一般清洗隱形眼鏡方法有兩種。 第一種 使用多功能護理液 I. 先徹底洗淨雙手，用清潔無絮的毛巾擦乾，方可處理鏡片。 II. 取下鏡片，置於掌心之中，滴至少3滴護理液，然後用食指將鏡片的正反兩面呈放射狀各輕擦約10秒鐘。
1.一定要用手搓洗鏡片 如同一般髒衣服若沒有經過先搓洗，直接丟入洗衣機，是無法去除頑垢的道理一樣，隱形眼鏡一定要經手搓洗30秒以上，才可達到清潔效果。研究報告指出，由手搓洗鏡片，比任何機器更能有效去除鏡片上的雜質及沉澱物。另外，自來水或開水沒有清潔消毒作用，不可用來清洗隱形眼鏡。
2.每1～2年更換新的隱形眼鏡再完美的清潔保養方式，仍然會有少許微生物殘留在鏡片上。即使不常使用，鏡片材質經過1～2年後，自然變得老舊，此時應丟棄換新，以免傷害眼睛。
3.鏡片不可放在生理食鹽水中保存 生理食鹽水沒有殺菌作用，用來保存鏡片，容易滋生細菌，造成眼睛的感染。
4.不同廠牌的隱形眼鏡， 不可交互使用 因為各廠牌藥水種類成分不同，不可混合使用或隨意更換，以免起化學作用，傷害鏡片。其實，目前為止，眼科醫師均認為，並沒有任何一種隱形眼鏡藥水是完全沒有副作用的。 加熱消毒法不會造成化學藥劑殘留的副作用，但加熱方式易減少鏡片壽命；多功能藥水簡單方便，雙氧系統的殺菌力最強，但是兩者的清潔功能較差。 傳統式清潔、衝洗、浸泡分開使用藥水的方法雖然麻煩，卻是目前醫師認為較安全的清潔保養程序。
5.每周固定去蛋白 蛋白質吸附在鏡片上，日久會形成一片厚牆般，易刮傷眼角膜。隱形眼鏡酵素片的去蛋白作用，可以分解蛋白質結構，維持鏡片表面的清潔。 成分中含有酵素（enzyme），才具有去蛋白的效果。他認為到目前為止，市面上仍然沒有任何一種消毒藥水，可以完全取代每周的去蛋白工作。 此外，去蛋白酵素片並非浸泡愈久效果愈好。最好不要浸泡超過12小時，林思源醫師解釋，因為經分解後的蛋白質重新滲入鏡片，牢牢吸附，屆時更難清洗。
6.藥水也有使用期限 藥水拆封后，最好在4個月內用完或丟棄換新，以免藥水變質。生理食鹽水拆封后，因不含防腐劑，使用期限最好不要超過1個月。
7.隱形眼鏡配戴前，先衝生理食鹽水 因為隱形藥水多為化學製劑，直接戴在眼睛上容易造成刺激，最好先用生理食鹽水衝乾淨再戴。
8.隱形眼鏡不可以長期浸 泡在藥水中 長時間的浸泡，藥水失去消毒能力，還原成為普通水，反而變成滋生細菌的溫床。通常2天要更換一次新的浸泡液，但有些藥水可以密閉保存一星期，需視藥水本身的成份而定。配戴前一定要重新消毒清洗一遍。
9.半年一次送原廠保養 通常眼鏡行是將所有的眼鏡放在一起清洗，易有感染之虞。只要個人將日常清潔保養工作做好，每周固定去蛋白，僅需半年送回隱形眼鏡公司原廠做保養一次即可。
10.雙氧消毒系統，一定要中和後才可使用 雙氧消毒系統因使用3％的過氧化氫（跟一般外傷用的雙氧水一樣），隱形眼鏡一定要用白金環或中和片後才不會造成眼睛灼傷。像是白金環的中和效果會隨使用次數遞減，建議每次換新藥水時，同時更換白金環。另外，高含水量的拋棄式隱形眼鏡，不宜用雙氧消毒系統，鏡片會變形。
11.眼睛紅，最好先取下 隱形眼鏡 只要眼睛有發紅、畏光、流淚等不適情形，最好立即取下隱形眼鏡，並且帶著隱形眼鏡一起去給醫師檢查，看看是哪裡出了問題。隱形眼鏡族的眼角膜通常比較脆弱，大部份的人都是拖到視力模糊時才來就診，這時視力已經受到相當損傷。
12.定期更換隱形眼鏡的保存盒 建議，每天都應該衝洗清潔保存盒及放置鏡片的籃子。此外，每周用熱水燙過、中性洗劑清潔、晾乾；半年左右換一次保存盒和鏡片籃。最好不要放浴室，因為潮溼容易發黴。