明朝後期，蒙古分為三大部，以瀚海(戈壁大沙漠)為界，其南部為漠南蒙古，即內蒙古；北部為漠北蒙古，也稱喀爾喀蒙古，即外蒙古；西部為漠西額魯特蒙古，駐牧於蒙古草原以西直至新疆準噶爾盆地。
這時，由於滿族的崛起，蒙古就成為明朝與後金的主要爭奪對象。西藏喇嘛教的格魯派(黃教)勢力也於這時擴展至蒙古。
蒙古封建主對西藏喇嘛教向來極為推崇，在元代，有不少西藏喇嘛教首領被封為國師、法王等，有很高的政治地位。明代，蒙古封建主仍然信奉喇嘛教，在明穆宗隆慶以前，主要信奉的是喇嘛教中的薩迦教派(即花教),但當時蒙古族的廣大牧民卻信奉薩滿教。
萬曆六年(1578年)俺答汗(阿勒坦汗)邀請黃教(格魯派)領袖人物鎖南堅錯到青海地區傳教。當時俺答汗親自主持有幾萬人參加的察卜齊勒廟大會，並尊稱鎖南堅錯為「達賴喇嘛」(即達賴三世)。在俺答汗的大力倡導下，黃教便在蒙古各部盛行起來，並且普及到蒙古族廣大牧民中間。
察卜齊勒廟大會，影響非常深遠，它標誌著蒙古僧俗封建主聯合統治制度的確立。
從此以後，蒙古三部都紛紛派人邀請達賴喇嘛去傳法講經，並且都希望獲得他贈賜的封號，形成了誰能控制黃教誰就能在蒙古地區擴展勢力的局面。萬曆十一年(1583年),俺答汗死後，蒙古土默特部的封建主再次邀請達賴三世來土默特傳法講經，並參加俺答汗的葬禮。萬曆十四年，達賴三世鎖南堅錯到達土默特，翌年參加了俺答汗的葬禮後，又接受明朝政府的邀請前往北京。
萬曆十六年三月，他在赴京途中，在吉爾瑪臺(又稱卡歐吐密)地方圓寂。鎖南堅錯去世後，根據他的遺願，宣布俺答汗新生的族孫為轉世「靈童」。這就是達賴四世雲丹嘉措。在歷世達賴中唯有雲丹嘉措是蒙古族人，其他都是藏族人。
黃教最高法王竟然在俺答汗家族中「轉世」,這充分說明蒙古世俗封建主和黃教僧侶封建主之間關係的密切，黃教更加普遍地在蒙古社會中傳播。
雲丹嘉措一直到萬曆三十年在西藏三大寺(哲蚌寺、色拉寺和甘丹寺)派來迎接的專使和蒙古軍隊護送下進入西藏。第二年到達拉薩。萬曆四十四年雲丹嘉措圓寂於哲蚌寺。