明朝時期的瓦剌曾經盛極一時，怎麼可能看得上倭寇那三瓜兩棗的兵力，純粹不在一個檔次上，瓦剌聯合誰都不可能聯合倭寇。
瓦剌部族的崛起其實是依靠大明朝才逐漸稱雄北方草原的，當時明朝為了牽制離明朝更近的韃靼部，就賜予瓦剌漢人官職，令其統率草原諸部，與大明建立「朝貢」關係。
瓦剌、韃靼和兀良哈其實都是蒙古族黃金家族的後裔，明朝時期，這三大部族在草原上叱吒風雲多年，各有所長，同時也給明朝帶來了不小的邊境壓力。
朱棣還沒造反的時候，在北平當燕王時期，他的主要工作就是對付韃靼部，他的兄弟寧王朱權在遼東地區建立十三個衛所，主要工作就是為了壓制兀良哈部族，後來朱權手下的「朵顏三衛」就是兀良哈部族的前身。
瓦剌在也先的帶領下日益強大，甚至一度形成了蒙古草原北部的帝國，他與韃靼部相互融合，又相互的制約，這一點對明朝來說壓力很大，從某種角度來說，朱棣遷都北京，所謂「天子守國門」主要就是針對瓦剌、韃靼部隊明朝的軍事壓力。
鼎盛時期的瓦剌聯合誰都可能，就不可能去聯合倭寇來夾擊明朝。倭寇本就是一群流浪明朝沿海的日本海盜而已，人數最多不過千人，武器、人員素質遠遠達不到中等軍事集團的效果，瓦剌不可能看得上哪點兵力。
就算瓦剌需要倭寇在南方牽制大明的軍力，指望倭寇那點人手，不夠當地民團打的，這樣的聯盟對瓦剌來說完全是一種笑話和侮辱。
就算瓦剌聯合整個日本，無論是在日本哪個時期，這樣的聯盟幾乎是不可能成功的，首先是日本在明朝初期的時候其實是南北分裂狀態，國家本來就不統一，自己都打成了一鍋粥，哪還有心思入侵明朝呢，至於那些為患沿海的倭寇，就是一群浪人武士沒有出路，結伴出來當海盜，打打劫而已。
本質上講，瓦剌和倭寇的都一樣，在政治上對明朝政權沒有任何的非分之想，既不想要明朝的江山，也不想要明朝的官職，其戰爭的終極目的是搶一票，過日子，說小點就是要點過年錢，無非是瓦剌玩得大，倭寇小打小鬧。
大盜看不上小賊，自古以來都是如此，瓦剌看不上倭寇那點出息，倭寇也高攀不上瓦剌的強大，但是無論是大盜的瓦剌，還是小賊的倭寇，在大明王朝面前都是小兄弟，伸伸手就打上幾耳光，打了幾耳光，這兩小兄弟就得老實十幾年。
當然，更重要的一個因素就是瓦剌與日本相隔太遠，一個在今天蒙古國以西的地方，與日本島國相隔四個國家，韃靼、兀良哈、明朝和朝鮮。要讓兩個異族人進行政治、軍事聯盟，交往一次就跟唐僧取經一樣困難，就為打個劫，沒那個必要。
其實，根源上的瓦剌與倭寇不聯盟在於他們雙方對明朝完全沒有政治的需求，也就沒有聯盟的基礎。