愛沙尼亞海關和稅務署表示，英國脫歐過渡期1月1日已經正式結束，關稅同盟原則將不再適用於與英國的貿易。
從英國訂購商品需繳納額外的稅。如果貨物價值在22歐元到150歐元之間，必須通過稅務和海關局的e-MTA在線服務提交海關申報，支付增值稅和關稅。當賣方能夠證明所寄物品的原產地是英國時，就不需要支付關稅。為此，賣方必須提供一份原產地聲明，買方可以在海關申報單中添加該聲明。
2020年訂購，2021年從英國發貨的貨物，必須通過e-MTA申報納稅。2020年訂購的年底前發貨的貨物不需要申報。日期區分是貨物被移交給英國運輸公司的日期。
如貨物系私人間免費贈送的，如禮物，貨物價值超過45歐元須繳納增值稅，超過500歐元須繳納關稅。如果價值高於500歐元的貨物附有產地說明，可免徵關稅。
從英國抵達愛沙尼亞的旅客可以攜帶價值不超過1200歐元的個人物品，無需繳納關稅。如果貨物價值超過1200歐元，附有產地說明的貨物可免徵關稅。
旅客可以隨身攜帶價值不超過300歐元的個人物品，無需繳納增值稅，航空和輪船旅客可以攜帶價值不超過430歐元的物品。
需要注意的是，對旅客來說，禁令和限制是適用的，這意味著將不再可能把某些商品，如肉類和乳製品，從英國帶到歐盟。建議每個即將前往或離開英國的人了解愛沙尼亞稅務和海關署、外交部網站上提供的信息。
一直居住在英國的人，計劃搬回愛沙尼亞的人，也必須考慮向海關申報個人物品的需要。申請免稅是可以的，但建議先行聯繫海關信息官。
以前貨物可以在英國和歐盟之間自由流動，現在必須完成海關手續。海關申報必須向愛沙尼亞和英國提交，例如，向英國出口貨物時，要在貨物離開愛沙尼亞時和進入英國時申報。在愛沙尼亞，海關申報需通過e-MTA電子申報。
當涉及某些商品時，需要證書和許可證。例如，農產品必須符合歐盟標準，海關申報必須添加相關文件。因此，經營者必須為貨物運轉留出額外的時間。
根據北愛爾蘭的例外情況，歐盟和北愛爾蘭之間的貨物運輸一如既往。北愛爾蘭被視為歐盟關稅地區的一部分。然而，當貨物不再在歐盟和北愛爾蘭之間直接流通時，情況將發生變化。因此，與經由北愛爾蘭運輸貨物有關的商業經營者必須熟悉《北愛爾蘭議定書》。
根據歐盟與英國籤訂的貿易協定，在雙方貿易中，英國或歐盟原產地的貨物一般不徵收關稅。為了證明這一點，賣方必須向買方出具原產地證明。當已知貨物產地或足夠工序處理是在英國，但賣方暫時無法出具原產地證明，同樣需要支付關稅，但如三年內賣方提供原產地聲明的可申請返還關稅。
歐盟與英國之間的貨物過境按照共同過境程序辦理，邊境手續所需的時間大大縮短。在過境程序方面，從1月1日起，英國的地位與挪威、土耳其和瑞士相同。
英國退歐也影響到了那些不與英國進行貿易、但為自由流通而申報貨物，並在特定情況下必須在2021年1月1日之前將貨物進口到歐盟的商業經營者。