增值稅的徵稅環節是環環相扣的，上遊企業的銷項稅額，就是下遊企業的進項稅額，下遊企業再對外銷售產生銷項稅額，作為他的下遊企業的進項稅額進行抵扣，這樣一環一環，環環相扣，最終形成增值稅的抵扣鏈條。
一般情況下，只有上遊繳納了增值稅，下遊才可作為進項稅額進行抵扣，如果上遊企業免稅，抵扣鏈條就斷了，下遊企業就不可以抵扣。但是實務中，下面三種情況，上遊免稅，下遊也可以進行抵扣。
1、 從農業生產者手中購進免稅農產品
根據《增值稅暫行條例》規定，農業生產者銷售自產農產品免徵增值稅。一般情況，銷售方免徵，就不可以就開具專票，購買方也沒辦法進行進項抵扣。但是農產品不同。可以憑藉農產品銷售發票或則農產品收購發票作為抵扣憑證，計算抵扣進項稅額。
其中，農產品銷售發票，為農業生產者銷售自產農產品適用免徵增值稅政策而開具的普通發票，包括農民自產農產品到稅局代開的免稅發票。
農產品收購發票為收購單位向農業生產者個人（不包括個體經營者）收購自產免稅農產品時，由付款方向收購方開具的發票。
購買方可以抵扣的進項稅額=發票上註明的農產品的買價*9%扣除率
當然，如果購買方購進農產品用於生產銷售或則委託加工13%稅率貨物，則按照10%的扣除率計算進項稅額。
2、 從季度應稅銷售額未超過30萬的小規模納稅人手中取得的機動車銷售統一發票
小規模納稅人月銷售額未超過10萬，季度應稅銷售額未超過30萬，可享受徵增值稅的稅收優惠政策。
根據國家稅務總局實施減稅降費工作小組領導小組辦公室問答彙編明確說明了，對月銷售額未超過10萬（季度應稅銷售額未超過30萬）的小規模納稅人開具的機動車統一發票，下一環節可以抵扣進項稅額。同時應該加強後續機動車統一發票風險防範。
3、 從享受疫情期間公共運輸運輸服務免稅的納稅人手中取得的其他旅客運輸發票
公共運輸服務包括輪客渡、公交客運、地鐵、城市輕軌、計程車、長途客運、班車。
如果提供公共運輸運輸服務享受免稅的銷售方開具增值稅發票，就不可以享受抵扣，因為其增值稅發票稅率欄肯定寫的是免稅，
而購進旅客運輸服務取得的電子普通發票是按照票面稅額進行抵扣的，稅率為0，自然無法進行抵扣。
如果納稅人取得的是註明身份信息的公路、水路等其他客票，我們是看不出上遊提供旅客運輸服務企業是否享受免稅的，就可以按照3%計算進項稅額。
進項稅額={票面金額/（1+3%）}*3%
比如其他客票上註明的票面金額為1000元，那麼可以抵扣的進項稅額={1000/(1+3%)}*3%=29.13元。
以上三種情況，是稅務總局明確說明上遊免稅的情況下，下遊企業也可以進行進項抵扣，企業在計算繳納增稅稅的時候千萬不要忘記，直接可以少交稅。