1978年5月20日，蔣經國在中國的臺灣省就任「第六任總統」。上任後，他重視本土人才，大量啟用本省籍官員，積極推行「本土化政策」。在其執政後期，逐步開始改革，包括：解除「嚴」，開放禁和報禁，以及實行「民意機構改革」，開放部分人士赴大陸探親等。蔣經國主政時期，更是堅持「一個中國」的立場，反對「獨」。
1988年1月13日，蔣經國在臺北病逝。蔣經國在臨終前說了一句話，眾人聽後均落淚了，兒媳說：他看錯人了！
蔣經國就任「總統」後期，為自己的繼任人是煞費苦心，最初，他也想如其父蔣介石一樣，把繼任人確定在蔣家的子嗣上。但在蔣家子嗣中，長子蔣孝文患有不治之症，三子蔣孝勇多年在商界打拼，次子蔣孝武在其考慮之列，但其後來卻發生了震驚中外的「江南事件」。
「江南事件」後，民眾已不允許蔣經國再做「傳子」之夢。在多方考慮之下，蔣經國決定啟用毫無人脈基礎的李阿輝。蔣經國認為：「只有像李阿輝這樣依附他並受其提攜得以平步青雲的平民官員，才能起到沒有蔣家人繼位卻能讓蔣家人放心的作用。」
1971年8月，農復會的沈宗瀚將李阿輝以農業問題專家的身份介紹給了蔣經國。當時蔣經國正準備組閣，接掌最高權力，十分賞識阿輝，還勸阿輝加入了國民黨。
1972年，蔣經國任「行政院長」，阿輝被延攬為「政務委員」，主管農業。1978年6月，蔣經國就職「總統」後，又把阿輝調任官場最敏感的臺北市市長，1981年12月調任中國「臺省主席」。
1984年，島內「總統」換屆，阿輝被蔣經國欽定為「副總統」，蔣經國並提拔他進入中常會，刻意培植。由於李阿輝資歷太淺，升得太快，使各界人士跌破了眼鏡。
1988年1月13日，蔣經國病逝後，阿輝以副總統身份順利地爬上了最高寶座。開始之初，他對蔣經國生前的許多重要決策尚能維護執行，給人以開明、團結、尊重元老的印象。對蔣家遺孤的慰挽之情，也深得各界的好評。李阿輝還偕夫人連續為蔣經國守靈半月，還給蔣經國的遺孀批了一筆錢，說是養家之資。
但是，很快，阿輝就露出了隱藏已久的兇相。他先是為了爭搶國民黨代理主席，利用少壯派人物封殺蔣介石夫人宋美齡，致使她為阻止阿輝奪取國民黨黨權的一封信胎死腹中。接下來，又將蔣經國的兒子蔣孝勇排擠出局，最後讓蔣孝勇不得不遠走加拿大避禍。
1990年，蔣經國之弟蔣緯國見阿輝倒行逆施，露出醜惡嘴臉後，感到十分氣憤，怒道：「此人無功勞，卻搶走了國民黨的天下。」
隨即，蔣緯國聯手眾多國民黨內的擁蔣人士，準備利用臺省「大選」之機，重新奪回軍政大權。阿輝發現不妙後，立即集聚身邊的少壯派勢力和國民黨的「八大老」對蔣緯國等人進行圍攻瓦解，最後還利用在日本任職的蔣經國之子蔣孝武，演出一幕「親痛仇快」的「大義滅親」鬧劇，終使蔣家徹底失去了再次問鼎臺政權的機會。
李阿輝控制國民黨軍政大權後，還暗中聯絡並指使素與蔣家為敵的陳阿扁及民黨，在高雄和臺北等地大搞清除蔣家影響的活動。
在統一大業的問題上，阿輝更是令兩岸人民感到失望，令所有的中國人感到痛心。在阿輝執政晚期，因其「獨」思想作祟，甚至公然背叛國民黨的切身利益，暗中聯合與支持陳阿扁及民黨的極分子，致使「獨」分裂勢力逐漸坐大直至擊敗國民黨奪取政權。
1995年，面對蔣氏家族瓜果凋零的悽楚結局，蔣經國的兒媳方智怡女士（蔣經國與蔣方良的兒子蔣孝勇的遺孀）向海內外傳媒透露了一個不為外界所知的信息，她說：「蔣經國在病逝之前，曾對身邊家人說了一句後，他哀嘆道『看錯人了，我看錯了人！』」，眾人聽後均落淚。
蔣經國在考察李阿輝的時候，並沒有真正看清他的真面目，他所看到的都是表象。蔣經國在臺省執政多年的功過是非，世人評說，各有千秋，但晚年提拔李阿輝作為國民黨的繼任人，無疑是他運籌國民黨前途的一次重大決策性失誤。