根除。
例如，在美國，兩到三代之前80%的人都攜帶有幽門螺旋桿菌，現在只有不到6%的美國兒童有這種菌，這可能是導致美國兒童肥胖增加的一個原因。與此同時，以前非常罕見的食道癌增加了10倍。
在以前食物稀缺的年代，擁有能夠從食物中儲存更多脂肪的腸道菌群的人生存的機會會更大，現在食物充足，隨時都可以獲取，所以這些微生物則會導致肥胖的產生。比如，兩個人吃同樣數量的食物，要麼變得肥胖，要麼保持苗條，這都取決於他們腸道中的微生物。
另一方面，我們所吃的食物種類也會影響到腸道菌群。那些消耗更多的植物來源的碳水化合物的人的腸道中擁有更多能夠分解植物來源碳水化合物的細菌。此外，大量攝入高脂肪的產品會降低腸道菌群的多樣性，並誘導腸道中促進脂肪快速存儲的細菌的生長。
消化道腫瘤
腸道菌群參與腫瘤的發生，就是通過腸道菌群自身的失衡而促腫瘤發生發展的，而其失衡的原因則主要包括，飲食改變，尤其是稀釋飲食（大量的肉類和脂肪以及少量的素菜的攝入）、抗生素治療和炎症性腸病等。
流行病證據顯示，長期接觸抗生素的人體，腸道菌群的組成會改變，腸胃微生物的多樣性也會減少，進而增加了消化道腫瘤、胃癌、胰腺癌、肺癌、乳腺癌和前列腺癌等發生的風險。
02皮膚狀態
特應性皮炎
特應性皮炎又稱為神經性皮炎，主要是影響兒童，這是一種非常令人不快的慢性皮膚感染，嚴重的菌群失調在其發生中起到了重要的作用。
問題是最先出現的是什麼：皮膚的炎症還是金黃色葡萄球菌的感染？在特應性皮炎患者中，受影響的和沒受影響的皮膚上均表現出金黃色葡萄球菌的大量富集（90%），這可能在一定程度上說明，首先出現的是金黃色葡萄球菌的感染。
在健康人群中，金黃色葡萄球菌很少出現在皮膚上。在特應性皮炎患者中佔主導地位的金黃色葡萄球菌幾乎壟斷了所有其它友好的共生菌的空間和營養，本來這些好細菌可以抑制金黃色葡萄球菌的生長。
有趣的是，在特應性皮炎患者中發現的表皮葡萄球菌也比在健康人中發現的更多，這表明表皮葡萄球菌可能在招募細菌以對抗金黃色葡萄球菌的感染，但這仍然只是一個假設。
痤瘡
我們很多人都知道痤瘡這種皮膚病是從青春期開始的，85%的青少年都受到痤瘡的影響。在我們十幾歲的時候折磨我們、讓我們備受痤瘡困擾的這種細菌是痤瘡丙酸桿菌，它曾經也與我們和平共處、和諧共生。
隨著青春期的開始，由於激素水平的變化，皮膚的化學組成，主要是面部發生了改變。這些變化會導致免疫系統和痤瘡丙酸桿菌之間的鬥爭，造成皮脂腺感染，從而導致痤瘡。
03免疫系統
微生物在我們體內有一個非常重要的任務：訓練我們的免疫系統。許多自身免疫性疾病是適應性免疫系統功能紊亂的結果。隨著I型糖尿病、類風溼性關節炎或哮喘等自身免疫性疾病的發病率逐年增加，一些人推測身體環境的變化可能是罪魁禍首。
飲食不平衡、抗生素的廣泛使用等環境因素以及諸如剖腹產、無所不在的消毒劑和較少的兄弟姐妹等其它社會因素都減少了我們身體內微生物群落的多樣性，因此，我們的免疫系統訓練者失去控制。我們的免疫系統並不知道如何從壞細胞中區分好細胞，開始攻擊自己的身體，通過自身免疫性疾病或過敏等表現出來。
04神經系統
研究發現，腸道菌群關聯大腦中一種生物分子——微核糖核酸的水平，會影響大腦中樞神經以及某些影響焦慮、抑鬱行為的大腦區域。
研究人員在英國《微生物組》雜誌上發表論文寫道，通過研究實驗顯示，改變腸道菌群能夠影響大腦中微核糖核酸的水平，保持腸道菌群健康對調節大腦中微核糖核酸水平對調節情緒方面具有重要作用。
長期以來，人們都會說對事物有一定的「直覺」，其實這正是腸道與大腦可以通過腸腦軸的方式進行溝通交流，而腸道微生物作為是一種生活在人類和其它動物消化道中的微生物有機體，能夠向大腦發送信號。
當我們的腸道菌群不平衡的時候，我們的情緒也會受到影響。腸道內的細菌對大腦裡所發生的一切有著不可忽視的影響。
越來越多的科學家贊同在人類的成長過程中，腸道內的細菌對大腦發育施加了影響，當我們成人時，細菌又調控著我們的情緒和行為。有研究發現，腸道細菌一旦缺席，腦部的結構和功能也隨之變化。
一項研究發現，把小白鼠置於無菌的環境中，它們的記憶、情緒和行為都發生了改變，甚至出現了孤獨症的症狀。
加拿大麥克馬斯特大學的史蒂文·柯林斯主導了另一項針對小鼠的實驗，他將焦慮小鼠和大膽小鼠腸道內的細菌對調，觀察它們的大腦、情緒和行為的變化。
當焦慮的小白鼠獲得了大膽的小白鼠的腸道內的細菌時，它們變得更樂於社交，也不那麼焦慮了。反之亦然，大膽的小白鼠變得羞怯而膽小——當被植入焦慮小白鼠腸道內的微生物之後。更讓人驚奇的是，當給那些富有攻擊性的小鼠餵食益生菌，它們變得平靜了。
研究表明，益生菌不僅能夠減少焦慮還可以調節免疫系統、減輕壓力相關的腸易激症候群（IBS）的症狀，幫助炎症性疾病比方說皮膚和關節等問題。
眾多的研究表明，心理壓力會抑制有益菌的生成，破壞我們的消化系統環境，使我們的壓力應對能力更少，而這又會造成應激反應的發生。因此，我們應該科學的調整腸道菌群，釋放壓力，提高免疫力，恢復身心平衡狀態，保持健康的良性循環。
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