軍統有四大巨頭，其中，戴笠是中心點和基本點，毛人鳳是戴笠縮小的化身，唐縱和鄭介民的氣質和為人略相類似。
抗戰勝利以後，全國人民呼求自由民主，要求裁撤特務機關，戴笠就謀劃把軍統組織化整為零，當時戴笠想攫取海軍司令的寶座，而將軍統化身、滲透到各地的警察局，準備在內政部成立警察總監部，用以消化軍統特務。
1946年3月，戴笠飛機失事以後，陳立夫、陳果夫以及陳誠都在設法打擊軍統勢力，從而發展自己的勢力，而康澤、賀衷寒等人也想裁減軍統，鞏固自己的權力。民主黨派更是一片罵聲，此時的軍統組織四面楚歌。唐縱、鄭介民也認為軍統這塊招牌在有些地方寸步難行，於是於1946年7月正式成立保密局代替軍統，將它掛靠在國防部，軍統在抗戰後接收的敵偽現金和財產一律作為保密局的發展經費。
1949年蔣介石下野後，毛人鳳成為蔣介身邊最寵信的人。蔣介石由奉化親抵上海時，毛人鳳時刻隨侍在側。根據毛的秘密建議，保密局建立了一個訓練班畢業學生的核心組織，用來團結各期的畢業生，仿照成立復興社的方式成立了一個秘密組織。這是毛與鄭爭奪局長寶座時，能夠排斥鄭的一種力量。
毛人鳳早年因病從黃埔軍校潮州分校退學，學歷遠不如唐、鄭兩人。他進入軍統工作是在1934年，因此資歷較淺。因此軍統改組為國防部保密局時，由鄭介民兼任局長，毛人鳳為副局長。
唐縱在軍統內部素有智多星之稱，他是黃埔軍校六期畢業，1930年代初進入情治系統。但在此前，他有辦報紙的經歷，此後又曾為國民政府駐德國大使館副武官，受命調查研究德國警察、情報組織及歐洲各國動向，晚年還曾任駐外「大使」，這些經歷是毛人鳳所無法比肩的。戴笠飛機失事後，鄭介民代理軍統局長，唐縱基本上離開保密局核心系列，漸轉移到黨務方面。
鄭介民學歷、眼光、見識均超毛人鳳，他的長處是戰略情報的分析運用，往往鞭辟入裡，具有真知灼見。一度被視為表現情報權威智慧的軍人外交家。但在國內情報的細節處置方面，則以毛人鳳更為細密老辣，這是他和毛人鳳的著力點不同而造成的。1946年元月，鄭介民奉命於危難之間，參加「軍調部」談判。無論是鄭介民還是毛人鳳，都沒有戴笠組織力、控制力和搞情報那種天生的才能，加上時代巨浪的蕩滌，保密局更是江河日下。
1949年初，毛人鳳積極制定「應變」措施，部署潛伏，同時在各大城市搜捕屠殺共產黨員及進步人士，並布置特務組織破壞城市水電、橋梁等設施。1949年夏，蔣介石令毛人鳳派員到香港暗殺龍雲，後來改為刺殺楊傑。9月初，毛人鳳指示特務殺害楊虎城將軍全家於松林坡，11月中旬，保密局特務殺害江姐，重慶解放前夕，毛人鳳指揮發動了震驚全國的渣滓洞大屠殺……
毛人鳳有笑面虎之稱。他做官的秘訣是忍、等、狠三字訣。所以蔣介石對他們的使用也略有不同。鄭介民常被指派進行公開活動，或作國際聯絡工作，在特工系統中，他博學多才，善於鑽研問題。因此吹捧他的人，認為他是有政治頭腦和科學訓練的軍事謀略家。
戴笠死後，保密局的內部派性鬥爭表面化，廣東籍特工和留蘇學生站在鄭介民這邊，浙江籍的和訓練班骨幹則靠近毛人鳳，湖南藉特務和對毛氏不滿的人則向唐縱靠攏。鄭介民在兼任保密局長後，把軍統當作橋梁取得蔣的信任，但他不願終身當特務頭子。毛人鳳在學歷見識上不能與唐、鄭二人相比，他只想把戴笠創下的家業奪過來，死死握在手裡。
這期間，保密局內部也出現了一些問題，也間接將毛人鳳和鄭介民的矛盾擺到桌面上。部分特務在喬家才的串聯下，成立了保密局華北同志聯誼會，毛人鳳的直覺是，喬家才的串聯，應受意於鄭介民，而這個組織則是鄭介民用來對付他的最大籌碼。於是毛人鳳對這個事件的整肅工作，一股腦的辣手摧之。光是保密局內部，就槍斃了兩名少將，基層工作人員受牽累者更是不計其數。
軍統局北平辦事處處長、北平行轅肅奸委員會主任委員馬漢三與毛人鳳發生矛盾，又違背蔣介石的旨意，支持李宗仁競選副總統，被毛人鳳逮著把柄，於1948年9月，將馬氏秘密處死。
特工巨頭之間有難以彌縫的鈎心鬥角，特工單位之間也是相互嫉妒眼紅。尤其是敗退臺灣之初，保密局拿下多個疑難大案，引發軍方等單位的嫉恨，由黃埔系將領發動，製造了孫立人冤案。為了邀功整出來的冤案，無非是想在蔣介石面前爭寵。保密局破獲了臺灣蔡孝乾案、吳石案後，在蔣介石眼中成為離不開的驍勇善戰的單位，破獲這兩個案子的毛森和谷正文也漸漸得到蔣的重用，逐漸代替了毛人鳳在蔣心中的地位。
1955年保密局改組為不再肅諜與保安的情報局，隸屬中華民國國防部。毛人鳳仍為首任中華民國國防部情報局局長，官拜二級上將，基本上已無實權。從美國治病歸來的毛人鳳，整日惴惴不安，癌細胞擴散。
1956年10月14日，毛人鳳因病去世，時年58歲。葬於新北市汐止區昊天嶺，軍統四大頭頭的爭權史這才被歷史中止。
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