湖田濱於微山、昭陽兩湖西岸，南迄銅山，北跨魚臺，綿延二百餘裡，寬三四十裡或二三十裡不等，多為銅山、沛縣屬境。清朝末年發生的湖田案，亦稱「湖團案」，是銅山、沛縣土著與山東曹州流民逃荒組建的湖團，因湖田糾紛而起的衝突事件，這本是一件主要涉及經濟利益的民事糾紛，卻因持續數年，影響較大，又加上捻軍的介入，而具有了濃厚的政治色彩，以至驚動了清廷。
同治四年（1865）五月，被朝廷倚為「勳國柱石」的曾國藩在南京接到聖諭，令他帶兵奔赴山東剿滅捻軍，並七天連收六道聖旨，曾國藩不得不接受重任。就在他調集兵馬，帶領幕僚沿河北上的途中，又接到處理「銅沛湖田案」的聖旨，為兼顧二者，曾國藩駐紮於徐州。
曾國藩（1811年~1872年），初名子城，字伯涵，號滌生，宗聖曾子七十世孫。中國近代政治家、戰略家、理學家、文學家，湘軍的創立者和統帥
黃河泛濫與湖田墾種徐州地處黃河下遊，黃河為彭城大地帶來了「興」「榮」，也帶來了「流離」「貧弱」。歷史上，黃河以「善淤、善決、善徙」著稱，多次決口，遷徙不定，每到一處就帶來大量泥沙。《尚書·堯典》記述：湯湯洪水方割，蕩蕩懷山襄陵，浩浩滔天。
黃河改道，田舍損毀，沃野被覆，位於蘇魯豫皖四省交界的微山湖恰好處於黃河下遊，每逢河水泛濫，微山湖西岸的山東曹州一帶和江蘇徐州地區都首當其衝，飽受黃患之苦。
清鹹豐元年（1851）秋，大雨連綿，黃河在蟠龍集（今安徽碭山縣與江蘇豐縣交界處）決口，其後三年，黃河複數次潰決，大水洶湧，所到之處，人畜被淹，房屋莊田夷為平地，其中又以沛豐一帶受災最重，「居民流離轉徙，以為故鄉永成澤國，不復顧戀矣」。據光緒《沛縣誌》記載，除死於水災者，人口至少減少一半以上。大水過後，高阜夷為平地，泥沙溢滿坑窪，少了村落，多了荒灘。
四年後的盛夏（1855年6月），連日暴雨，黃河下遊的水位不斷上漲而再次決堤，這是黃河的最後一次自然改道，從此黃河不再經過徐州。洪水衝毀了山東曹州府各縣，百姓流離，逃荒隊伍成百上千。
逃難的災民
曹州士紳唐守忠帶領一支逃荒隊伍來到微山湖西岸，發現了沿微山湖西近200裡湖岸縣新涸出的土地。後又有大批山東災民扶老攜幼，遷徙來此，開墾出兩千多頃（20多萬畝）的湖田。他們寄居於此，墾荒為田，結棚成屋，比鄰而居，修築圩寨，組建湖團，史載沛縣境內有唐團、北王團、北趙團三個團以及南王團的一部分，銅山縣境內有南王團部分、於團、南趙團、侯團、睢團五個團。這些湖團持械自衛，逐漸安居樂業。
災民返鄉與湖田爭端幾年以後，黃河固道，生息出拔。鹹豐元年外出逃亡的沛縣、銅山災民陸續返回家鄉，看到良田被外人墾種，交涉不成後引發爭鬥。衝突主要發生在團民最多，湖田最廣的沛縣，發生了一連串命案。
當時的南河總督庚長對此爭端做了如下處理：
一是設立湖田局，具體負責湖田事宜；
二是重新勘察丈量土地，劃分等次，團民以土地等次交納田租；
三是所交租金充當軍餉；
四是修築大堤作為土民與團民墾種土地分界線。
然而有形的邊堤並未隔絕無形的怨憤，尤其在沛民劉際昌死後矛盾被徹底激化。沛民接連進京告狀，並將矛頭直指團首唐守忠，指其糾眾霸田地、戕害縣令、冒充官兵，這一京控案引起慈禧關注，下令漕運總督吳棠密速查辦。
吳棠查證後上稟指控並無實據，其目的是為奪取團民開墾的湖田。沛縣人對這一調查結果並不滿意，繼續告御狀，偏又出現了銅山縣境內兩個湖團與捻軍有來往之事，土民認定湖團均與捻匪勾結，訴訟再起波瀾。就在事情一籌莫展之際，「湖田案」這一燙手山芋落到了曾國藩之手。
民國《沛縣誌》關於湖田案的記載
揚「良」抑「莠」斷難案同治四年（1865）八月，曾國藩抵達徐州，沛縣生員王獻華發動多人聯名上告，指控團民是「賊黨」，「呈詞累數十紙」，加之徐州道也前來稟請剿滅湖團，曾國藩深知此事關係重大，處理不當會激起民變。
這個時候發生了一件大事，使他的思路清晰起來。時年九月，捻軍攻入唐團寨內，殺人放火，唐守忠與其族叔、兒子奮力拼殺，終因寡不敵眾，被捻軍抓獲。捻軍以利誘之並用繩索綁著他去迫使其它寨子投降，唐守忠堅決不從，大叫「固守勿降」後被殺害。
捻軍（1853~1868年）是一個活躍在長江以北皖、蘇、魯、豫四省部分地區的反清農民武裝勢力
此事顛覆了曾國藩對唐守忠及湖團的看法，經過查證，他發現8個湖團中有兩個——王團、刁團確曾與捻軍合作，其餘6個團均沒有勾結捻軍的證據。此時曾國藩發現領頭告狀的人並未失去田產，這些人多方煽動，以求從訴訟中獲利，但如何處理，他依然沒有找到突破口，畢竟一旦處理不當，逼迫團民鋌而走險、加入捻軍，這個罪名誰都擔當不起。
最後他將目光鎖定在「捻」字上，既然朝廷最關心是「捻軍」，而土民在控告中也強調湖團通捻，那就將這一經濟問題政治化，拋開土客民的恩怨糾葛，以良莠為標準確立處理此案的原則：客民良莠標準在於是否與「捻」有關，土民良莠標準在於是否參與「斂錢構訟」。
第一，通捻者驅逐，抗捻者嘉獎。追捕在逃的王團團首王長振，驅逐王、刁二團，準許其餘六團在當地合法居住，繳納賦稅，使湖田成為他們的永久家業，對抗捻而死的唐守忠等三人，則厚加撫恤，表彰他們效忠朝廷。
第二，構訟者懲戒，失田者歸還。對於參與訴訟的文生王獻華革除功名，對於被侵佔的田產，憑有效地契等官方文書，核實後從被逐王、刁二團退還的土地中如數撥還。而對於無法核准的土地則充作學田，用於興辦教育。
第三，恩威並施，緩和矛盾。通捻的僅是二團首領，而非全體團員，所以其餘團民全部赦免逐回山東本籍，並在山東鄆城縣設專門機構處理遣返團民的安置。同時合理安排對遣返團民的撫恤，對二團已種麥田派兵屯守，收穫後一半退給團民，一半作為屯兵的開支。二團果然「全數徙去，安靜回籍」。
曾國藩雷霆手段，事件處理之後，又加警告：
湖團如再有窩匪通捻重情，經官府查明，小則拿犯誅懲，大則派兵剿辦；沛民也應將團民視同土著，永不再言驅逐之說。
經過曾國藩的調解，雙方盡消爭訟之嫌，同敦睦姻之誼。「湖團糾紛」實質上是在重大自然災害面前，廣大災民自發的大型移民潮，是一次十分無奈的自救。在移民過程中，不可避免會出現土、客之間的諸多矛盾衝突，核心問題在於雙方都在爭奪生存空間、爭奪土地權。曾國藩的處理雖然是為了維護大清王朝的利益，有其歷史局限性，但在某種程度上緩和了矛盾，基本穩定了局勢，避免更大規模的爭鬥發生。後來，山東團民為了表達對曾國藩的感激之情，先後在龍固和五段等地為他建了功德碑，讚揚他給予了大部分移民居住合法權的做法。