在「一國兩區」定位的政治司法化階段，大法官的自主性相對於第一階段有所增強，許多政治問題紛紛通過大法官「釋憲」的渠道解決。大法官解釋開始影響政治社會各個層面，在兩岸關係領域發揮著極為重要的作用。大法官這一時期所作出的涉及兩岸關係的解釋較第一階段更為複雜，既不突破「一個中國」底線，也不積極維護「一個中國」。在政治司法化階段，大法官對「一個中國」的根本性問題進行迴避，雖然並未明確捍衛「憲法一中」，卻也守住了「一個中國」的底線。自釋字第261號解釋大法官將大陸界定為大陸地區後，就再也未曾明示界定兩岸關係，甚至迴避了兩岸關係的直接界定。
（一）「一個中國」的司法克制
第一，大法官限縮了解釋兩岸關係的權限。1993年4月，陳婉真等18位立法委員聲請解釋「憲法」第四條「中華民國」的領土範圍。大法官於作出釋字第328號解釋，「國家領土之範圍如何界定，純屬政治問題；其界定之行為，學理上稱之為統治行為，依權力分立之憲政原則，不受司法審查。」依照原旨主義解釋，並不難界定固有疆域的具體範圍。固有疆域的範圍這一解釋文根據政治問題不解釋的理論迴避了對「固有疆域」的闡釋，一方面，摒棄了「獨派」試圖通過「大法官解釋」限縮「憲法」第四條固有疆域的範圍為臺灣地區的企圖，從而使得領土的變更回歸到遵循「憲法」規定的程序軌道上；另一方面，卻也罔顧立憲者的意志，迴避了「固有疆域」包含大陸地區的基本事實。以利益衡量予以推測，大法官並不具有民意基礎，也不擁有執行解釋的強制力，這種先天的政治體制的限制使得大法官難以成為重大政治問題的解釋者。尤其是面對「統獨」議題，大法官選擇迴避是維持自我權威性的較好方式。
第二，間接地否定了兩岸屬於「國與國」的關係。雖然大法官並未解釋固有疆域的範圍，但是在1993年12月的釋字第329號解釋間接地否定了兩岸屬於「國與國」的關係。一是大法官再次肯定了領土變更的方式。大法官在釋字第329號解釋理由書中指出，「至條約案內容涉及領土變更者，並應依「憲法」第四條之規定，由「國民大會」議決之。」二是大法官否定了兩岸籤訂的協議是國際書面協定，「臺灣地區與大陸地區間訂定之協議，因非本解釋所稱之國際書面協定，應否送請「立法院」審議，不在本件解釋的範圍。」故而，大法官並未改變「一個中國」底線的「憲法」定位。
儘管一種憲法理論的靈活性與適應性允許日後的解釋者考慮不同時期日益變化的需要並使他們能夠應對新出現的無先例的問題，但是出於保護一部憲法的精髓及其完整性的必要，這種靈活性與適應性就必須有其範圍的界限。大法官對於兩岸關係定位依然受限於「憲法」所確立的「一個中國」的底線，並不能超越「憲法一中」進行革命性的他項解釋。
（二）「去中國化」的司法綏靖
大法官在「一個中國」問題上的司法克制，雖然暫時避免「獨派」人士試圖通過解釋兩岸關係間的根本問題達到「臺獨」的目的，但是釋字467號解釋、釋字第479號解釋、釋字644號解釋中的「曖昧」或「不作為」表現出大法官在隱秘地「去中國化」中的司法綏靖，主要表現為：
第一，省級地位的改變。1997 年制定的「憲法」增修條文第九條，將民選的省長和省議會議員改為省政府的主席及委員以及省諮議會的議員。上述人員均由「行政院」院長提請臺灣地區領導人任命，其主要職責是根據「行政院」的命令，監督縣自治事項。1998年10月，大法官在釋字第467號解釋中指出，九七「修憲」後，省不再擁有「憲法」規定的自治事項，亦不具備自主組織權，自然並非地方自治團體性質的公法人。劉鐵錚大法官對這一解釋提出質疑，「憲法」增修條文第九條第一款規定因應「憲法」增修條文前言「為因應國家統一前之需要」所做的過渡性的安排，「國民大會」未予否定省的地位，「釋憲機關」不可為「憲法」明文規定以外之目的。
第二，允許「全國性」社團改名為區域性社團。1995年，臺灣地區「中國比較法學會」向臺行政部門聲請改名為「臺灣法學會」，「內政部」以其作為人民團體的主管監督機關根據相關法規拒絕其改名而聲請解釋。1999年4月，在釋字第479號解釋中，大法官以結社自由的理由，認定「內政部」訂定的「社會團體許可立案作業規定」第四點關於人民團體應冠以所屬行政區域名稱的規定，逾越母法意旨，侵害人民應享的結社自由而失效。[]毋庸置疑，人民團體的命令權應該受到保護，然而這一解釋涉及更深層次的問題。正如董翔飛、劉鐵錚、黃越欽三位大法官提出的不同意見書中所言，改名後臺灣法學會是「全國性人民團體」抑或已經變為地域性人民團體？若為前者，則「臺灣」是否意含國家名號。大法官並未區分其中之內涵，縱容了隱蔽性地「去中國化」。
第三，放開「臺獨」團體結社限制。1998年，陳師孟向臺北市政府社會局申請籌組「臺北市『外省人』臺灣獨立促進會」社會團體。該局認為聲請人所籌組的政治團體以「支持以和平方式，推動臺灣獨立建國」為宗旨，與「人民團體法」第二條規定不符，不予通過其申請。2001 年臺灣「最高行政法院90年判字第349號判決」認為，根據「憲法」第四條領土條款規定以及「人民團體法」第二條規定，人民團體的組織與活動，不得主張共產主義，或主張分裂國土。人民不能以主張分裂領土為宗旨結社。2008年6月，大法官作出釋字第644號解釋，推翻了臺灣「最高行政法院」的判決，將「憲法」增修條文第五條第五款關於政黨解散的條件，限定於「政黨成立後」。「憲法」法庭的設立，實與民進黨通過所謂『臺獨黨綱有關』。這意味著「修憲者」原意是通過這一條文限制「臺獨」團體的活動。雖然大法官是以保障人民權利的方式進行論證，但是，客觀上解除了「獨派」建立人民團體的束縛，影響兩岸關係的和平發展。大法官憑藉保障人民權利的方式，將「憲法」增修條文第五條第五款的規定限縮，為臺灣地區的「臺獨」組織活動提供了屏障，違背了「修憲者」的原意。
第四，大陸人民權利解釋泛政治化。隨著兩岸交流的不斷深化，涉及大陸人民權利方面的解釋逐漸增多，並逐漸成為20世紀90年代後期大法官解釋內容的重點。大法官共作出11個涉及兩岸人民權利的解釋，主要包括：釋字第242號解釋（1989年6月23日）、釋字第265號解釋（1990年10月5日）等。自1990年釋字第242號解釋開始，大法官首開兩岸人民的權利區別對待的先河，後期以臺灣地區「憲法」增修條文第十一條為依據，作為區別對待兩岸人民的合法性依據。一是大法官因原籍不同而採取不同的審查基準。譬如大法官在2003年4月的釋字第558號解釋中，使用嚴格審查基準宣告限制臺灣人民出入境的1992修正後的「國家安全法」「違憲」。但是該號解釋理由書中卻指出，大陸人民進入自由地區境內，依據「憲法」增修條文第十一條，可以為不同處置。大法官對大陸人民的權利限制，基本採取尊重立法者的態度，使用寬鬆的審查標準，甚至是對於已經設籍在臺灣的陸配也是如此。在釋字第618號解釋中，大法官同樣採用寬鬆的審查基準審查立法機構對考取公職陸配的任職限制。二是目的解釋方法運用的泛政治化。正如陳碧玉大法官在不同意見書中指出，「兩岸雖在分治狀態，然強制出境及暫予收容之處分，攸關經許可合法入境大陸地區人民之居住、遷徙、人身自由暨婚姻家庭等基本人權之保障。」在大陸人民基本權利保障方面，應該保障大陸人民的基本人權，減少政治意識形態對權利保障的侵犯。大法官過於尊重立法者的自由裁量權，採取消極的態度姑息立法者對大陸人民權利的限制，有損大法官的司法權威。