（一）島礁主權爭議
島礁主權爭議是中國周邊海洋問題的根源和核心，具體而言就是中國與日本圍繞釣魚島及其附屬島嶼，以及中國與越南、菲律賓、馬來西亞和汶萊等圍繞南沙群島部分島礁主權歸屬的爭端。這些爭端事關國家領土完整，具有高度的敏感性，短時期內很難得到徹底解決。目前有關各方努力的重點，應當是維護爭議地區的和平與穩定，防止爭端擴大或升級。
在釣魚島問題上，由於日本方面長期堅持釣魚島是日本「固有領土」、其主權歸屬「不存在爭議」的強硬立場，致使釣魚島不時發生事端，衝擊中日關係。日本2012年做出「購島」決策，受上述僵化態度的影響是一個重要原因。目前中國海警船在釣魚島周邊海域保持常態化巡航，釣魚島維持著相對穩定的爭議態勢。
在南沙爭端問題上，目前存在一種將各方分割佔領的現狀「合法化」的錯誤導向。在「菲律賓南海仲裁案」中，菲律賓政府和仲裁庭無視或篡改中國關於南沙群島整體性的立場，以該群島被分割佔領的狀態作為根本前提來提出法律訴求或進行法律裁判，就是這種危險傾向的典型表現。從客觀上來講，維護南沙地區的和平穩定一定程度上是以「凍結現狀」為前提，例如2002年中國和東協國家籤署的《南海各方行為宣言》即要求「不在現無人居住的島、礁、灘、沙或其他自然構造上採取居住的行動」。但是，「凍結現狀」絕非意味著「承認現狀」。上述《宣言》條款使用的「無人居住」、「採取居住行動」等措辭，本身就成功迴避了對有關島礁法律地位及佔領島礁行為法律效果的評價，不能解讀為承認現狀合法化。如果不對這個問題正本清源，將構成對爭端主要當事方立場和南沙群島真實狀況的極大扭曲，反而會對南海和平穩定帶來嚴重負面影響。
有評論認為中國周邊的島礁主權爭議還包括中韓之間的蘇巖礁問題，這是一種誤解。蘇巖礁是位於東海北部孤立的、並在低潮時處於水下的海洋地物，不具有領土地位。中韓兩國外交部門之間就此具有明確共識。當然，這並不是說在蘇巖礁問題上不存在爭議，只是中韓雙方在此問題上的分歧本質上屬於海洋劃界範疇，需通過雙方談判解決。
（二）海洋劃界爭端
由於釣魚島和南沙群島的島礁主權爭議懸而未決，東海和南海的海洋劃界面臨巨大障礙，也不可能在短期內得到全面的解決。不過，中國與鄰國的海洋劃界問題在可能的條件下仍在取得進展。2000年中國與越南完成了在北部灣的領海、專屬經濟區和大陸架劃界，這是中國在現代海洋法律制度下與鄰國劃定的第一條海上界限。2015年，在經歷15輪海洋法磋商，就海洋劃界相關法律問題交換意見之後，中韓兩國正式啟動了海域劃界談判。中日之間也曾經通過海洋法磋商機制就東海劃界和釣魚島等問題交換意見。
在中國周邊海洋劃界問題上，存在中國堅持的公平原則與一些國家主張的中間線原則之間的分歧。這種分歧其實是在第三次聯合國海洋法會議期間「公平集團」和「中間線集團」之間爭論的延續。《聯合國海洋法公約》關於專屬經濟區和大陸架劃界的現行規定是這兩大集團鬥爭妥協的結果。《公約》要求劃界應當「在國際法基礎上」得到「公平解決」，一方面反映了「公平集團」的訴求。另一方面，「中間線集團」則認為，考慮到中間線已通過其廣泛應用而成為國際法的一部分，「在國際法基礎上」可被視為對中間線原則的支持。筆者認為，迄今為止的國際實踐並不能支持中間線已成為國際法一部分的觀點。雖然諸多海洋劃界的國際司法和仲裁判例採用了中間線作為起始線，但中間線並不一定構成最終劃界結果，且一些判例曾明確指出中間線並不是唯一的劃界方法。而且，國際司法和仲裁判例僅對本案和當事方有效。作為第三方解決機制，以中間線作為劃界起始線也是比較便利的做法。在當事國之間直接進行的劃界談判，雙方均可自由提出劃界需考慮的政治、經濟、社會、法律、安全等各方面因素，未必需要遵循第三方裁判所採用的做法。因此，對中間線方法的運用並不足以形成一項能夠約束所有國家的一般習慣國際法規則。
南海的海洋劃界存在一個特殊情況，即除了各沿岸國的專屬經濟區和大陸架主張之外，還涉及到中國傳統的南海斷續線主張。近些年來，國際上希望中國「澄清」南海斷續線的聲音很多，似乎這個問題是解決南海問題的關鍵。然而，正如上文所說，南海問題的根源和核心是南沙群島的島礁主權爭議，是否澄清南海斷續線並不構成妥善處理和解決南海問題的障礙。無論是其他南海沿岸國，還是非南海沿岸國，對南海斷續線的關注甚或質疑其實並無必要。對於其他沿岸國而言，中國一直表示願通過談判協商解決南海有關爭議，其他國家只要相應拿出談判解決爭議的意願，而非試圖在談判前即逼迫中國作為當事一方放棄或修改其主張，總能找到各方均能接受的解決辦法，或者至少能達成臨時性的過渡安排。對於非南海沿岸國來講，中國一再表示在維護自身南海權益時，不影響影響各國在南海依國際法享有的航行和飛越自由。事實上，經過南海的正常商業往來從未因任何沿岸國的主張而受到阻斷，甚至軍用船舶在國際航道的正常通行也未受到幹擾。
（三）航行自由問題
航行自由問題在中國的周邊海洋問題中本來並不存在。20世紀90年代中期，美國針對南海問題發表的政策聲明，首次將「航行自由」與中國周邊的領土海洋爭端聯繫起來。當時正值中國進駐美濟礁不久，從這一時機似可窺見美國提及航行自由背後針對中國的意圖。進入21世紀，美國加大了在中國周邊海域開展抵近軍事偵測活動的力度，引起中美之間就專屬經濟區軍事活動合法性問題的爭論。2010年以後，美國再次祭起航行自由大旗，實際上將中國在南海的主張及其維護主張的措施和做法幾乎全部打入「航行自由」的對立面，並進一步從2015年開始在中國南海島礁鄰近海域高調頻繁開展「航行自由行動」。
具體而言，美國在四個層面挑戰中國的立場和主張：一是外國軍用船舶進入中國領海須經中國政府批准，美國認為這種做法不符合海洋法上的領海無害通過規定。二是外國在沿海國專屬經濟區開展軍事活動應受到限制，美國認為沿海國領海以外的專屬經濟區和公海一樣均屬「國際水域」，其他國家享有包括開展軍事活動在內的「航行和飛越自由」。三是中國在西沙群島和釣魚島及其附屬島嶼劃設領海直線基線，美國認為這一做法不符合海洋法關於劃設直線基線條件的規定。四是中國在南海的海洋管轄主張，美國認為有關主張屬於「過度聲索」，質疑中國南海斷續線的效力以及南海島礁主張專屬經濟區和大陸架的權利基礎。
事實上，航行自由作為一項國際法原則，由於其順應人類交往和發展的需要，已經得到國際社會的普遍接受。中國作為一個海洋地理不利國，更是航行自由原則的積極支持者。同時，航行自由作為一項法律規則，其適用不可能是絕對的，而是相對的權利和義務的結合體。正如《聯合國海洋法公約》所規定，公海自由應當在《公約》和其他國際法規則所規定的條件下行使。專屬經濟區作為有別於公海的特殊制度，更加不可能有絕對的自由，《公約》對沿海國和其他國家的權利和義務也做了大體平衡的規定。
基於上述分析，所謂「航行自由問題」，無論從其本質意義上來講，還是從客觀現實出發，在中國周邊海洋問題中都是一個偽命題。真正的航行自由問題實質上是美國對航行自由原則的絕對化解釋與國際社會其他成員之間的法律分歧。航行自由之所以在中國周邊海洋問題的話語體系內揮之不去，完全是這個問題被高度政治化的結果，從根本上說是美國用來將其介入中國周邊海洋事務賦予法律正當性的一個說辭。至於其他的一些域內外國家言必提航行自由的現象，無非可以理解為是其呼應美國介入南海和東海問題的一種政治姿態。
（四）秩序構建問題
一段時間以來，建立「基於規則的秩序」在涉及中國周邊海洋問題的討論中頻繁地被提及。平心而論，這一提法的出臺有針對中國的意圖在內，其初衷實則在於「約束」中國在周邊海洋的行為。但是，提法本身是中性的，包括中國在內的地區內國家不僅都贊同應建立「基於規則的秩序」，因為這是有關各方共同努力管控爭議、維護海上和平穩定的題中之義，而且這些國家在海上秩序構建方面早已先行一步。中國和東協國家於2002年籤署的《南海各方行為宣言》就是在南海建立規則秩序的一個有益嘗試。所謂規則，既包括普遍適用的國際法原則和規則，例如《聯合國憲章》、《聯合國海洋法公約》以及其他得到廣泛參與或接受的涉海法律文書和規則，也包括上述《南海各方行為宣言》這樣的地區國家締結的多邊文件，同時，中國在處理周邊海洋問題中與其他國家達成的妥善處理爭議的雙邊共識和協議，也構成規則的組成部分。
在筆者看來，在中國周邊海洋建立「基於規則的秩序」需要注意三點：一是構建秩序的目的不是解決爭端，而是管控爭端。其規則不是為了澄清、確認或者改變任何一方的法律立場，而是在不影響各方立場的前提下規範其具體行為，維護海上和平穩定，確保海上安全，防止不測和衝突。如前所述，此類規則不應當產生任何承認現狀合法性的效果。
二是制訂規則既要重約束，又要促合作，既要管控爭端，又要超越爭端。海洋是流動的整體，人為設定的界限改變不了特定海域事關所有沿岸國利益的事實。無論是否存在爭端，無論是在爭端解決前還是解決後，海上的秩序都應當由有關國家共同維護。考慮到這一點，合作必須是制定規則秩序過程中不可或缺的重要內容。中國的周邊海洋並不缺少合作先例，中朝海上石油共同開發、中韓和中日漁業協定、中菲越三方聯合海洋地震，以及落實《南海各方行為宣言》和二軌的「處理南海潛在衝突研討會」框架下開展的海上務實合作都是在合作方面取得的積極進展。
三是規則適用應當一視同仁。從國際法層面來講，任何基於規則的秩序都應當同等約束所有參與方。從國際政治的理論來看，一個特定的秩序要想持久而不會被很快顛覆，必須是每個參與其中的國家都感到其利益和關切得到滿足和保障。
當前中國周邊海洋最突出的規則制訂進程就是中國和東協國家正在商談的「南海行為準則」。隨著「準則」磋商進入實質案文談判階段，各方分歧可能會更多顯現出來。目前各方比較關注的問題是準則是否應當具有法律約束力。筆者認為，這個問題最終取決於所有當事方的合意，在一定程度上也會受案文的具體內容的影響。在準則具有法律約束力的情況下，其生效可能就需要各方履行各自國內法律程序，而這種國內法律程序的履行本質上將會是一個政治進程。
其實，未來的準則能否有效發揮作用，同它是否具有法律約束力並無必然聯繫。有法律約束力的文件或條款，不一定可以自動執行。有一些沒有法律約束力的文件，實際上卻能有效約束各方的行為，至少在總體上如此。《南海各方行為宣言》即是一例，《海上意外相遇規則》是另外一例。因此，與其現在爭論準則的法律約束力問題，還不如把注意力放在具體條款上。準則磋商本質上是一個各方通過積累共識逐步增強互信的進程，只要這個進程保持良性運行，準則的真正有效必然是水到渠成的成果。