1949年4月、5月，南京、上海相繼解放，一個人民的新中國誕生在望。6月12日至18日，C.S.C.A.在美國東部新澤西召開的夏令會，和以後在芝加哥鄧肯營召開的有144人與會的中西部夏令會，都以「我們對新中國的信念與行動」(Ourfaith and action toward a New China)為會議的主題。參加者熱烈交流了國內的情況，研討今後的方向。普遍反映了這樣的信念:新政府和反動政府相反，是代表人民和為人民服務的進步的政府，我們回去是學有所用的。大家以主人翁精神對祖國建設研討，表現了關切、反思和行動的抉擇。夏令會因參加人數眾多而分為「生產建設」、「文化教育」兩方面的四個小組進行討論。大會開始時，由三位同學分別作了「軍事政治」、「生產建設」及「文化教育」三個報告。討論過程生動活潑，如生產建設組，對新中國建設中外援和自力更生的關係進行了探討。一致的看法是:我們歡迎外援，但以平等互惠為原則。對農業增產問題也有很多討論。在文化教育方面，對過去教育的失誤和未來教育究竟應重普及還是提高，也有熱烈的討論。大家最後達成一致的意見是:一切應貫徹實事求是的原則，不但在文教方面應吸收過去因脫離人民而失誤的經驗教訓，在科學技術方面，也應根據中國的實際加以應用。
在中西部的夏令會中，還介紹了國內的工商業政策、土地改革政策、文化教育政策等。
幾年之中，由於北美基督教中國學生會的活動有多樣、廣泛和自我教育、內容豐富等特點，也為留美中國科學工作者協會的發展創造了條件。許多學習自然科學的同學參加了C.S.C.A.的愛國活動。該會東部和中西部地區的工作負責人，也參加了留美科協的創立和各地分會的活動。兩大團體實際上起著相互支援和促進的作用，顯示了留美學生愛國團結的力量。
1949年夏，美國各地的中國留學生，包括兩個團體的主要成員，抗議國民黨空軍駕美國飛機轟炸上海。威斯康星大學唐孝宣、童志鵬等21位中國留學生在7月底聯名寫信給《威斯康星州報》，內容是:「國民黨空軍在6月29日以B－24、B－25飛機轟炸了上海北區的平民區，造成至少150死亡，400人受傷，2000多人失去家園。這是極其殘忍和不人道的。而美國所提供的飛機、炸彈和空軍訓練，只能是在億萬中國人民中製造仇恨。為了我們中美兩國人民的傳統友誼，我們強烈呼籲美國立即停止對國民黨的軍援。」《威斯康星州報》刊出了這封信。在波士頓，有幾十名中國留學生聯名寫了抗議信，在《波士頓環球報》上發表。在明尼阿波利斯，當地中國同學會和C.S.C.A.聯名發表了抗議信。在紐約，哥倫比亞大學中國同學會，發表了抗議蔣介石以美制飛機轟炸上海的聲明，聲明在紐約出版的《華僑日報》上刊出。
1949年9月11日至14日，北美基督教中國學生會的全國會議在中西部召開。新中國的成立，使得留學生們感到了極大的鼓舞。在紐約的中國留學生團體，有新文化學會、C.S.C.A.支會和留美科協分會等四個團體，聯合在國際大廈召開了慶祝中華人民共和國成立的大會。同年12月26日至29日，東部分會召開了冬令退修會，與會的83人，除紐約地區和費城地區來的外，波士頓地區各大學的中國留學生參加的也很多。他們交流了國內的最新消息，通過介紹國內親友和已回國同學的來函，了解新中國對知識分子、留學生的政策，也研討了留學生如何發揮才能為祖國服務。有62人參加的中西部退修會，也在密西根召開。
1950年春，中西部分會又召開了冬令會，東部分會的冬令會在4月召開。會上的研討集中在三方面的問題:一是「新中國的建設」。交流各自所學與關心的專業在國內建設的現況、未來方向及我們的意見。二是「我們的學習」。交流各自來美學習的目標與要求，在美的學習內容如何與祖國發展需要相適應等。三是「回國問題」。交流了不同想法、打算，探討按哪些原則來確定為好。這幾個問題，都關係到祖國和個人的事業，因此引發了熱烈的討論，取得了非常有價值的相互啟發的效果。
留美學生回國的勢頭從1949年10月中華人民共和國成立後，明顯加大了。1950年上半年進入了高潮。當年暑假，東部與中西部夏令會，就以大家關心的「去建設一個新的中國」(To Construct a New China)為主題，先後召開。
在東部夏令會的自由討論中，有人提出這樣一個疑問:「根據現在公認的觀點，中國有煤，但並無多少石油。沒有石油，就難以有工業化，不能發展汽車、航空、公路交通等現代化設施，中國又怎能現代化？」討論之中，一位同學分析得好:第一、由於中國的落後，至今並沒有進行過真正大規模的科學勘探，中國地域廣大，何以知道就沒有蘊藏的石油？第二、「中國貧油化」正是適合外國石油大王長期壟斷我國市場、掠奪中國人民高額利潤的需要。他們並不希望中國有自己獨立的石油工業。第三、最重要的是，我們的科學家應下決心在新中國的建設中從事艱苦的科學實踐和研究，去發現沉睡的資源，中國現代化的建設是一定能實現的。對於文化建設，曾有這樣的問題:我們在美所學的，回國是否能被接受？討論中認為:我們學習西方的文化、藝術等，是可以也應該同中國的現實、人民的要求以至民族的優秀傳統相結合，然後再產生更大的活力和創造力。同學們還舉例說，冼星海創作的《黃河大合唱》就是明證。
1950年前後回國的眾多留學生搭乘的輪船是威爾遜總統號和克利夫蘭總統號，這兩艘船往來於美國和香港(再由香港乘船到天津或廣州)，航程近一個月。據不完全統計，從1949年9月起至1951年6月美國當局禁止中國留學生回國止，約有20批留學生回國，每批的人數從數十到一百數十人不等。
回國留學生們在船上組織成團體，開展自我服務並維護回國權利。如1950年8月的一批130多人回國同學，其中有C.S.C.A.及科協的負責工作者，如唐孝宣、塗光熾、塗光楠、張增年以及知名科學家鄧稼先、趙忠堯等。他們組織了「威爾遜號回國中國留學生聯誼會」。船到日本，美國當局仍未放棄對回國學生的追蹤與壓迫，將物理學家趙忠堯等三位科學工作者逮捕，關押在日本。該船的同學到達廣州後，旋即發表「廣州聲明」對美國當局表示了嚴正的抗議。
1959年9月開出的克利夫蘭總統號，有90多位中國同學，包括C.S.C.A.以及科協的成員，如冀朝鑄、王曾壯、張元一、張慶年等。當年的《人民畫報》曾刊出此批回國留學生的回憶文章和照片。冀朝鑄在回憶錄中寫道，由英方警察押送，過了羅湖橋頭，踏上新生祖國大地時，他激動得難以自制，匍匐親吻土地，喃喃自語:「祖國，母親，我回來了！」
1950年韓戰爆發，9月15日美軍在仁川登陸，10月份中國人民志願軍入朝，抗美援朝戰爭打響。美國國內的反華氣氛激升，迫害一切進步力量的麥卡錫主義也抬頭。美國當局開始對參加愛國活動的中國留學生施加壓力。《紐約時報》記者詹姆斯當時發表一篇報導稱:美國國務院與司法部對中國留學生採取什麼政策，是讓中國留學生到期都走，還是給予資助，不讓他們回新中國，還有爭議。但他們都認為留學生參加的C.S.C.A.和留美科協兩個組織屬「顛覆性組織」。各個學校的留學生顧問也都召集中國留學生談話，宣稱中國留學生若留在美國學習是歡迎的，但參加外面的活動要注意，若參加左的組織，就不能允許，不予保護。
實際上，美國國務院和司法部對中國留學生都採取施壓和限止的措施。各地移民局找中國留學生談話，追究他們的政治態度和參加的愛國活動。美國聯邦調查局特工也出動，對一些留學生進行恐嚇。國務院則中止了一些留學生的ECA款(1949年初，隨國內形勢發展，南京政府停止向國外留學生提供「官價外匯」，留美學生收不到家中匯款，斷絕了國內經濟來源，出現困境。美國國務院制訂了「緊急援華款項」即ECA，即以「庚子賠款」繼續資助留美中國留學生，對留學生普遍提供留學之需)。有的留學生被移民局強令逐出境或限止行動自由，有的(主要是科技專家)則被禁止離境。
在所謂「顛覆性組織」罪名的壓迫下，1951年初夏，C.S.C.A.聯合東、中、西三個分會的負責成員，集會商議，為了保護團體會員們的平安，不得不宣布自行解散，並慎重地發出告同學書。留美科協也宣告自行解散。
1954年日內瓦國際會議召開，以周恩來總理為首的中華人民共和國代表團出席。我大使在和美方的會談中，抗議美國政府無理禁止我國留學生回國，揭露了美方以罰款及徒刑威脅我留學生的事實。1955年，中美大使又多次交鋒，使美方代表無法抵賴和辯解，終於就遣返僑民問題達成協議。雙方承認，在各自國家的平民，享有回國權利。堅冰終於打開。1955年，黃葆同、李恆德、王祖耆等一批原兩個留學生團體的主要成員，首先成行回國。接著，錢學森也走上歸途。此後幾年，都有陸續學成回國的留學生。他們回國以後，都投身各項事業，做出了各自的貢獻。 (下)