佛教文化是日本文化的一個重要的組成部分，對日本的文學、音樂、美術和日常生活都有著重要的影響。日本著名的寺院主要集中在日本的三大古都京都、奈良和鎌倉。
金閣寺
我覺得命運沒有賦予我任何能醒人耳目的東西。於是我的孤獨愈發膨脹，簡直就像一頭豬。--------《金閣寺》
這是三島由紀夫小說《金閣寺》裡的一句話。
金閣寺正式的名稱是鹿苑寺，位於北區，是京都北山文化的中心。作為該寺舍利殿的金閣，二、三層貼滿了金箔，因此顯得金碧輝煌。
金閣寺住宅式的建築，配以佛堂式的造型，和諧幽雅。是庭院建築的傑作，表現了足利義滿吸收各種文化的格調與品位。寺中的池泉回遊式庭園也頗引人注目。
大德寺
大德寺（だいとくじ）創建於日本鎌倉年間（公元1325年），位於今日本國京都市北區，是洛北最大的寺院，也是禪宗文化中心之一，其中尤以茶道文化而聞名。大燈國師為開山祖師。後經戰亂被焚。
著名的一休大師（聰明的一休）經過幾十年的漂泊布教後，以80歲的高齡任大德寺的主持，重建了大德寺。至今大德寺還保存著一休大師的遺墨。豐臣秀吉曾在寺內舉行織田信長的葬禮。建有國寶和重要文化財產的建築物的大伽藍是戰國時代的大名捐贈的。寺內共有21座塔頭 , 擁有茶室、園林、門畫等多數文化財產。
三千院
三千院是佛教門派之一天台宗的寺院，創建於公元1118年。日本天台門跡寺院之一。位於京都市左京區大原來迎院町。原稱為圓融院、圓德院、梨本坊、■井門跡。山號魚山。
寺內主尊木造阿彌陀如來像和兩側侍像均為國家級重要文化財產。寺院內古樹參天，青苔遍地，溪水潺潺，4月櫻花、5月杜鵑花、7月紫陽花、秋季紅葉，一年四季自然景致令人賞心悅目。
常寂光寺
位於左京區，據傳是由聖德太子於594年創建的天台宗尼庵。平家滅亡後，安德天皇的母親建禮門院即由此寺出家為尼。
本堂中有一尊高達2米多的地藏像。常寂光院最為著名是院內的日本庭園。與其它庭園相比，寂光院的庭園更顯精巧別致，雅趣昂然。由環遊式庭園的正面的任何位置均可觀賞到三層瀑布的精彩水景。
秋天楓葉景色非常漂亮
清水寺
清水寺位於京都東部音羽山的山腰，始建於778年，是京都最古老的寺院，曾數次被燒毀並重建，後於1994年被列入世界文化遺產名錄。
本堂前懸空的清水舞臺是日本國寶級文物，四周綠樹環抱，春季時櫻花爛漫，是京都的賞櫻名所之一，《秒速五釐米》中有過這樣一句話：「櫻花瓣掉落的速度是每秒五釐米。」緩慢到好像你能夠親眼見證它翩翩搖曳融入大地的過程。
秋季時紅楓颯爽，又是賞楓勝地。清水寺的茶藝名列京都之首。
知恩院
日本京都的一座神聖寺廟,始建於1234年,創始人為法然上人,在京都的寺院中規模最大,為淨土宗的總本山。
西元1175年由法然上人創建,主堂能容3000多人參拜,院內有日本最大的大門,還有日本最大的巨鍾,重達74噸,需要17名僧人同時努力才能敲響它。
因描繪精湛而被抽出另置的門書「拔雀」,走在上面吱吱作響的「鶯聲」地板等七大不可思議,更是知恩院廣為人知的瑰寶。
醍醐寺
位於伏見區，為真言宗醍醐派的總本山，847年由理源大師創建。寺內的五重塔是京都最古老的建築之一。
醍醐寺山門右手的叄寶院,規模宏大，是代表豐臣秀吉桃山時代的重要寶藏。豐臣秀吉鼎盛時期在此舉辦盛大的「醍醐賞花」會，盡顯登峰造極之勢，醍醐寺也因此天下聞名,成為賞櫻聖地。
東寺
東寺也稱教王護國寺，位於日本京都車站西南，步行10分鐘即到，東寺是聯合國教科文組織規定的世界文化遺產。早在日本平安時代營造平安京的時候就興建了東寺以鎮守國家。
公元823年，東寺被下賜給弘法大師，成為真言密教的道場。寺內的講堂以大日如來為中心安放了五大明王等21座佛像。
寺院裡的建築物曾幾度被焚毀，又多次被復興、重建。但是大體上仍然保留了寺院剛修建時的原貌。寺院入口的「南大門」、中心建築「金堂」、僧侶們念佛訟經的「講堂」、用齋的「食堂」等等建築物，成一字形排列。
妙心寺
妙心寺是寺廟的名稱，一座是位在日本京都府京都市右京區的寺院，原為花園天皇的離宮萩原殿，天皇退位後改建成禪寺，周圍建立許多塔頭寺院，形成一大寺院群，被京都市民稱為西之御所。一座位於臺灣臺南縣永康市。
廣隆寺
廣隆寺是位在日本京都府京都市右京區的真言宗系單立寺院。山號「蜂岡山」。本尊聖德太子、開基為秦河勝。聖德太子建立七大寺之一，是平安京遷都以前就存在的京都最古的寺院。
收藏國寶彌勒菩薩半跏像而廣為人知。毎年舉行的牛祭是京都三大奇祭之一。別稱、蜂岡寺、秦公寺、太秦寺。
華連王院
又名：三十三間堂，三十三間堂是日本古建築，位於今京都市東山區七條。為蓮華王院的正殿，日本國寶。
建於公元1164年，位於洛中和洛東旅遊精華間和中間點，共建有33間殿堂，供奉著1001座觀音。坐姿千手觀音是日本的國寶。每年1月15日，舉行射箭儀式，射者從距60米之處瞄靶發射，稱為「通矢」。