Top 植物種的snoRNA基因資料庫。
http://bioinf.scri.sari.ac.uk/cgi-bin/plant_snorna/home
PlantCARE是一個關於植物順式調控元件、增強子和抑制子的資料庫，很多數據來源於文獻搜索，對這些元件進行了坐標定位和序列描述，還有相關的一些生物學信息。http://bioinformatics.psb.ugent.be/webtools/plantcare/html/
多種不同植物的抗脅迫基因資料庫。
http://dayhoff.generationcp.org
GABI初級資料庫始建於2000年，作為德國植物基因組計劃的中心資料庫，該資料庫包含的信息特別多，從序列的各個部分，到實驗獲得的一些蛋白2-D膠圖，以及基因表達譜數據、代謝途徑等都具有，因此是一個生物信息翔實的資料庫。 http://gabi.rzpd.de
一個植物的預測的分子標記的資料庫。
http://markers.btk.fi
植物啟動子序列資料庫。
http://mendel.cs.rhul.ac.uk/mendel.php?topic=plantprom
農作物當中的生化途徑及酶。
http://metacrop.ipk-gatersleben.de
POGs/PlantRBP 是一個關係型資料庫，整合了擬南芥、水稻、玉米的可以得到的基因組、蛋白組及序列數據，生成一個假定的同源基因組(POGs)，基因注釋的重點在於對那些 預測的RNA結合蛋白(RBPs)。除了上述之外，同時也對這些蛋白的一些保守結構域提供查找功能。
http://plantrbp.uoregon.edu
TIGR的植物轉錄本(TA)集合資料庫收集了來自於NCBI的GenBank Nucleotide資料庫的試驗驗證的EST、全長cDNA數據，包括目前所有已有相關信息的植物的信息，可以通過序列的BLAST、物種等方式查找數據，並且可以自由下載這些數據。http://plantta.tigr.org
植物器官研究的植物器官圖片和協議資料庫。
http://podb.nibb.ac.jp/Organellome
植物啟動子資料庫。
http://ppdb.gene.nagoya-u.ac.jp
TropGENE DB是一個管理熱帶作物的遺傳和基因組信息的資料庫，該資料庫將作物按數個模式作物歸類，目前在線公布的模式作物有香蕉、可可、椰子、棉花、油椰子、水稻 和甘蔗。其他模式作物正有待開發。每個模式作物都包括遺傳來源信息（如形態學、起源、等位基因數據），分子標記信息，遺傳圖譜，長序列多態性（QTL）分 析結果，測序圖譜，序列、基因及相應的參考文獻。允許進行快速查詢及複雜查詢。
http://tropgenedb.cirad.fr/
小麥、大麥、黑麥、三系雜交麥和燕麥的分子和表型信息資料庫。http://wheat.pw.usda.gov
BarleyBase 是一個在線的植物微陣列數據及分析平臺的資料庫，目前收集了超過1000份的來自於Affymetrix Barley1 GeneChip的原始或者規範化後的晶片數據，同時提供基因的功能注釋，蛋白功能區域預測、代謝途徑及基因家族信息。還與PLEXdb 和PlantGDB的信息有相關聯接。
http://www.barleybase.org/
蘋果，櫻桃，梨，桃，懸鉤子，玫瑰和草莓的基因組資料庫。http://www.bioinfo.wsu.edu/gdr/
植物細胞的信號轉導分析資料庫。
http://www.drastic.org.uk
植物基因組中心提供了大規模測序計劃、遺傳圖譜和大規模ESTs測序的數據，所有物種的分類都超連結到NCBI的分類資料庫。http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/PLANTS/PlantList.html
PathoPlant 是一個涉及植物與病原體之間相互作用的信號轉導的相關物質成分的資料庫，包括一系列已知的信號轉導通路的基因序列，最近還增加了相關的擬南芥的基因晶片數據，以及用於查找相應刺激所涉及的基因的工具。http://www.pathoplant.de
phytozome 是一個比較基因組學資料庫，設計用於植物功能基因組學、分子育種和進化研究。其包括預測的蛋白序列數據、蛋白家族分類數據，多序列比對數據、進化史，及源 於一個大的、系統發生的多樣性植物索引的蛋白注釋。Phytome通過來自不同物種的蛋白序列的直系同源或者旁系同源的進化史，將全異的各類植物基因數據 庫整合成一個可以交互查找的數據平臺。該庫允許複雜的查詢，進行基因/蛋白家族的查詢及下載。
http://www.phytozome.org
PlantGDB是一個植物基因組序列資料庫，主要是ESTs數據。還有對於這些數據的基因注釋，EST的基因組定位以及與其它資料庫的連結。滿足通常的數據查找功能。
http://www.plantgdb.org/
AtGDB是一個正在開發中的植物基因組資料庫和分析工具集，該資源庫的目的是方便以序列為中心的擬南芥數據的瀏覽，可以分區段地瀏覽感興趣的基因，看其結構及基因注釋，並可與cDNA和EST進行比對。也可以將數據全部下載本地化。
http://www.plantgdb.org/AtGDB
Plant Ontology(PO)資料庫由數個植物資料庫系統和植物分類學、植物學和遺傳學專家協作開發的，目的是建立一個基礎的功能強大的植物學資料庫，包括整 合形態學、解剖學上的一些信息。目前該庫有超過5000個來自於擬南芥、玉米、水稻的基因注釋可供搜索。在同一個瀏覽界面下，用戶可以搜索植物的器官結 構、不同發育時期的信息。所有信息可以自由下載。
http://www.plantontology.org
TOP 葉綠體基因組資料庫。
http://chloroplast.cbio.psu.edu/
Top 該資料庫主要收集了楊樹的泛素化蛋白，加上預測的共計1027個基因。http://bioinformatics.cau.edu.cn/DPUPS/
EasyGO資料庫用於提供一系列待查基因的功能注釋，以及微陣列探針信息，目前包括來自15個物種（主要是植物）的40多個數據類型的數據。被廣泛使用。http://bioinformatics.cau.edu.cn/easygo/
DPTF:北京大學楊樹轉錄因子資料庫。
http://dptf.cbi.pku.edu.cn/
中國國內多家單位完成的關於水稻的cDNA微陣列試驗結果資料庫。 http://plantbiol.genetics.ac.cn/
PLANTTFDB:植物轉錄因子資料庫。
http://planttfdb.cbi.pku.edu.cn/
植物轉錄因子資料庫。 http://plntfdb.bio.uni-potsdam.de/v2.0/
大豆蛋白質組資料庫。http://proteome.dc.affrc.go.jp/cgi-bin/2d/2d.cgi
水稻玉米小RNA資料庫，該資料庫包含了miRNA,siRNA，ta-siRNA的信息。
http://sundarlab.ucdavis.edu/smrnas/
預測的植物蛋白簇資料庫。 http://urgi.versailles.inra.fr/phytoprot/
PLACE:植物順式調控DNA元件資料庫，該資料庫含有380個在植物中發現的完整的cis活性調控因子。
http://www.dna.affrc.go.jp/PLACE/
(NCPGR)地域植物基因研究中心。
http://www.ncpgr.cn/
植物線粒體蛋白運輸機制。
http://www.plantenergy.uwa.edu.au/applications/mpimp/index.html
PLEXdb是一個統一的公共的植物和其病原體的基因表達資料庫，用於將迅速擴展的基因表達譜數據和傳統的基因組結構數據和表型數據聯結整合起來。並開發出相應的整合軟體方便研究人員針對大規模表達譜數據的功能基因組學研究。http://www.plexdb.org
PlantQTL-GE是一個專為數量性狀研究建立的一個資料庫，它主要收集了水稻、擬南芥等植物的晶片數據及表達譜數據和基因組標誌序列。同時也提供基於已知信息基因注釋及順式調控元件注釋。
http://www.scbit.org/qtl2gene/new/
TOP 目前該資料庫收集了大麥、短柄草屬、柑橘、咖啡、豇豆、大豆、水稻、小麥等作物的表達譜數據，及相關的一些分子信息（Barley, Brachypodium, Citrus, Coffea, Cowpea, Soybean, Rice, Wheat）。
http://harvest.ucr.edu/
Gramene Database是一個各種作物基因組信息的資料庫，同時具備高級的各基因組間的分析功能。
http://www.gramene.org/
UK CROPNET:英國農作物生物信息學網絡資料庫。擁有很多其自己開發的資料庫和分析軟體，同時也收集相關的一些文獻和美國該領域的一些信息。1996http://ukcrop.net/
TOP GrainGenes是美國農業部和地域農業圖書館的植物基因組計劃支持的麥燕麥和甘蔗遺傳資料庫
http://ars-genome.cornell.edu/rice/
韓國水稻基因組資料庫。
http://bioserver.myongji.ac.kr/ricemac.html
KOME:水稻的生物分子資料庫
http://cdna01.dna.affrc.go.jp/cDNA/
水稻資料庫的統一化工具資料庫。
http://cdna01.dna.affrc.go.jp/PIPE
水稻轉錄因子資料庫，該資料庫包括了來自水稻品種indica和japonica中所有已知的和可能存在的轉錄因子信息。
http://drtf.cbi.pku.edu.cn/
Rice水稻基因組注釋資料庫
http://gbrowse.ncpgr.cn/cgi-bin/gbrowse/japonica/
水稻蛋白組學資料庫。
http://gene64.dna.affrc.go.jp/RPD/
RAD: 水稻基因組注釋資料庫。
http://golgi.gs.dna.affrc.go.jp/SY-1102/rad/
INE: 水稻基因組整合數據瀏覽器。
http://ine.dna.affrc.go.jp/giot/
MOsDB: The MIPS Oryza sativa database，水稻基因組資料庫，包括序列數據，未來將把突變體信息、表達譜信息整合起來。http://mips.gsf.de/proj/plant/jsf/rice/index.jsp
水稻
http://mpss.udel.edu/rice/
美國Rice MPSS database水稻大規模平行測序資料庫。OryGenesDB:一個用於水稻反向遺傳學研究的交互式工具；有水稻基因T-DNA以及Ds側冀序列標籤資料庫，基因注釋。
http://orygenesdb.cirad.fr/
RAP-DB: 水稻注釋計劃資料庫。
http://rapdb.dna.affrc.go.jp/
RED: 水稻表達譜資料庫。
http://red.dna.affrc.go.jp/RED/
REDB: 水稻EST資料庫。
http://redb.ncpgr.cn/
水稻的基因組資料庫（INE）整合了目前大規模測序後獲得的關於水稻的基因組信息、cDNA 信息，遺傳圖譜、物理圖譜的信息，並隨著水稻測序的進行，持續增加新的信息。
http://rgp.dna.affrc.go.jp/giot/INE.html
RISE: 水稻信息系統，包括水稻基因組的最新綜合信息以及與其他穀類作物的比較基因組分析數據。
http://rice.big.ac.cn/rice/index2.jsp
整合了最新的數據以及比較基因組學分析數據。為了綜合分析水稻的兩大亞種，japonica 和indica，BGI-RIS除了包括自己測序的indica序列數據外，同時也收集了japonica及其他已知的穀類作物的基因組和EST數據。BGI-RIS對兩亞種間的相關基因、重複元件、基因重複、SNP都進行了注釋。
http://rice.genomics.org.cn/
水稻基因組注釋計劃。
http://rice.plantbiology.msu.edu/
RiceFOX:水稻過表達擬南芥全長cDNA突變體資料庫。http://ricefox.psc.riken.jp/index.php?contetnstop
Rice GAAS:水稻基因組信息自動注釋系統。
http://ricegaas.dna.affrc.go.jp/
水稻蛋白激酶資料庫。
http://rkd.ucdavis.edu/
RMD: 水稻突變體資料庫
http://rmd.ncpgr.cn/
RMG:水稻線粒體基因組信息資料庫。
http://rmg.rice.dna.affrc.go.jp/
RiceGE: Rice Functional Genomic Express Database 水稻功能基因組表達資料庫。
http://signal.salk.edu/cgi-bin/RiceGE
RPSD: 水稻蛋白結構資料庫。
http://structure.rice.dna.affrc.go.jp/
BGF是一個水稻基因組的基因預測工具 。
http://tlife.fudan.edu.cn/bgf/
Rice Tos17 Insertion Mutant Database 水稻逆轉座子Tos17插入突變資料庫。
http://tos.nias.affrc.go.jp/
水稻T-DNA插入突變資料庫，該資料庫包括了側冀突變標籤的分析的那個信息來做反向遺傳學的研究。
http://urgi.versailles.inra.fr/OryzaTagLine/
水稻胚質基因型資料庫，以及水稻功能基因組和蛋白組。
http://www.iris.irri.org/
我國水稻基因組計劃針對水稻的秈稻亞種。
http://www.ncgr.ac.cn/
WILD RICE DATABASE野生稻資料庫。
http://www.pgcdna.co.jp/cgi-bin/wrdb/content.cgi
Plant中國地域基因組會議，包含有很多農學的生物信息學課題。
http://www.plantgenomics.cn/
RetrOryza 是一個提供水稻的LTR-Retrotransposons的資料庫，提供了目前已經進行過功能注釋的242個家族的反轉位子的信息，包括Primer Binding Site，PolyPurine Tract，Target Site Duplication等信息。
http://www.retroryza.org
關於世界範圍的水稻生產和市場等情況。
http://www.riceweb.org/
水稻科學整合資料庫
http://www.shigen.nig.ac.jp/rice/oryzabase/top/top.jsp
水稻遺傳學和基因組學資料庫，該資料庫涵蓋了從水稻的傳統的遺傳學信息到最新遺傳研究方面的進展，還包括一些熱門研究方面的課題。http://www.shigen.nig.ac.jp/rice/oryzabase/top/top.jsp
INE水稻基因資料庫。
http://www.staff.or.jp/giot/INE.html
美國TIGR研究所維護著幾個與水稻基因組有關的資料庫，包括基因組注釋庫重複序列庫，以及基因索引。
http://www.tigr.org/tdb/rice/
cottonDB美國南方平原農業研究中心所維護的棉花資料庫
http://algodon.tamu.edu/
CottonDB是一個包含有棉花基因組學、遺傳學和分類學數據的資料庫，同時它也是一個不斷增加新數據和棉花研究者資料的資料庫。
http://cottondb.org/
棉花標記資料庫，由多家科研團體協作完成，包含有大量的已公布的序列標記數據。http://www.cottonmarker.org/
Top 歐洲大麥資料庫（EBDB）收集的信息主要來源於ECP/GR Working Group對於大麥的研究數據，由德國Gatersleben的IPK植物基因組和作物研究所維護。http://barley.ipk-gatersleben.de/ebdb.php3
該在線資料庫包括在SCRI開展的通過交叉測序的方法挖掘到小麥和大麥的基因的SNPs的信息，目前由SCRI植物生物信息學組維護。
http://bioinf.scri.ac.uk/barley_snpdb/index.html
該資料庫中包含由日本岡山大學生物資源研究中心收集的大麥種質資源和基因組分析數據。 http://www.shigen.nig.ac.jp/barley/
Top 大麥，小麥，豆類番茄EST資料庫 http://pgrc.ipk-gatersleben.de/cr-est/
UK CropNet該資料庫主要提供了各類有關農作物的基因數據，包括Arabidopsis thaliana、Barley、Brassica spp.、Forage Grasses、Millet and tef、Alfalfa、Chlamydomonas、Dictyostelium等18個物種基因資料庫。http://synteny.nott.ac.uk/
穀類作物信息資料庫，該資料庫包括了小麥，大麥，燕麥黑麥和黑小麥等品種的遺傳信息和遺傳圖譜。 http://wheat.pw.usda.gov/GG2/index.shtml
由捷克共和國的作物種植研究所維護的小麥資料庫。http://www.ecpgr.cgiar.org/databases/crops/wheat.htm
日本小麥網，由６所大學和研究所聯合維護 http://www.shigen.nig.ac.jp/wheat/top.html
由TIGR institute維護的小麥基因組數據，提供小麥的基因組及基因注釋，並且可用於基因組注釋等分析。同時，還提供其他穀類作物的同源基因數據，如玉米、大麥、高粱、水稻等。http://www.tigr.org/tdb/e2k1/tae1/
TOP 水稻擬南芥比較基因組資料庫，該資料庫提供了一個水稻與擬南芥對比分析的平臺。 http://greenphyl.cirad.fr/cgi-bin/greenphyl.cgi
諾丁漢擬南芥保存中心晶片資料庫。 http://affymetrix.arabidopsis.info
擬南芥小RNA工程。 http://asrp.cgrb.oregonstate.edu/
擬南芥蛋白相互作用資料庫。 http://atpid.biosino.org/
擬 南芥轉錄因子資料庫（DATF）收集了所有的擬南芥轉錄因子數據（總共1922個位點，2290個基因），劃分為64個家族。該資料庫序列是基於TAIR 資料庫(20051108)，可以採用多種方式查詢數據。除此之外，另外添加了每個家族的DNA結合區域的多序列比對數據、進化樹，另有GO注釋，並與水 稻轉錄因子作了同源比對。最後還增加了PDB數據的一些數據，以做核酸結合位點的定位。 http://datf.cbi.pku.edu.cn
MIPS的擬南芥資料庫。 http://mips.gsf.de/proj/thal/db
擬南芥大規模平行測序信號的基因表達資料庫。 http://mpss.udel.edu/at/
擬南芥cDNA、突變體和微陣列資料庫。http://rarge.gsc.riken.jp/
擬南芥轉錄因子資料庫，擬南芥轉錄因子資料庫整合了所有轉錄因子實驗所獲得的數據信息。http://urgv.evry.inra.fr/CATdb
擬南芥功能基因組資料庫。 http://urgv.evry.inra.fr/projects/FLAGdb /HTML/index.shtml
擬南芥基因組資料庫。 http://www.arabidopsis.org/
擬南芥的全基因組範圍的假定的轉錄因子結合位點資料庫。 http://www.athamap.de/
擬南芥基因序列標籤資料庫，該資料庫涵蓋了擬南芥中大部分的基因信息。 http://www.catma.org/
T- DNA插入突變體在擬南芥的研究當中，具有十分重要的作用，GABI-Kat SimpleSearch是一個由GABI-Kat工程所建的擬南芥的基於側翼序列標籤（FST）的T-DNA插入突變體查找庫，目前該庫有從64000 lines中超過108,000定位的FSTs，這些lines覆蓋了64%的目前已有注釋的基因。該庫允許常規的一些基因搜索，並與突變體系連接在一 塊。同時，該庫還提供引物等信息。 http://www.GABI-Kat.de
擬南芥蛋白磷酸化位點資料庫。 http://www.plantenergy.uwa.edu.au/applications/phosphat/index.html
擬南芥質體蛋白資料庫。http://www.plprot.ethz.ch/
擬南芥發育關鍵基因資料庫。 http://www.seedgenes.org/
SUBA（Arabidopsis Subcellular Database）是由University of Western Australia的ARC Centre of Excellence in Plant Energy Biology維護的，包含了源自各個領域的關於擬南芥蛋白的亞細胞定位的數據，如螢光定位數據、亞細胞組分的蛋白質組學研究、文獻及源於（Gene Ontology annotations, Swiss-Prot and gene descriptors）的同族蛋白的信息，還有採用軟體（10個）預測得到的數據，包括了非重複的將近7000個擬南芥蛋白及將近30000個採用生物 信息預測的方法獲得的蛋白亞定位信息。 http://www.suba.bcs.uwa.edu.au/
Top 大豆基因組和微陣列資料庫。 http://psi081.ba.ars.usda.gov/SGMD/default.htm
豆類基因圖譜資料庫。
http://scaffold.biologie.uni-kl.de/Beanrdf/
Integrating為大豆研究者建立的基因組學和分子生物學資料庫。 http://soybase.org/
大豆基因組瀏覽器資料庫整合了大豆基因組的信息，方便用戶查找到所需信息。http://soybeangenome.siu.edu/
由日本農業科學國際研究中心主導維護的中國東北部大豆基因組資料庫。http://ss.jircas.affrc.go.jp/DB/guide-eng.html
豆類作物基因組ESTx信息資料庫，基因蛋白表達信息，該資料庫給出了多個品種的信息。 http://www.comparative-legumes.org/
ILDIS國際豆科植物資料庫和信息服務http://www.ildis.org/LegumeWeb/
該資料庫為了TILLING (Forrest and Williams82)的大豆誘變突變體第二代庫工程而開發的，大約有3000個M2 lines按照其表型分類存儲。 http://www.soybeantilling.org/
Top TIGR的玉米資料庫。 http://maize.tigr.org/
mgsp:德國玉米基因組資料庫，基於基因組測序。http://mips.gsf.de/proj/plant/jsf/maize/index.jsp
mtmDB:玉米定點誘導突變體資料庫。 http://mtm.cshl.org/
該資料庫儲存有玉米基因組的進展信息。 http://www.agron.missouri.edu/
MaizeGDB:玉米基因組信息資料庫，該資料庫包括所有遺傳學，基因產物，功能分析，以及相關文獻查閱等的信息。http://www.maizegdb.org/
玉米基因組工程資料庫，該資料庫是用於玉米基因組中分子和功能多樣性分析。 http://www.panzea.org
MAIZEWALL：法國的玉米細胞壁生物合成和裝配的生物信息分析和基因表達資料庫。http://www.polebio.scsv.ups-tlse.fr/MAIZEWALL/
玉米基因組資料庫 http://zmdb.iasstate.edu/
TOP MtGEA: 蒺藜苜蓿基因表達譜資料庫。收集了Affymetrix公司的苜蓿基因晶片的關於苜蓿多個器官的基因表達譜數據。 http://bioinfo.noble.org/gene-atlas/
Brassica Genome Gateway 2008芸苔基因組資料庫。
http://brassica.bbsrc.ac.uk/
苜蓿資料庫，包括基因組注釋信息及部分表達譜數據。 http://medicago.cau.edu.cn/
MENS: Medicago EST Navigation System 苜蓿表達譜數據導航系統。包括EST測序數據，微陣列數據等。 http://medicago.toulouse.inra.fr/Mt/EST/
蒺藜苜蓿序列資料庫，由苜蓿基因組計劃完成測序。 http://www.medicago.org/genome/
蒺藜苜蓿基因組資料庫。http://www.medicago.org/MtDB
MGI,NCGR和Samuel Roberts Noble基金會聯合開展的豆科苜蓿屬植物Medicago truncatula的基因組研究，在2000年４月已經提交15000多條EST
http://www.ncgr.org/research/mgi/
苜蓿的生化途徑資料庫。 http://www.noble.org/mediccyc/
Top BASC系統提供遺傳的、基因組的、表型的數據的整合挖掘和瀏覽的工具。該公布資源擁有支持芸苔的多國芸苔基因組測序計劃的信息，直接基於5個模 塊，ESTDB, Microarray, MarkerQTL, CMap 和EnsEMBL。ESTDB包括通過與GenBank, UniRef, and the genome sequence of Arabidopsis進行序列比對後的ESTs數據及基因注釋；Microarray模塊擁有ESTDB中注釋的ESTs的表達譜數 據；MarkerQTL是最複雜的整合了遺傳標記、圖譜、個體、基因型和特性的數據系統；另兩個模塊包括了擬南芥的EnsEMBL基因組可視化系統，以及 整合了遺傳和基因組信息的可視化的遺傳圖譜比對的CMap。 http://hornbill.cspp.latrobe.edu.au/cgi-binpub/brassica/index.pl
TOP 西紅柿基因組測序計劃資料庫。http://mips.gsf.de/proj/plant/jsf/tomato/index.jsp
西紅柿功能基因組資料庫整合和擴展了數個早期的諸如西紅柿表達譜資料庫和西紅柿代謝資料庫，及西紅柿小RNA資料庫的信息。 http://ted.bti.cornell.edu/
馬鈴薯晚疫病和大豆疫病EST資料庫，該資料庫的建立是為了更好的了解病毒的發病機制以及抗性原理。http://www.pfgd.org/pfgd/
PoMaMo是由德國植物基因組計劃建立的關於馬鈴薯的信息庫，包括目前已知的馬鈴薯的各個方面的生物信息數據，並通過BLAST對其基因進行了注釋。
https://gabi.rzpd.de/PoMaMo.html
橡膠樹EST資料庫，該資料庫介紹了相關的cDNA文庫，分析渠道KOG分類，GO注釋等。 http://genome.ukm.my/nrestdb/
TOP ForestTreeDB搜集了大規模測定數個樹木品種的EST序列的數據，並開發和採用已有的軟體對各序列進行基因注釋，希望為該領域的研究人員提供幫助。同時還對相關資料庫作了連結，並為設計微陣列進行基因表達譜研究創造條件。
http://foresttree.org/ftdb
植物ta-siRNA資料庫
http://bioinfo.jit.edu.cn/tasiRNADatabase/
被子植物資料庫
http://www.angiosperms.org 被子植物資料庫
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