農作物──自然化
自然農法的理念是保護自然生態環境和人類的健康。酵素能廣泛應用在自然農法中。
● 改善土質
酵素是天然的肥料，能改善土壤環境，把貧瘠地轉變為肥沃的土地。
● 不使用化學農藥減少蟲害
若將釀製好的環保酵素以一公斤紅砂糖和十公升水進行稀釋灑在草地上，這個過程會刺激昆蟲的眼睛，破壞其卵的發育，就能減少昆蟲、蚊子、老鼠和蟑螂的數量。蟲害減少，有利於農作物生長。
● 植物快高長大
酵素液有助於促進光合作用，樹根會獲得更多的氧氣，過程也促進蛋白質、澱粉、脂肪在土裡分解，能為植物增加肥料。此外，臭氧從地面蒸發到大氣層，有用酵素液灌溉的那區，樹葉比較健康，植物會快高長大。
實例：
15年前何永祥先生幫助殘障人士在吉隆坡Ara Damansara成功申請到一片30英畝的土地。原以為能種一些農作物，讓殘障人士能自供自給，然而這片土地又硬又頑固，花了很多年、用盡各種方法，都沒有辦法改善。後來以稀釋的環保酵素灌溉後，竟然迅速長出許多農作物。本來生長緩慢的蔬菜、瓜果，卻像雨後春筍般長出青綠色的蔬果。目前在這土地上也種植了不少的草藥。
畜牧業──健康化 將酵素使用在家畜（禽）養殖場，能使飼養過程健康化。
●改善飼養的環境 酵素是天然的空氣清新劑，在畜舍及糞便上噴灑環保酵素，能消除蒼蠅和惡臭。除蟲、除臭的效果讓家畜（禽）能在比較衛生的環境生活。
● 家畜（禽）更健康 在飼料和飲用水中添加環保酵素，能增加家畜（禽）的抵抗力，肉蛋品質提高。
實例：
泰國養豬場在不使用任何藥品和添加劑的情況下，採用環保酵素，已被證實有效。
排水系統──潔淨化
環保酵素能淨化水源，改善家庭生活排水、食品加工廠排汙水及畜舍汙水對環境所造成的汙染。
● 淨化排水系統
如果將酵素液或酵素渣倒入排水系統，如：下水道、糞池、水溝等，可防止水管堵塞、淨化糞池、分解汙水汙泥、淨化河流和海洋，達到淨化環境的效果。
● 恢復自然生態
隨著排水系統潔淨化，消失的魚和貝類開始再度出現和增加，能恢復自然界的本來面貌。
普通清潔劑 VS 酵素清潔劑
將稀釋後的環保酵素倒入溝渠或河流能起到淨化的作用，因為酵素能有效的分解人工化學汙染物。普通清潔劑是以界面活性劑將油脂乳化，再以水帶走物質。酵素清潔劑是具有活性觸媒將油脂分解成小分子，並直接與深處油脂反應，達到深層清潔目的。
實例：
在大山腳的蓮花池曾舉行過一次淨化河流的運動。當時公眾人士捐出900litre的環保酵素。倒下去7分鐘之後就看到效果，湖面出現小泡泡，就像泥土在呼吸。當浮在河面的油脂漸漸分解，就可以見到湖旁植物的倒影。
垃圾汙染──減低化
把把生垃圾（指剩菜、水果皮等食物垃圾）善用、處理並製成酵素，能減輕社會處理垃圾的負擔及費用。
實例： 詩巫的市議會一直以來都有推行環保工作，但反應和效果都不大。2008年9月有一群主婦們在生活中積極倡導環保酵素，並主動向詩巫市議會署理主席嚴建安先生建議合作，讓民間與政府的力量結合，推廣環保酵素。自合作開始，積極的教導、製作和使用環保酵素，全體市民參與環保的工作達到事半功倍的效果，半年內詩巫市的垃圾量減少了30~40%。
家居生活──環保化
發酵的酵素能取代一般家用的化學清潔用品，適用於家庭養花或供給農戶使用，經濟、實惠又能照顧環境和自身的健康。
● 家居清潔
酵素稀釋後能去除怪氣味、黴菌、塵垢、汙穢、油汙等，在清洗客廳和房間地板、冷氣機、廁所、廚房抽風機、油膩牆壁等非常有效果。此外，隨著酵素的使用，蒼蠅、蚊子、老鼠、蟑螂的數量也會減少。
● 個人衛生
酵素能分解和消滅對人體有害的微生物，在沭浴、洗髮和洗衣時加入稀釋的酵素液，能照顧個人的衛生並達到保養的效果。
● 寵物保養
能去除寵物身上的味道，減少寄生蟲生長。
● 烹調料理
將所有的蔬菜、水果泡在稀釋後的酵素水（2湯匙酵素：1公升水）浸泡45分鐘，能去除除草劑、殺蟲劑、農藥、重金屬、細菌、寄生蟲卵等。蔬菜切開後，再繼續泡在酵素水中，烹調時再取出，蔬菜炒煮後會十分青綠美味，水果也非常甜。
實例：
每年慈濟功德會素食義賣都會吸引上萬人參與。2008年11月在檳城這場義賣會，志工們準備了大量的酵素和許多的木屑，當場將所有的餐盤洗得乾乾淨淨。他們發現平時清洗吃過咖哩的餐盤，即使洗過之後仍有咖哩味，而這次不使用任何洗碗劑，只用了酵素液、酵素渣和木屑，竟然能讓所有的餐盤在觸感和嗅感方面都非常潔淨清新。
●電磁波 長期使用具有電磁波的電子器材，會使人感到身體疲勞、眼睛疲倦、肩痛、頭痛、睏乏、不安等等。電磁波還會使人的免疫機能下降、人體中的鈣質減少、並引致異常生產、流產、視覺障礙、阻礙細胞分裂，如：癌症、白血病、腦腫瘤等等。電磁波對嬰孩、發育中的小孩、老人、孕婦與胎兒及電磁波敏感群眾最為危害。
將發酵後的酵素置放於電子器材旁，可減低其電磁波。進而減少身體的病痛。