在番茄栽培中，常因多種原因造成植株萎蔫狀態，一般多在中午時出現，早晚發生較輕，番茄植株出現萎蔫，有病理性的，也有生理性的以及肥害等原因造成的，在防治時應區別情況加以對待。
一、病理性萎蔫
1.青枯病萎蔫 一般幼苗期不表現症狀，開花初果期開始發病，植株先在中午頂端葉片萎蔫，然後葉片自上而下蔓延凋萎。初發期白天萎蔫，晚上可恢復正常，持續4-5天後全株莖葉萎蔫死亡，植株保持青綠色。
葉片不脫落，莖基部呈現褐色條紋，橫切病莖放入裝有清水的玻璃杯中，幾分鐘後有乳白色菌液流出，其危害細菌為青枯假單孢杆狀細菌。在高溫高溼條件下易發病，酸性土壤最適合該細菌的生長和危害，細菌從傷口侵入植株後，在維管束內繁殖，堵塞導管，使整個導管失去輸送水肥的能力，引起植株枯萎死亡。番茄結果盛期為發病高峰，在氣溫達27-32℃時，遇上連陰雨或久晴暴雨天氣時，發病快、來勢猛，危害重。
2.細菌性髓部壞死病萎蔫 這種病害主要危害莖和分枝、葉片，果實也會受害，症狀表現多在番茄青果期，發病初期植株上中部葉片失水萎蔫，部分複葉的少數小葉片邊緣褪綠。與此同時，莖部長出不定根，而後在不定根附近出現褐色至黑褐色斑塊。縱剖病莖或見髓部發生病變，病變部分超過莖外表變褐的長度，呈褐色至黑褐色。當下部莖被感染時，常造成整株枯死。溼度大時從病莖傷口、葉柄脫落處，及不定根溢出黃褐色菌膿。該病也是一種細菌性病害，可在大棚栽培及露地栽培番茄上發生，病菌多從傷口處侵入發病，並通過雨水及農事操作傳播蔓延，連作、排水不良及氮肥過量田塊發病重。病程進展較緩慢，從表現萎蔫至全株枯死約20天左右。
3.根腐病萎蔫 它是由一種疫黴菌引起的根腐病造成的番茄萎蔫。病原菌侵入後在莖杆基部靠近土壤表面的地方，出現黑色病斑，導致植株根系吸收的水分不能順利運送到植株上部而形成萎蔫。該病原菌喜歡高溫高溼，容易通過傷口侵染。如果在9-10月份當溫度白天超過30℃，大水漫灌造成土壤較長時間潮溼，就容易誘髮根腐病。特別是苗期徒長的番茄植株，一些菜農喜歡把莖杆基部多餘的部分埋進土壤中，使其再生新根，這雖對植株生長有利，但病菌極易通過摘葉和打瘋杈造成傷口感染。
4.立枯病萎蔫 該病是番茄苗期的重要病害。定植後5-10天，病株莖基部產生橢圓形暗褐色病斑，病斑逐漸凹陷並向兩側擴展，繞莖一周後皮層變色腐爛，病株白天萎蔫，早晚能恢復。發病後期莖基部縊縮變細，葉片萎蔫不能復原，植株乾枯，根部變色腐爛，病苗一般不倒伏。溼度大時病斑表面和根部周圍土壤出現網狀淡褐色黴層（病菌菌絲），後期形成菌核。低溫高溼條件有利於發育。
5.枯萎病萎蔫 番茄枯萎病是一種真菌性病害，一般在開花結果期開始發生，病株白天萎蔫、傍晚不恢復。枯萎病病程緩慢，病株一般要經過15-30天才枯死，病株枯死後葉色變黃，而青枯病病株萎蔫死亡後，依然保持青綠色，。橫切病莖用手擠壓或經保溼，細菌性青枯病病株的切面會溢出白色菌液，而枯萎病病株則沒有。
二、生理性萎蔫
一是缺水萎蔫，由土壤缺水導致的植株萎蔫，在澆水後就能得到緩解。澆水時水溫較低，地溫較高，導致毛細根受傷吸水不足，也會造成萎蔫。
二是高溫萎蔫，在大棚番茄中多見，主要是溫度升高時，中午放風不及時導致棚內溼度過高，造成番茄植株發生萎蔫現象。
三是肥害造成萎蔫，隨著溫度升高，番茄生長速度加快，需肥量變大，如果這時隨意加大施肥量，會導致根系周圍的鹽離子濃度過大，使毛細根受傷，出現萎蔫症狀。
三、綜合防治措施
1.實行輪作換茬。避免與茄科類的蔬菜連作，並與非茄科蔬菜輪作2-3年，有利於降低土壤中的細菌和病原真菌的積累而減輕發病。
2.選用抗性強的品種。如對青枯病抗性強的品種有浙雜204、粉抗青1號、贛番茄2號、毛粉802、中蔬4號等。
3.加強栽培管理。深翻土地，實行高廂窄壟種植，做到廂溝、腰溝和圍溝三溝相通，有利於降低田間溼度。在栽植時提倡春番茄早育苗、早移栽，秋番茄適期晚定植，使發病盛期避開高溫季節。適當控制肥水，不能大水漫灌，防止因水而擴散傳播，在高溫季節實行早晚澆水，以免傷根而引發萎蔫。施用充分腐熟的有機肥，不偏施氮肥和過量施用氮肥，增施磷鉀肥，雨後及時排除田間積水。避免在陰雨天整枝打杈。田間出現萎蔫病株時應及時拔除，並帶出田外深埋或燒毀。在生長期對番茄噴施0.15%硼砂溶液，以促進番茄植株維管束生長，提高植株的抗病能力。在重發地區可採用嫁接苗，用抗病砧木嫁接育苗，也是提高番茄抗萎蔫的有效措施。