康熙三十八年（1699年），康熙皇帝再次來到南京明孝陵拜謁。完事後，康熙皇帝召諭天下，「訪察明室後裔，授以職銜，俾其世守祀事。古者夏殷之後，周封之於杞宋……爾等與九卿會議俱奏。」康熙意思是說，他要命人遍訪天下，尋找明朝皇室後人，授予官職，讓他們來守衛明孝陵。
康熙皇帝這樣說顯然是為了收買漢人人心，根本目的是為了斬草除根，他要將對大清的任何威脅消滅在萌芽當中。詔書很快傳遍天下，浙江餘姚地區有一個名叫王士元很激動。一天，王士元請朋友吃飯，酒後失言的他向老朋友透露了自己的真實身份，他就是崇禎皇帝五皇子朱慈煥。
一石激起千層浪，朱慈煥身份暴露後，康熙皇帝命人秘密搜捕。同時，浙江地區一生志在反清復明的念一和尚，聽到前朝皇子還在人世，便打著朱慈煥的旗號反清復明。康熙四十七年（1708年），朱慈煥和兩個兒子在山東被抓獲，康熙皇帝得知後被冷汗直流，多年困擾他的一個人，終於被抓獲了。
朱慈煥東躲西藏一輩子，被捕時已經75歲高齡，半截身子已經在土裡了。朱慈煥本以為自己年近古稀，而康熙皇帝還多次拜謁明孝陵，對朱元璋也非常尊敬，自己即便透露了身份，也得到寬恕。
朱慈煥還是太天真了。刑部監獄裡，朱慈煥和主審官員有過一次對話。朱慈煥說：「吾數十年來改易姓名，冀避禍耳……吾今年七十五歲，血氣已衰，鬚髮皆白，乃不反於三晉變亂之時，而反於清寧無事之日乎？且所謂謀反者，必佔據城池，積草屯糧，招軍買馬，打造盔甲，吾曾有一於此乎？」
我已經75歲了，我哪有造反之心？朱慈煥和主審官的對話記錄被呈送康熙皇帝面前，康熙皇帝露出了他的獠牙，「朱三即王士元，其雖未備謀反之形，亦未必無謀反之心，著凌遲處死。伊子……俱著立斬。」就這樣，崇禎皇帝的皇子全部被滿清剷除，大明皇室血脈斷絕。
明眼人一看，康熙皇帝在明孝陵拜謁的一番說辭，擺明是姜太公釣魚願者上鉤，好一招引蛇出洞。如果康熙皇帝直接把朱慈煥殺掉，可能說法又是另一回事。然而，康熙皇帝竟然將朱慈煥凌遲處死，要知道凌遲就是千刀萬剮，劊子手用鋒利小刀將犯人身上的肉一片片割掉。
朱慈煥被凌遲後，清軍來到他餘姚家中搜查。朱慈煥家中的一妻二子三女一媳聽說清軍來了，知道大事不好，除了一個兒子外，其餘六個人「皆投繯，六命俱盡」。
參考資料：《明史》