日本動漫作品除了有多種不同方式的傳播形式外，還建立起了一個龐大而又暢通的流通渠道，為動漫作品的銷售和推廣發揮了巨大的作用，也為消費者購買動漫作品提供了便利，還為進一步刺激消費者的購買慾望和擴大消費者群體作出了貢獻。
首先是傳統書店流通渠道。日本有大小34,233家書店（2004年度），遍布日本全國各地，是圖書和雜誌最主要的銷售渠道。與國內書店不同，日本幾乎每家書店都銷售漫畫雜誌、漫畫圖書及動漫影像製品。
動漫產品的銷售在書店的銷售額中佔有很大的比重，因此，不少書店設紛紛設立專櫃或專區來推銷動漫產品，這為書店的穩定經營發揮了不小的作用。
其次是24小時便利店渠道。2006年日本有近5萬家24小時便利店。便利店除了銷售方便食品、飲料、酒、香菸及各種生活用品外，還銷售雜誌（含不少漫畫雜誌）、一般圖書和漫畫圖書等出版物。
每一個便利店進門處都擺放有幾十至上百種雜誌和暢銷類圖書，雜誌和暢銷圖書的銷售平均能達到便利店商品總銷售額的6.3%左右，有的店甚至能達到30%左右。在許多傳統書店銷售額不斷下滑的情況下，便利店的雜誌圖書銷售額不僅沒有下降，反而市場份額不斷擴大，其雜誌圖書的總銷售額從1997年的15%上升到2006年度的21%。
7-ELEVEN連鎖便利店集團擁有11,735家分店，其圖書雜誌的年銷售額達到1,773億日元，已經超過了日本銷售額最多的書店集團。由於便利店多設置在車站、居民區、辦公區等地，非常方便人們的購買，特別受到年輕人和單身家庭的歡迎。
便利店成為漫畫雜誌和漫畫圖書最為重要的銷售渠道之一。
第三是車站、地鐵、路旁小賣店銷售渠道。日本鐵路交通網遍布全國各地，每天乘坐列車遠行的人很多。特別是在大城市，上下班乘坐的交通工具主要是公共運輸，其中城鐵和地鐵是所有交通工具中乘客最多的交通工具。
僅在東京和周邊的350個車站，每天利用鐵路交通的就超過1,400多萬人次，鐵路交通成為流動人群高度聚集的場所。
由於許多市民都居住在城外，在東京，每天平均花費在上下班的時間為1個半小時左右。
因此，利用乘坐鐵路交通的空閒時間閱讀報紙、雜誌和圖書的人特別多，這也為鐵路系統的報刊書亭的經營和發展提供了條件。
在日本，約有5,000家的鐵路和地鐵小賣店，大多數設在鐵路和地鐵的站臺和車站內外。
小賣店的商品種類繁多，除了販賣飲料、香菸、方便食品和生活用具外，還銷售雜誌、報紙和暢銷圖書，其中有不少漫畫雜誌和漫畫圖書的銷售。
第四是新舊書店銷售渠道。20世紀80年代末出現的新舊書店發展迅速，至今已擁有幾千家店鋪，遍布日本城市的各個角落。
新舊書店的主要業務是以舊書、過期的新書、音像製品和雜誌的銷售為主，同時還銷售已經使用過的兒童用品、樂器、各種貴金屬首飾、手錶、體育用具等商品。新舊書店與舊書店的最大區別在於除了銷售商品的多元化外，還必須對收購後的商品進行特殊的工藝處理，然後再以新的面貌銷售給顧客。
由於新舊書店的銷售對象主要是學生和青年人，其銷售商品也主要由漫畫類出版物（50%）、一般圖書（20%）、影像製品（30%）等組成
第五是漫畫專賣店與動漫主題店（主要有漫畫咖啡店和漫畫茶館）銷售渠道。漫畫專賣店主要銷售單行本漫畫、漫畫雜誌及其他動漫衍生品。
漫畫專賣店一般都會有排行榜展示，展示當月或當周的最受歡迎的漫畫單行本，以此起到引導讀者消費的目的。漫畫專賣店內的書櫃更多的按照出版社進行劃分，會將同一系列產品擺放在一起以便於讀者查找。
書櫃內的圖書種類豐富，副本較少，以達到儘可能多地展示漫畫的目的。同時，還銷售與漫畫相關的周邊文具用品。此外，在日本，閱讀和觀看動漫作品的地點還有為數不少的漫畫咖啡店和漫畫茶館。
漫畫咖啡店和漫畫茶館往往開設在主要軌道交通車站的附近。這些店鋪提供的漫畫可以自由閱讀，就像是漫畫的圖書館一樣，除了看書以外，咖啡店和茶館還提供可以上網的電腦，同時還可以使用店鋪中的DVD看自己喜歡的影片，喜歡遊戲的顧客還可以在店中玩PS2的遊戲。
漫畫咖啡店和漫畫茶館依靠銷售飲食品和一部分動漫產品的出租，從而獲得收益。
第六是遊戲專賣店渠道。在日本，購買漫畫、動畫DVD和周邊產品的場所不僅是在動漫專賣店，在與動漫緊密相連的遊戲專賣店中也能找到動漫產品的身影。
日本電子遊戲專賣店主要銷售電視遊戲主機（PS3、PS2、Wii、NGC、XBOX360、XBOX等遊戲機）和掌上遊戲機（PSP NDS GBA等），多為連鎖模式，專賣店面積普遍不大，大多數店面的總店一般集中在東京秋葉原和大阪地區。
比較大型的遊戲專賣店包括Yodobashi Camera、Asobit Game City、Softmap、MediaLand、石丸Game one、Gamers等五六家。
各個遊戲店內銷售的主要商品以遊戲主機和軟體為主，輔以動漫周邊產品。這是針對了既是遊戲迷又是動漫迷的一類受眾，即OTAKU（御宅族）。
他們更多時間在看動漫、玩電子遊戲，經常出沒於秋葉原等遊戲店聚積地，成為遊戲和動漫產品的主要消費群體。