從清軍夜襲黃田，到收復和闐，西徵主帥劉錦棠收復新疆只用了不到一年半的時間，但唯獨留下了俄國侵佔的伊犁。清軍裝備的全部是左宗棠在普魯士訂購的最新型武器，比英法還要先進，完全有能力收復伊犁，但是不能打，因為俄國在耍流氓。
俄國為什麼要出兵伊犁，還要從同治年間陝甘和新疆的叛亂說起。西北的民族問題，尤其是牽扯上宗教的民族問題始終讓清政府如芒在背。左宗棠治理經營西北多年，給出的解釋就是「有教無國」。
「朝覲」是伊斯蘭教的基本制度之一，簡單來說就是每位穆斯林都有義務去麥加朝聖，這在一定程度上削弱了穆斯林對其所在國的認同感。宗教在傳播過程中往往與地方封建勢力相結合，產生一種叫做「門宦」的制度，每個門宦的教主對信徒都有著生殺予奪的權力。
每當社會發生變革或動亂時，部分有野心的教主便打著宗教的旗號，發動叛亂自立。持續十餘年，波及大半個中國的太平天國起義讓西北的防務出現了暫時的真空，陝西的白彥虎、甘肅的馬化龍、新疆的妥得璘等紛紛發動叛亂，而這一系列叛亂的背後都有沙俄在支持。
沙俄染指西北並不單純為土地而來，因為此時沙俄的戰略重心已經不是東方，而是南方的出海口，即英國人統治的印度，掌控新疆不過是為了確保南下時的側翼安全。
印度是英國殖民皇冠上最璀璨的明珠，英國人自然不會坐以待斃。在英國的支持下，阿古柏擊敗了沙俄支持的妥得璘，又招攬了被沙俄寄予厚望的白彥虎，一下就挫敗了沙俄控制新疆的陰謀。
為了防止新疆落入英國人之手，沙俄打著為清朝平亂的旗號出兵伊犁，震懾阿古柏，另一方面又勸說清軍出兵驅逐阿古柏，並願意為左宗棠提供軍糧。
在火車沒有普及之前，農耕民族徵服中亞是件極為困難的事情。茫茫草原、沙漠和戈壁讓戰爭充滿偶然性，即便清軍沒在戰場上失利，也會被巨額的後勤成本拖垮。沙俄希望清軍與阿古柏鷸蚌相爭，自己坐收漁利，只可惜湘軍出了一位軍事天才——劉錦棠。
在左宗棠的指揮下，劉錦棠像飛得一樣，從北疆一直打到南疆，沙俄的如意算盤再次被打亂。新疆收復後，沙俄如不退出伊犁就違反中俄雙方的劃界條約，在國際上就授英國人以柄。可是俄國人發現作為東西方貿易的樞紐，伊犁實在太誘人了。
為了賴在伊犁，沙俄只能讓新疆繼續亂下去，所以轉而向阿古柏殘部和白彥虎拋出橄欖枝，將他們安置在中亞，以每天軍官五錢、士兵二錢銀子待遇供養著。左宗棠向沙俄交涉歸還伊犁時，新任中亞總督科爾帕科夫斯基立刻制定了一套惡毒的遊擊戰」方案。
方案內容很簡單，就是讓阿古柏殘部和白彥虎在新疆南部和中部不斷製造騷亂，但它的惡毒之處就在於新疆有160多萬平方公裡，而清軍只有三萬駐軍，機動部隊能有幾千人就不錯了。他們只要摧毀農田，燒毀村莊，新疆就能重新陷入混亂。清軍除了疲於奔命外，沒有任何辦法。
左宗棠收復新疆已經向借了六次洋債了，清政府斷無可能再支撐一場大戰。所以，左宗棠一面命令劉錦棠不惜一切代價，先打疼白彥虎和阿古柏殘部，讓其不敢輕易踏入新疆，另一方面朝廷爭取通過外交的手段讓沙俄退出伊犁。
雖然清朝第一次派出的談判代表崇厚帶了個喪權辱國的條約回來，但劉錦棠在新疆卻奇蹟般地打退了沙俄組織的五次大規模進攻，為後來的曾紀澤在談判桌上要回伊犁提供了武力支持。
套用克勞塞維茨的話說：戰爭是政治的延續。很多時候武力是最簡單的辦法，但同時也是最糟糕的。沙俄搞亂新疆一次不成，可以再來幾次，但清軍只要有一次失敗，160多萬平方公裡國土就會被英俄的瓜分。以大清的國力而言，用軟硬兼施的辦法把沙俄請出伊犁是最好的選擇。