武藤指出，鑑於存在以下突出難題，東京大本營原本倡導的「呂宋決戰」已不可能。第十四方面軍只能依託山地構築可以自給自足的據點，擊退來犯之敵，才能儘量牽制美軍，為加強本土的防禦爭取寶貴的時間。武藤坦言，這是目前所能採取的唯一方案。
一、因完全喪失制空權，與優勢美軍在中部平原地帶決戰將被敵軍優勢火力一舉殲滅。
二、部隊機動能力太差。目前運輸只能靠分散全島的3000輛卡車及馬尼拉通往林加延的鐵路，卡車數量一次不足以運送一個師團，燃料極度匱乏。鐵路缺乏專人管理，火車頭還是山下司令官親自派人督促修理，才具備十五輛可以開動的能力。
三、糧食嚴重不足。呂宋島無法自給自足，需要的大米之前一直依賴從法屬印度支那、泰國和緬甸進口。由於制空權和制海權盡失，加上美軍潛艇的嚴密封鎖，海上交通線已完全斷絕。從11月中旬開始，所有官兵糧食配給已減為每人每天400克，長久無法堅持下去。
四、當地人普遍傾向美國人，菲律賓遊擊隊遍布各地，無孔不入。自美軍登陸萊特島以來，他們的活動更加活躍，連櫻兵營軍官俱樂部的地板下邊都被埋上了炸藥。一旦美軍登陸呂宋，勢必得到菲律賓人的全力支持。我們無法採取遊擊戰來對付敵人。
武藤推測，美軍登陸呂宋的時間為「1945年1月上旬」：主力部隊登陸點為林加延灣，另一部可能在島北端的阿帕裡登陸，預計使用兵力為10個步兵師。根據作戰進展情況，美軍很可能在呂宋中部、特別是馬尼拉周圍投下傘兵部隊。最後武藤指出，時間緊迫，必須儘快作出決定並展開部署。
作為日本陸軍中屈指可數的名將，山下是個現實主義者。日軍在萊特島的慘敗使他對在呂宋島取勝已經不抱任何希望。到12月中旬，島上只剩下不到200架飛機。海軍的情況更糟。由於在雷伊泰灣海戰和隨後的「多號作戰」中損失了大量艦艇和運輸船，大川內傳七中將的西南方面艦隊在菲律賓只剩下2艘驅逐艦、10艘小型潛艇和19艘魚雷艇，稻田正純少將的第三船舶運輸部隊只剩下12艘大發艇。他們只能躲在馬尼拉灣龜縮不出，等著美軍日益頻繁的空襲。山下可以依賴的只剩下地面部隊。儘管在萊特島損失了近10萬精兵，但山下仍有27.5萬人用來保衛呂宋。其中包括精銳戰車第二師團和第一挺進集團：日軍在太平洋戰爭中唯一整建制投入的坦克和空降部隊。之前在布魯恩會戰中投入的傘兵就來自第一挺進集團。山下也曾想像當年麥克阿瑟那樣固守巴丹半島。但是那裡實在太小，容納不下這麼多部隊。因此對武藤提交的作戰計劃，山下當即予以批准。
12月中旬，陸軍參謀本部新任作戰部長宮崎周一中將蒞臨馬尼拉——原作戰部長真田穰一郎改任陸軍省軍務局長、原軍務局長佐藤賢了改任中國派遣軍副參謀長——與留守馬尼拉的南方軍參謀長飯村穰中將一起聽取了佐藤關於「改決戰為持久戰」的專題匯報。原本認為扯皮的事情僅一天就達成三方諒解。會議結束時，曾任陸大教官的宮崎告訴徒弟堀榮三：「凡事都作悲觀的判斷不好，我在陸大教過你們的。」
12月19日，山下正式發布了第十四方面軍固守呂宋的作戰計劃。新計劃一改以往的決戰思想，把兵力部署重點由海岸轉向內陸，作戰思想由「決戰」轉向「持久」：
一、方面軍以主力確保呂宋北部重要地區，以一部分兵力確保馬尼拉東部與克拉克西部山地，各自確立自戰自存的長期抗戰態勢，同時互相策應將敵軍主力牽制在呂宋島，以便消滅和消耗敵之戰鬥力。
二、第四航空軍與海軍航空隊聯手，消滅進攻呂宋的美軍船隊，偵察敵之登陸意圖，同時在卡加延河谷構築新的航空基地。
三、以第八師團（其步兵第五聯隊在萊特島）、第一零五師團、馬尼拉防衛部隊、海軍第三十一特別根據地部隊等部共計8萬人編成振武集團，據守馬尼拉以東山嶽地帶及東南方向的比科爾半島。馬尼拉宣布為不設防城市。該集團由第八師團師團長橫山鎮雄中將統一指揮。
四、以第一挺進集團、第四飛行師團等部3萬人編成建武集團，駐守中央平原以西的三描禮士山脈地區，防衛克拉克機場群、蘇比克灣海軍基地、巴丹半島和科雷希多，擊潰來自林加延灣方面的來犯之敵，阻止美軍使用克拉克機場。駐守巴丹半島的第十師團第三十九聯隊也被劃歸該集團。以上各部由第一挺進集團集團長冢田理喜智少將——1945年3月晉升中將——統一指揮。
五、以主力部隊15.2萬人編成尚武集團，退守北呂宋地區。以碧瑤為中心，確保從林加延灣到東岸巴萊爾灣以北廣闊地區。其中第二十三師團和第五十八獨立混成旅團駐守林加延灣，執行反登陸作戰，形勢不利時轉入山區。第十師團（缺第三十九步兵聯隊）駐守聖何塞以北地區，隨時對第二十三師團提供支援。第一零三師團駐守阿帕裡，防止美軍從島北登陸，形勢不利時固守土格加老附近地區，確保卡加延河谷北口。新到達的第十九師團集結於拉基良一線。擁有200輛坦克的戰車第二師團分散部署，執行反空降機動作戰。以上部隊由山下本人親自指揮。
即使已到了這步田地，不願口頭認輸的山下仍然放出狂言：「美國人必須為奪取每一座山頭、每一條河谷付出慘重代價。呂宋島地域廣大，我們可以盡情地打。第十四方面軍將在這裡為大東亞戰爭寫下光輝的一頁！」
作為日軍南方戰線重要的中繼補給地，菲律賓首都儲存有大量軍需物資。既然馬尼拉決定放棄，就必須在儘可能短的時間內將寶貴的物資運往三大集團的集結區。武藤特意制定了「呂宋地區兵站緊急處理要領」，在預計美軍登陸的1月10日前，擬運往三大據點的物資如下：彈藥3500噸、武器500噸、通訊器材500噸、炸藥200噸、汽車零部件1500噸、糧秣4500噸等等，總計12760噸。這是武藤保守計算的最低數字。
值得特別一提的是，上述物資最後「其他項目」中列有紙幣150噸和硬幣50噸，「硬幣50噸」引起了人們的無限遐想，一度有人將之傳為金幣或金條，並在戰後誘發了有關「山下寶藏」的美麗傳說。儘管存在不同版本，但整體內容大同小異，都指山下在美軍大舉進攻之前將從東南亞掠奪的大量金銀財寶從馬尼拉轉移藏在北部山區的一處隱秘場所。事實上這種被稱為「福丸」的金幣作為日本在戰爭後期鑄造的貴金屬貨幣，的確具有一定的市場價值和收藏價值。2008年前後，一枚「福丸」金幣的市值約為20萬日元。事實上在最後8個月作戰中，區區775公斤黃金可能早被山下的十幾萬大軍消耗掉了。
即使到了今天，前往呂宋島的尋寶者依然絡繹不絕。鑑於來者實在太多，菲律賓政府甚至對尋寶者發售許可證，對無證者給予處罰，以此提升當地的旅遊業。坊間瘋傳連保羅•艾倫也抵擋不住黃金的誘惑加入了尋寶行列，他的「章魚」號就是為尋寶專門建造的。老酒竊以為此言純屬無稽之談，「章魚」號主要是探訪海洋，陸軍的山下是不可能將「寶藏」埋在海底的。況且以常理推測，艾倫的身家真不一定看上那些可能根本不存在的所謂寶藏。
菲律賓地圖
朝枝繁春
大川內傳七
宮崎周一
呂宋北部地形圖
日軍布防圖
三大集團負責區域
後來被美軍修復的火車
福丸