Pubmed改版以後,劉老師醫學統計發過一期教學內容:新版pubmed,配上這款插件,太好用了
這一期為大家準備了一個更全的檢索攻略,需要的小夥伴抓緊收藏奧。成為科研大神從學會檢索開始吧。(這麼好的乾貨一定要轉發!)
文獻檢索是每一個研究生必備的基本技能,前段時間PubMed徹底告別了舊版,改換了新版界面。
相比舊版,新版PubMed有點小清新今天以新版PubMed來演示怎麼實現PubMed快速檢索以及怎麼追蹤文獻。
目 錄
1. PubMed檢索規則1.1 布爾邏輯詞1.2 截詞符1.3 限定詞1.4 檢索欄位標識符2. PubMed檢索方式2.1 基本檢索2.2 高級檢索2.3 主題詞檢索2.4 作者檢索3. 查全率和查準率3.1 含義3.2 提高文獻查全率3.3 提高文獻查準率4. PubMed文獻追蹤4.1 PubMed網站追蹤4.2 創建RSS追蹤我們常說的文獻檢索通常是指狹義文獻檢索,是指通過構建檢索式(包括制定檢索詞、使用運算符、設置篩選項等),從文獻儲存系統中查找目標文獻的過程。
在PubMed中進行檢索前,先講講PubMed支持的各種檢索規則,知道了這些規則後,對學習PubMed檢索大有幫助。
1. PubMed檢索規則
1.1 布爾邏輯詞
用於表達檢索詞與檢索詞之間的邏輯關係的運算符。常見的邏輯關係詞有3個:AND、OR、NOT。
各邏輯詞的意義注意事項:
檢索運算符AND、NOT、OR必須大寫;默認檢索詞之間的"空格"為"AND"檢索;布爾運算是從左至右運行,可以通過括號來改變運算順序;1.2 截詞符
截詞檢索是取檢索詞的一部分,加上截詞符號一起進行檢索,這種方式解決檢索詞的單複數、詞尾變化、同一詞的拼法變異等問題。
PubMed支持截詞檢索,常用的截詞符號為:* 代表零或一個以上字母;? 代表零或一個字母。
截詞檢索只針對單個詞,而對詞組無效,如:bacter*, 可以檢出以bacter為詞幹的單詞bacteria、bacterium等最多600個單詞。
截詞符既可以放在檢索詞之前,也可以放在詞語中間,或詞語最後。
1.3 限定詞
限定檢索通過將檢索詞限定在一個或多個特定欄位中,來減少搜索結果。
常用的限定檢索符號為:雙引號"",其表示強制檢索,這個跟谷歌、百度等搜尋引擎中的強制檢索是一樣的。
跟截詞符不同,使用雙引號進行強制檢索可以應用於某個單詞,也可以用於詞組。
注意:所有的檢索符號都必須是英文狀態下輸入。
1.4 檢索欄位標識符
可以在檢索詞後面加上欄位標識符來指定檢索詞的含義,從而實現精確檢索。
常用的檢索欄位標識符如下:
2. PubMed檢索方式
在PubMed中,常用的文獻檢索的方式有以下幾種:
基本檢索高級檢索主題詞檢索作者檢索2.1 基本檢索
基本檢索是PubMed最常用的檢索方式。
在PubMed基本檢索框中輸入檢索詞,點擊Search即可檢索文獻。
比如在檢索框中直接輸入Acute Kidney Injury prediction model,點擊檢索。
在結果界面左邊可以選擇篩選條件來精確檢索,比如說精煉文獻類型、出版年份等等。
在進行基本檢索時,可以在檢索詞後加上截詞符號、欄位標識符或布爾邏輯符等進行精確檢索。
比如說檢索具體某一篇文獻,在文獻標題後加[TI]可以限定檢索文章標題。
2.2 高級檢索
基本檢索只適用於一般的檢索,如果需要詳細的更複雜的檢索某一方面的文獻,可能需要高級檢索。
通過搭配不同的欄位標識符和布爾邏輯詞,可以實現更精確的檢索。
2.3 主題詞檢索
主題詞檢索也是PubMed常用的檢索方式。主題詞檢索一般包括主題詞和副主題詞兩部分。
首先在進行主題詞檢索前,我們需要知道什麼是主題詞,什麼是副主題詞,以及從哪裡可以查詢主題詞。
主題詞是將文獻研究的主要論點概括成(標引)一個或多個規範化的語詞。
副主題詞是對主題詞的某一特定方面的限定,具有專指性。在進行主題詞檢索時可以根據需要添加副主題詞,可以添加多個,也可以不添加。
主題詞在哪裡查看?
在PubMed檢索框右下角點擊MeSH Database進入主題詞資料庫。
輸入檢索詞,點擊搜索,即可進入主題詞結果界面。
如下圖所示,Acute Kidney Injury就是我們要找的主題詞。
點擊Acute Kidney Injury後,進入主題詞界面,在這個界面可以查看副主題詞以及該主題詞的其他信息。
在下圖,我們還可以查看該主題詞的上下級主題詞。
我們可以選中多個副主題詞,也可以不選擇,點擊生成檢索式,在點擊下面的檢索,即可檢索文獻。
如下圖,我們選擇Acute Kidney Injury作為主題詞,選擇epidemiology、etiology和mortality這三個詞作為副主題詞,使用OR邏輯詞連接,主要檢索AKI臨床相關的文獻。
在生成的結果中,還可以使用篩選條件進行縮小範圍。
2.4 作者檢索
在進行作者檢索時,需注意文獻中作者名字顯示方式和PubMed檢索庫中作者名字顯示方式是不一樣的。
文獻中的名字顯示方式:名在前,姓在後;PubMed資料庫中顯示:姓在前,名在後。
因此在PubMed中進行作者檢索時需考慮上述差異,構建檢索式時應把姓放在前面。
我們在進行作者檢索時,一般是檢索導師或者某一領域的大牛,看看發表了多少篇論文等。在檢索時需注意中國人姓名有些是三個字的,比如說張三丰(Sanfeng Zhang),在PubMed文獻庫中名字可能存在兩種格式,Zhang sf OR Zhang s。檢索時兩種格式都要考慮檢索。即:Zhang sf[au] OR Zhang s[au]。
另外可以考慮在進行作者檢索時,添加作者機構檢索詞進行更精準的定位,但是考慮到院校重組合併以及跳槽等情況,所有在添加現機構檢索詞時需考慮以前機構的名稱。
3. 查全率和查準率
3.1 含義
在進行文獻檢索前,我們需要明白進行此次文獻檢索的目的,是希望查出來的文獻更多些,還是希望查出來的文獻更精準些。
這就涉及到一個查全率和查準率的問題了。
查全率=查出來的相關文獻/文獻庫中全部相關文獻查準率=查出來的相關文獻/查出來的全部文獻
查全率和查準率一般不可兼得,在文獻檢索中是需要查全率高些還是查準率高些看各自要求。
3.2 提高文獻查全率
3.2.1 挖掘隱含檢索詞
就拿急性腎損傷而言,急性腎損傷在10多年前並不叫急性腎損傷,而叫急性腎衰竭、急性腎功能不全等,如果在文獻檢索中單純只檢索急性腎損傷,可能就檢索不到急性腎衰竭和急性腎功能不全的文獻。
再比如說預測模型,預測模型的叫法有很多種,預測模型、預測分數等,在檢索預測模型文獻時應考慮到不同的名稱。
以下都是預測模型相關的文獻,叫法不一。
除了從文獻中挖掘隱含檢索詞外,還可以從輔助工具如CNKI翻譯助手、導師同學交流、主題詞檢索等方法中挖掘。
3.2.2 熟練使用各種檢索規則
如上所示,文獻中預測模型有很多名稱,但是這些名稱都有一個共同點,都有predict這個詞,可以考慮在檢索的時候添加截詞符號,如前面所說,可以使用predict*這個檢索詞。
在檢索時也可以使用不同的欄位標識符或布爾邏輯詞OR來調整文獻檢索結果。
還可以檢索不同的資料庫來獲得更多的文獻。
3.3 提高文獻查準率
跟提高查全率不同,查準率是要縮小文獻檢索結果,去掉不相關的文獻。
提高文獻查準率的方法也有很多,比如說使用欄位標識符如[TI]、[AU]、[TW]等,或者使用限定檢索詞如雙引號進行強制檢索。另外也可以減少截詞符號的使用。
如果是使用主題詞進行檢索,可以在主題詞中添加1個或多個副主題詞來縮小範圍。
4. PubMed文獻追蹤
4.1 PubMed網站追蹤
PubMed除了提供文獻檢索功能外,還提供文獻追蹤功能,比如說我們通過檢索式Acute Kidney Injury[ti]檢索文獻,我們需要知道以後這方面的新文獻,希望PubMed網站可以發信息通知我們。按如下步驟操作,需註冊PubMed帳號: