金魚一生的體色會發生三次改變。
第一階段：魚苗時期的變色。
第二階段：幼魚時期的脫色。
第三階段：老齡時期的退色。
剛孵化出來的魚苗，體色為透明，後逐漸變為青灰色。白色和五花金魚的變色開始時間較早，幼魚的變色從孵化後一個月開始，短的變色期在25天，長的要在一兩個月。此期間金魚從青灰色轉變為淺白色、黑色、淺紫色以及肉色等，以後淺紫色變深成紫色，肉色則逐漸出現黑斑形成五花的色彩，而黑色則會變為白色、紅色，也有一直不發生改變，顏色逐步加深，成為黑色的。
影響金魚育苗變色的因素有：
遺傳：魚苗主要受到親魚遺傳因素的影響，除去雜交的影響外，魚苗將在最遲4個月後，變成親魚的顏色。而且若親魚在變色時期過程快的，則其後代的變色時間也短。對於養殖戶而言，變色時間縮短，可以節省金魚養殖時間，提早上市時間，從而節約成本。選擇變色較早的金魚個體作為種魚，可以加快該品種變色速度。
溫度：水溫越高，金魚的新陳代謝越快，變色過程也會加快。與此相類似，增加換水頻度，也會激發金魚的生長。但如果水溫過高，可能會使金魚的變色過快，如不及時控制，有些品種如紅頂白高頭（鶴頂紅）在體色退色後，頭頂的紅色也失去控制繼續退去，失去「鴻（紅）運當頭」的美感。
光照：金魚的變色受到光照強度的影響，光照強，金魚的變色就會加快，用清水養魚，由於水體的透光性好，有利於魚苗接受到更多光照，因此變色過程快。但是過強的光照也會使金魚的體色變淡，影響觀賞價值。
餌料：在魚苗期金魚攝食餌料中的營養成分，也會對變色造成影響。生長有大量螺旋藻類的綠水含有胡蘿蔔素，因此金魚在綠水中變出的色彩更為鮮豔。此外，活餌中富含能夠增加金魚體色的甲殼素物質，也有類似作用。
經過第一階段的變色以後，金魚的色彩已然接近於親魚的體色，但有些複色金魚的脫色過程才剛剛開始。傳統觀念認為，金魚的第一階段的變色和第二階段脫色是一個過程，筆者認為脫色使體色發生改變的時間長短不一，有的在50～60天內完成變色，有的則要歷時2～3年。而且，第一階段的重點是加快變色速度，而第二階段是合理控制脫色的過程。如果籠統地放在一起，不便於複色金魚培育的探討。例如：有些藍蝶尾完成魚苗期的變色後，一些個體的體色繼續脫色，形成黑白蝶尾（喜鵲花蝶尾）——繼續脫色只保持魚鰭、體側兩道豎線，則形成了著名的金魚品種「熊貓蝶尾龍睛」——熊貓蝶尾龍睛魚體兩側豎黑線退去後，形成十二黑蝶尾，也極具觀賞價值，但是如果黑色繼續退去，則體色變為灰暗的白色，觀賞價值就大大降低。這一脫色過程歷時很長，有的長達5年到6年。因此將此過程獨立分出來研究很有必要。
複色金魚品種在脫色過程中，會出現特殊的色彩分布的個體。局部如：口、眼睛、魚鰭保持脫色前的色彩，而魚體脫色為白色、紅色的個體，這類金魚頗受市場歡迎，並將其賦予魅力十足的名稱：鐵包金蘭疇、牡丹高頭、十二紅（黑）獅頭、十二紫（紅、黑）蝶尾等等。儘管這些「品種」是一種過渡色，但如果飼養得法，這種色彩組合可保持較長時間。
因此，養殖者應採用適當手段，不使其繼續脫色，以儘可能延長個體體色保持在「最佳」狀態。
親魚優選：體色受到遺傳影響是最大的，因此對於複色金魚要選擇色彩較為穩定的親魚個體。親魚至少要在2齡以上，並且還保持著濃豔的顏色。對於腹部出現紅色雜有黑色、紫色的金魚，以及魚鰭根部已發生早期脫色現象的親魚就不要選用。
減慢發育：減少光照和換水頻率，將金魚置於室內，使其不直接受到陽光直射，如果室內光線過暗，可以人工補充2～3小時燈光。用老水進行飼養，由於金魚的活動減少，攝食也少，從而降低新陳代謝，金魚的體色也就能較長時間保持。
增色飼料：近年來，觀賞魚人工增色飼料的出現，對於金魚快速「發色」和控制脫色，提供了簡便易行的方法。生產中出於成本考量，多採用較為廉價的類胡蘿蔔素做為飼料添加劑；家庭飼養更可使用增豔效果更好的蝦紅素。
金魚在養到3～4齡後，大部分個體出現退退色現象，進入到老齡退色時期。如：五花金魚原有的黑色斑點逐漸退去，變成紅白類品種。墨龍睛和墨獅子頭等品種體色中的黑色逐漸退去，轉為紅色。即便是最為穩定的白色、紅色，也存在白色的光澤變得暗淡及紅色變為橙黃色的趨勢。但也有少部分個體或因品種優異，或因飼養得法，退色不明顯。金魚進入到老齡以後，容易患病，並且很難治癒，一般壽命也就在6～7年，因此部分個體能終其一生，保持色彩不變。金魚的老齡退色本屬正常情況，但如果由於飼養過程中不注意金魚生長的控制，常年在高溫、人工飼料甚至激素刺激條件下生長，也會出現提早老化的情況。在日常飼養中，對於老齡金魚要控制飼料投餵量，飼料保持在成長期的1/2左右即可。因為老齡金魚遊動減少，投餵的餌料轉化為脂肪堆積，加速魚體老化進程，顏色自然也難於保持。
對於金魚的變色，很多學者和從業者做過研究，但在許多方面，特別是複色品種遺傳方面還有著很多疑問，這也是金魚獨具的神秘之處。相信隨著金魚行業為更多人所重視，掌握變色規律，甚至培育出新的顏色品種的日子為期不遠了。