1432年,歪思汗戰死,兩個兒子爭位內訌。長子羽努斯佔據汗國西部,次子也先不花二世佔據東部,雙方你爭我奪互不相讓。這樣的亂局持續了數年之久。1437年,羽努斯與也先不花二世作戰失利,無奈之下率三萬多戶屬民逃到帖木兒帝國。帖木兒的孫子兀魯伯熱情地接待了他們,但等到他們放鬆了警惕,便以提供食物為誘餌,將羽努斯身邊所有貴族和將領騙入一座城堡中屠殺,其他屬民則分給帖木兒帝國的貴族們。羽努斯失去了屬民,不敢反抗,只得聽從安排,去經學院上學,學習伊斯蘭經典。
羽努斯逃亡後,也先不花二世正式成為東察合臺汗國之汗。成為可汗後,他首要的任務便是收復失地,將歪思汗當年丟掉的喀什噶爾奪回來。但也先不花二世比父親聰明得多,他不願意和帖木兒帝國發生全面戰爭。如果那樣的話會耗費太多兵馬錢糧,僅為奪取一座城市是不值得的。於是,他派朵豁剌惕家族的賽亦德·阿里用蠶食的方法攻略喀什噶爾。賽亦德·阿里先是攻佔喀什噶爾周邊村鎮,封鎖商路,搶割莊稼,但就是不組織大規模攻城。這樣持續了三年,喀什噶爾的居民因為沒有遭到戰爭打擊,對東察合臺汗國軍沒有怨恨,倒是因為總是缺糧而對帖木兒帝國不滿,終於,他們發動起義,抓捕了帖木兒帝國的官員,歸附東察合臺汗國。
也先不花二世即位初期,獲得了所有貴族的支持,"因此汗國政務蒸蒸日上"。但是很快,也先不花二世開始寵信一位畏兀兒貴族,而對蒙古貴族們冷淡起來。蒙古諸貴族大為不滿,而這個時候,歪思汗時代汗權過度膨脹的情形早已過去,也先不花二世和羽努斯的爭位使得貴族們的力量又增強了,足以制約可汗。於是,天在朝堂上,貴族們當著也先不花二世的面,將那位畏兀兒貴族"抓住砍成幾塊"。也先不花二世面對這樣的慘劇驚懼不已,連夜逃走。
這一回,又是朵豁剌惕家族出來收拾殘局,賽亦德阿里聽到消息後派人找到也先不花二世,將他接到阿克蘇城,重新扶立為汗。其他貴族也紛紛再次向也先不花二世表示效忠,局面才安定下來。既然無法壓服貴族們,也先不花二世就必須通過對外戰爭來獲得權威。於是,他開始向帖木兒帝國發動進攻,一方面是為了擴大地盤獲取財富,另一方面也是為了發洩帖木兒帝國收留自己的大哥羽努斯,並殺害大量東察合臺貴族的不滿。此時,帖木兒帝國第二任皇帝沙哈魯,第三任皇帝兀魯伯都己死去,由帖木兒的孫子卜撒因執政。帝國早已不是帖木兒時期的強國了,面對也先不花二世的進攻,雖然也能組織抵抗,但已無力將之徹底擊退。
苦思良策而不得的卜撒因突然想到了自己手中的一張牌:一直在帖木兒帝國作食客的羽努斯。如果將羽努斯送回國去與也先不花二世爭位,自己的壓力不是馬上可以消除了嗎?於是,卜撒因將羽努斯叫來,對他說道:"現在,我為你脫下貧窮的布衣,加上君王的錦袍,送你回故土,但你要遵守以下幾個條件:將來你不能像你的祖先那樣說'帖木兒及其家族世代都是我們的臣屬。'雖然以前確是如此,而現在一切都有了變化,我已經應天承運為帕的沙(國王),因此,如果你願意臣服於我,就必須自稱臣僕,而不能以平輩自居。但是,你對我寫信時,無須用汗對帖木兒家族著米爾咱的格式,只需以平輩通函的形式即可,這些條件對你的子孫也同樣適用，這樣要求是過分和無理的。
雖然帖木兒帝國曾經無比強大,東察合臺汗國還是他的附庸,但雙方家族的尊卑還是一直保持的,帖木兒家族也以能娶到察合臺家族的女兒為榮。現在卜撒因要求羽努斯以臣僕的地位向自己效忠,可算得乾坤顛倒了。雖然心中有一百個不服氣,但人在矮簷下不得不低頭,羽努斯希望逃脫牢籠,只能滿口答應。在獲得了充足的給養後,羽努斯出發進入東察合臺汗國,一些在也先不花二世身邊不得志的貴族紛紛投效於他,很快聚集起數萬大軍。
羽努斯率領著這支軍隊包圍了喀什噶爾。自從喀什噶爾被東察合臺汗國收復後,也先不花二世將之賜給朵豁剌惕家族的賽亦德·阿里為封地。賽亦德·阿里見羽努斯來勢洶洶,連忙向也先不花二世求援,也先不花二世聞訊,率六萬大軍馳援,與賽亦德·阿里合兵一處,將羽努斯擊敗。羽努斯初戰不利,只得回到帖木兒帝國,向卜撒因請求給自己一塊地方作為反攻的基地。卜撒因於是將費爾幹納安集延城附近一塊名叫哲得幹的地方賜給羽努斯。羽努斯從此在這裡紮下根來,招兵買馬,隨時準備東徵。
也先不花二世雖然擊退了羽努斯,但他經過那次逃亡後復位,其統治中心已經到了向陽地的阿克蘇,而對蒙古斯坦地區則漸漸失去了掌控力。同時,另外兩股勢力的崛起也讓局勢更為混亂。曾經雄踞北亞與東歐的金帳汗國崩潰後,其屬國藍帳汗國的後裔開始南遷。藍帳汗國的統治者是朮赤第五子昔班的後裔,昔班的六世孫阿布海爾汗這時候率領部族從北方進入到中亞,建立了一個疆域包括西伯利亞和錫爾河以北的遊牧國家,他們以金帳汗國最強盛時期的可汗烏茲別克汗的名字作為自己的國名,被稱為烏茲別克汗國。而不久,其部族中又有一部分出走,因為他們自稱"哈薩克",意為流浪者和獨立者,因此這些出走者建立的汗國被稱為"哈薩克汗國"。哈薩克汗國進入到蒙古斯坦地區,也先不花二世劃出一部分地區讓他們居住,兩家十分友好。可是,事情很快便發生了變化。
北元朝廷的太師也先殺死北元皇帝脫脫不花之後,於1453年自立為"大元天聖可汗"。之後派自己的長子斡失帖木兒西徵,西徵大軍勢如破竹,滅亡了烏茲別克汗國。阿布海爾汗死於非命,其大量部屬投奔了哈薩克,哈薩克的人數急速膨脹,達到二十餘萬。如此,哈薩克的實力幾乎超越了東察合臺汗國,很多對也先不花二世不滿的貴族反而依附於哈薩克。
如此局面之下,也先不花二世雖然對西部邊境上的羽努斯耿耿於懷，也沒有力量再發動討伐了。1462年,也先不花二世去世,其子篤思忒·馬黑麻繼承汗位。篤思忒·馬黑麻是一個"性情古怪,行徑頗不可思議,精神從來也不正常"的人。一上臺便開始胡作非為,他想娶父親的一個妃子為妻,但這是伊斯蘭教法絕對不允許的,為了達到目的,他一連殺死了七位持反對意見的伊斯蘭教士。引起了伊斯蘭教徒的極端不滿。這還不夠,在也先不花二世在位時,支持汗室最為得力的,是朵豁刺惕家族的賽亦德·阿里,而也先不花二世去世前,賽亦德·阿里也去世了,朵豁刺惕家族被交到賽亦德阿里的兒子馬黑麻·海答兒手中。
篤思忒·馬黑麻汗為了提高自己的威望,竟然無端攻打朵豁剌惕家族的封地喀什噶爾,大肆燒殺搶掠,逼著馬黑麻·海答兒投奔了羽努斯。這樣樹敵,篤思忒·馬黑麻汗原本必然會死於非命,但他還算幸運,1469年死於肋膜炎。而他死後,國內大亂,羽努斯趁機東徵,佔領了整個汗國,處死了篤思忒·馬黑麻汗的兒子怯伯,成為東察合臺汗國新一任可汗。